Virus respiratoires Comment distinguer infection et colonisation. GrrrOH 11 avril 2013

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1 Virus respiratoires Comment distinguer infection et colonisation GrrrOH 11 avril 2013

2 Colonisation à virus respiratoires?? Arbre respiratoire = Exposition aux particules aériennes, alimentation, eau Inorganiques, Bactéries, Virus, Champignons Colonisation = présence de virus sans symptômes Virus respiratoire saprophyte à passage transitoire Virus persistants

3 Infections virales respiratoires

4 Infections virales respiratoires Virus respiratoires Virus influenza Virus respiratoire syncytial (VRS) Virus parainfluenza (PIV) 1-4 Metapneumovirus (hmpv) Rhinovirus/Entérovirus/ Paréchovirus Coronavirus OC43 HKU1 NL63 229E Rougeole Adénovirus Virus persistants Herpesvirus HSV CMV EBV HHV-6 Polyomavirus KI WU Bocavirus humain

5 Méthodes de détection Tests antigéniques IF - Immunochromatographie Culture Ø Peu sensible - Charge virale élevée Tests moléculaires Ø Sensibilité élevée Charges virales variables

6 Impact des tests moléculaires Schnell D, 2012 LBA 100 patients ID, Réa Med Saint-Louis Détection virus IF = 8 % Multiplex = 47% (31 % Rhino, Corona) Virus + 60% infectieux (50% dans les infection Bact, Chp) 28% non infectieux 50% de virus dans les cas sans diagnostic Pas de différence symptômes, radio, outcome

7 Impact des tests moléculaires Schnell D, soumis LBA 70 patients non ID, Réa Med Saint-Louis Détection virus IF = 13 % Multiplex = 49% à rattrape 2/3 de diagnostic de grippe Virus + Corticoïdes inhalés Mortalité hospitalière plus faible 64% Exacerbations Asthme BPCO 29% autre (PAC, Non infectieux)

8 Virus persistants Herpesvirus Réactivations fréquentes asymptomatiques +++ Marqueur d immunodépression Pouvoir pathogène réel des herpesvirus (HSV CMV) Mauvais pronostic Marqueurs d infection (maladie) pulmonaire Effets cytopathiques sensibilité médiocre Quantité de virus Ø Sang corrélation faible Ø LBA dilution

9 HSV-1 Patients ventilés LBA HSV1+ patients ventilés : 20-40% Bronchopneumopathie HSV (Luyt CE, 2007) HSV-1 + fréquent (Costa C, 2012) Hospitalisation en réanimation Ventilation mécanique Mortalité Co-infections virales et/ou bactériennes Facteur de risque (Bruynseels P, 2007) Infection respiratoire basse Séjour prolongé Mortalité

10 Ø Traitement???? HSV-1 Mortalité J28 Charge virale HSV-1 LBA (Luyt CE, 2007; Costa C, 2012; Linssen CF, 2008) Ø Sévérité Ø Bronchopneumopathie HSV (4,9 log 10 copies/ml) < 5 log 10 copies/ml 5 log 10 copies/ml Gooskens J, 2007 Costa C, 2012 Linssen CF, 2008

11 Coisel Y, 2012 CMV Ø HSV+, CMV+ à durée ventilation avant pneumonie + élevée

12 CMV Facteur de dilution / LBA (Puchhammer-Stöckl, 2008) Ø Normalisation Ø Epithelium lining fluid (ELF) Ø Cc urée plasma = Cc urée ELF Ø Normalisation / quantité de cellules Ø CV < 5 log 10 copies/ml impact limité probable Ø CV > 5 log 10 rôle pathogène Ø Traitement antiviral

13 Infections virales respiratoires Influenza A et B VRS Parainfluenza (PIV) 1-4 Metapneumovirus (hmpv) Rhinovirus/Entérovirus Adénovirus Ø Ø Infections communautaires (B, C, E) Réactivations chez l immunodéprimé (C) Coronavirus OC43 HKU1 NL63 229E Cytotoxicité virale Pathogénicité Réponse immune cellulaire CTL Réponse inflammatoire Susceptibilité aux infections bactériennes

14 Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract. Bosch AA, PLoS Pathog.

15 Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract. Bosch AA, PLoS Pathog.

16 RHINO AdV HBoV VRS hmpv hcov Grippe PIV Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract. Bosch AA, PLoS Pathog Jan

17 Virus respiratoires Période d incubation Persistance génome viral après infection symptomatique Vrai asymptomatique

18 Rhinovirus (BPCO) 127 patients prélevés tous les 2 mois + si infection respiratoire Aspi nasales HRV+ 14,7% maladies vs 0,4% visites de routine Infections asymptomatiques Patients adultes Parainfluenza Peck, Blood, 2007 Pvt hebdomadaire systématique à J patients 30 à 32 épisodes infections virales VRS (5) hmpv (6) Influenza (3) PIV (17) Asymptomatique Symptômes 2 vs 1 2 log

19 Charge virale Symptômes Seuil de détection Viru s Réponse Bactérie Immune Temps Prélèvement

20 Attentes du diagnostic infection virale Cognitive Etiologie Diagnostique Agent directement responsable des symptômes observés Thérapeutique Pronostique

21 Plos One Outcome Crude Relative Risk Adjusted Relative Risk* RR (95% CI) RR (95% CI) Death Viral Infection 2.29 (1.69, 3.11) 2.36 (1.73, 3.24) Coincident (5.66, 7.94) 6.58 (5.47, 7.91) Bacterial Infection 4.52 (4.36, 4.68) 4.13 (3.76, 4.53) Negative Reference Reference Pneumonia Viral Infection 2.87 (2.38, 3.48) 2.84 (2.21, 3.65) Coincident 3.94 (3.35, 4.64) 3.91 (3.29, 4.63) Bacterial Infection 3.10 (3.01, 3.19) 3.00 (2.82, 3.20) Negative Reference Reference ARDS Viral Infection 1.76 (0.92, 3.36) 1.79 (0.92, 3.47) Coincident 2.65 (1.52, 4.62) 2.64 (1.26, 5.51) Bacterial Infection 1.86 (1.69, 2.05) 1.81 (1.55, 2.13) Negative Reference Reference Respiratory Failure Viral Infection 2.28 (1.94, 2.69) 2.29 (1.84, 2.84) Coincident 4.24 (3.82, 4.70) 4.18 (3.68, 4.75) Bacterial Infection 3.21 (3.14, 3.28) 3.07 (2.84, 3.32) Negative Reference Reference MSOF Viral Infection 2.90 (2.41, 3.50) 2.92 (2.39, 3.58) Coincident 8.43 (7.80, 9.12) 8.25 (7.50, 9.07) Bacterial Infection 5.94 (5.82, 6.07) 5.42 (5.06, 5.81) Negative Reference Reference Sepsis Viral Infection 4.02 (2.55, 6.31) 4.01 (2.41, 6.65) Coincident 60.4 (55.9, 65.3) 60.3 (50.5, 71.8) Bacterial Infection 51.6 (49.5, 53.8) 50.9 (43.0, 60.2) Negative Reference Reference Septic Shock Viral Infection (4.20, 30.13) (4.00, 31.66) Coincident (219.0, 347.7) (188.0, 391.3) Bacterial Infection (166.7, 224.1) (134.2, 250.5) patients en Réanimation

22 Outcome Crude Relative Risk Adjusted Relative Risk * RR (95% CI) RR (95% CI) Death Coronavirus Coincident (1.05, 31.3) 9.01 (2.47, 32.9) CMV Coincident 6.61 (4.31, 10.13) 6.66 (4.35, 10.19) CMV 4.24 (1.92, 9.36) 4.21 (2.07, 8.55) HSV Coincident 5.19 (3.76, 7.15) 4.92 (3.43, 7.06) HSV 2.19 (1.30, 3.67) 2.35 (1.37, 4.05) Influenza Coincident 2.86 (0.99, 8.25) 2.75 (1.09, 6.94) RSV (2.86, 45.79) (6.47, 21.39) Bacterial Infection 4.52 (4.36, 4.68) 4.12 (3.75, 4.53) Pneumonia Adenovirus Coincident (1.80, 90.95) (11.58, 14.40) Coronavirus Coincident 3.20 (0.59, 17.5) 4.78 (1.25, 18.3) CMV Coincident 4.19 (2.60, 6.74) 4.30 (2.95, 6.28) CMV 4.74 (2.55, 8.82) 4.69 (2.95, 7.44) HSV Coincident 4.30 (3.19, 5.81) 4.28 (3.23, 5.67) HSV 3.49 (2.52, 4.81) 3.60 (2.68, 4.85) Influenza Coincident 4.80 (2.50, 9.24) 4.65 (3.22, 6.70) Influenza 2.14 (0.69, 6.62) 2.11 (0.53, 8.45) RSV 6.41 (0.90, 45.48) 6.02 (2.00, 18.15) Bacterial Infection 3.10 (3.01, 3.19) 2.80 (2.70, 2.90) ARDS CMV Coincident 4.12 (1.41, 12.01) 4.17 (1.39, 12.53) CMV 5.36 (1.41, 20.34) 5.33 (1.46, 19.42) HSV Coincident 3.39 (1.55, 7.41) 3.32 (1.57, 7.00) HSV 2.66 (1.12, 6.29) 2.40 (1.00, 5.78) Influenza Coincident 3.01 (0.44, 20.54) 3.04 (0.41, 22.49) Influenza 4.02 (0.60, 27.01) 4.21 (0.68, 26.13) Bacterial Infection 1.86 (1.69, 2.05) 1.81 (1.55, 2.13)

23 Outcome Crude Relative Risk Adjusted Relative Risk * RR (95% CI) RR (95% CI) Respiratory Failure Adenovirus Coincident 8.12 (1.14, 57.68) 9.11 (7.86, 10.57) Coronavirus Coincident 2.03 (0.37, 11.09) 3.10 (0.76, 12.70) CMV Coincident 3.91 (2.64, 5.78) 4.08 (2.84, 5.86)) CMV 3.61 (2.05, 6.36) 3.62 (2.23, 5.86) HSV 2.45 (1.80, 3.33) 2.21 (1.62, 3.00) HSV Coincident 3.94 (3.07, 5.05) 3.89 (3.20, 4.72) Influenza Coincident 4.40 (2.56, 7.58) 4.21 (2.39, 7.40) Influenza 3.16 (1.51, 6.63) 3.19 (1.96, 5.17) RSV 8.12 (2.03, 32.49) 8.42 (6.02, 11.77) Bacterial Infection 3.21 (3.14, 3.28) 2.88 (2.80, 2.96) MSOF CMV Coincident 9.47 (8.09, 11.09) (8.64, 11.90) Cytomegalovirus Only 4.68 (2.86, 7.65) 4.79 (2.89, 7.92) HSV Coincident 8.19 (7.20, 9.31) 7.85 (6.72, 9.17) HSV 2.51 (1.79, 3.52) 2.78 (2.04, 3.78) Influenza Coincident 5.26 (3.28, 8.45) 5.17 (3.38, 7.91) Influenza 1.40 (0.38, 5.18) 1.52 (0.50, 4.63) Bacterial Infection 5.94 (5.82, 6.07) 5.14 (5.00, 5.28) Sepsis Coronavirus Coincident (15.48, 110.1) (22.2, 193.3) CMV Coincident (52.66, 72.82) (54.00, 84.44) HSV Coincident 60.6 (54.2, 67.8) 62.4 (52.0, 75.0) HSV 6.07 (3.34, 11.04) 6.59 (3.42, 12.69) Influenza Coincident 48.2 (34.3, 67.7) 45.1 (28.1, 72.6) Influenza 4.59 (0.68, 30.8) 4.33 (0.60, 31.3) Bacterial Infection 51.6 (49.5, 53.8) 48.8 (46.7, 51.1) Septic Shock CMV Coincident (112.5, 355.7) (128.1, 373.4) HSV Coincident (228.0, 418.3) (211.6, 452.0) HSV (11.53, 81.22) (11.78, 96.41) Influenza Coincident (44.68, 378.5) 74.6 (23.7, 234.5) Bacterial Infection (166.7, 224.1) (151.8, 204.7)

24 REAVIR PAC 59 VAP 249 Noso non VAP 109 Virus persist 19% 43% 32% <0.001 Virus respir 25% 10% 17% 0.01 PCT ng/ml Mortalité J 28 Virus- Bact- Virus+ Bact- Virus- Bact+ Virus+ Bact+ Virus persist 24% 24% 37% 39% 0.04 Virus respir 22% 37% 34% 62% <0.001

25 Marqueurs distinctifs Charges virales 2 symptômes 6 log vs 4 log 1 symptôme (Peck, Blood 2007) LBA de patients HSCT avec 1 pneumonie virale (Campbell, JID 2010) Ø Charge virale > 6 7 log LBA de patients HSCT avec 1 pneumonie virale (Campbell, JID 2010) Patients ID et non ID (Gerna, J med virol, 2009) Charge virale > 6 log à l admission Charge virale < 5 log à la sortie ou en l absence de symptômes PN éosinophiles Crachats + élevées dans les infections virales (exacerbations COPD Papi, 2006)

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