Synthèse de l activité des plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers en 2010

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1 Mesure 21 SOINS ET VIE DES MALADES Synthèse de l activité des plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers en 2010 COLLECTION Rapports & synthèses ACCÈS AUX TESTS MOLÉCULAIRES INNOVANTS : - QUELS TESTS? - COMBIEN DE PATIENTS? - IMPORTANCE CLINIQUE DES BIOMARQUEURS? - ORGANISATION DES PLATEFORMES DESTINÉ A L USAGE DES PROFESSIONNELS DE SANTÉ

2 L Institut National du Cancer est l agence nationale sanitaire et scientifique chargée de coordonner la lutte contre le cancer en France. Ce document est téléchargeable sur le site : Ont participé à l élaboration de ce document : l Etienne LONCHAMP, mission anatomopathologie et génétique, direction des soins et de la vie des malades l Frédérique NOWAK, responsable de la mission anatomopathologie et génétique, direction des soins et de la vie des malades. CE DOCUMENT S INSCRIT DANS LA MISE EN ŒUVRE DU PLAN CANCER Mesure 21 : Garantir un accès égal aux traitements et aux innovations. action 21.2 : Développer les plateformes de génétique moléculaire des cancers et l accès aux tests moléculaires. Ce document doit être cité comme suit : Synthèse de l activité des plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers en Collection Rapports & synthèses, ouvrage collectif édité par l INCa, Boulogne-Billancourt, décembre Il peut être reproduit ou diffusé librement pour un usage personnel et non destiné à des fins commerciales ou pour de courtes citations. Pour tout autre usage, il convient de demander l autorisation auprès de l INCa en remplissant le formulaire de demande de reproduction disponible sur le site Internet ou auprès du département communication institutionnelle de l INCa à l adresse suivante : diffusion@institutcancer.fr.

3 TABLE DES MATIÈRES LES PLATEFORMES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DU CANCER... 5 INTRODUCTION... 7 SYNTHÈSE DES DONNÉES D ACTIVITÉ TUMEURS SOLIDES CANCER DU SEIN, AMPLIFICATION DE HER2, PRESCRIPTION DE TRASTUZUMAB TUMEURS DIGESTIVES Cancer de l estomac, amplification de HER2, prescription de trastuzumab Cancers colorectaux Tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST), mutations de KIT et de PDGFRA, prescription de l imatinib Syndrome de Lynch CANCER DU POUMON Mutation d EGFR, prescription de l erlotinib et du gefitinib Mutations de KRAS Translocation d EML4-ALK dans le cancer du poumon MÉLANOMES Mutations de BRAF, prescription du verumafenib Mutations de KIT SARCOMES Recherche de translocations diverses Recherche de l amplification MDM2/CDK TUMEURS CÉRÉBRALES Amplification de MYCN dans les neuroblastomes Codélétion de 1p/19q et mutation d IDH 1 et 2 dans les gliomes Méthylation de MGMT dans les glioblastomes HÉMOPATHIES LEUCÉMIE MYÉLOÏDE CHRONIQUE (LMC) Détection du transcrit de fusion BCR-ABL, prescription d imatinib, de dasatinib et de nilotinib Anomalies chromosomiques spécifiques LEUCÉMIES AIGUËS LYMPHOBLASTIQUES (LAL) ET LEUCÉMIES AIGUËS MYÉLOCYTAIRES (LAM) Anomalies chromosomiques Quantification de transcrits de fusion spécifiques Quantification du réarrangement des gènes du TCR ou des Ig dans les LAL Mutations spécifiques (FLT3, NPM, CEBPA) Leucémies : Chimérisme postgreffe LEUCÉMIES LYMPHOÏDES CHRONIQUES (LLC), ANOMALIES CHROMOSOMIQUES SYNDROMES MYÉLOPROLIFÉRATIFS (SMP) HORS LMC Anomalies chromosomiques Mutations JAK2 V617F Mutations diverses Quantification de JAK SYNDROME MYÉLODISPLASIQUE (SMD), ANOMALIES CHROMOSOMIQUES MYÉLOME MULTIPLE ET SYNDROMES LYMPHOPROLIFÉRATIFS, ANOMALIES CHROMOSOMIQUES LYMPHOMES Détection d anomalies chromosomiques Recherche de la clonalité SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

4 3. PHARMACOGÉNÉTIQUE CONSTITUTIONNELLE HYBRIDATION GÉNOMIQUE COMPARATIVE (CGH ARRAY) PERSONNEL RECRUTÉ SUR LES DOTATIONS ALLOUÉES PAR L INCA ET LA DGOS CONCLUSION ET PERSPECTIVES ANNEXE 1. PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS ANNEXE 2 : FINANCEMENTS REÇUS SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

5 LES PLATEFORMES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DU CANCER 28 plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers, réparties sur tout le territoire, sont soutenues par l INCa et la DGOS depuis Elles regroupent plusieurs laboratoires, pouvant appartenir à des établissements différents, permettant d offrir aux patients l ensemble des techniques de génétique moléculaire indispensables pour toutes les pathologies concernées. Les plateformes de génétique moléculaire réalisent des tests moléculaires innovants : déterminant l accès à une thérapie ciblée ; orientant le processus diagnostique ; participant au diagnostic, en complémentarité de paramètres cliniques, morphologiques et biologiques ; orientant la stratégie de traitement du patient ; permettant le suivi de la maladie résiduelle. Elles mettent en œuvre des examens moléculaires innovants dès que ceux-ci s avèrent indispensables pour les patients. Elles disposent d un catalogue de 60 tests dont 14 déterminants pour l accès à des thérapies ciblées existantes ou en cours de développement examens ont été réalisés en 2010 pour patients, soit une augmentation d activité de 45 % en un an. Les plateformes de génétique moléculaire permettent une prise en charge de tous les patients de la région, quel que soit l établissement où ils sont traités : CHU, CLCC, CH ou établissement privé : 35 % de prescriptions extérieures aux établissements des plateformes pour la détection de BCR-ABL dans les leucémies ; 69 % de prescriptions extérieures pour la recherche de translocations dans les sarcomes ; 70 % de prescriptions extérieures pour la recherche de mutations de KRAS dans les cancers colorectaux. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

6 Figure 1 Plateformes hospitalières de génétique moléculaire des cancers 6 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

7 INTRODUCTION L identification d altérations génétiques au sein des cellules cancéreuses a permis la mise en évidence de nouveaux biomarqueurs moléculaires. Ces paramètres sont aujourd hui indispensables pour le diagnostic, la classification, le choix et la surveillance du traitement d un nombre croissant de cancers. L analyse de ces biomarqueurs doit aussi être accessible à tous les patients, quel que soit l établissement de santé dans lequel ils sont traités. Afin d anticiper ce besoin sanitaire émergent, l INCa a mis en place un programme spécifique dès 2006 afin de soutenir la structuration de la génétique moléculaire. À ce jour, on compte 28 plateformes réparties sur l ensemble du territoire soutenues par l INCa et la DGOS (Fig. 1). Les plateformes regroupent plusieurs laboratoires pouvant appartenir à des établissements différents, permettant d offrir aux patients l ensemble des techniques indispensables de génétique moléculaire pour toutes les pathologies concernées. Elles ont pour vocation de réaliser les tests moléculaires innovants pour l ensemble des patients de la région, quel que soit l établissement où ils sont pris en charge : CHU, CLCC, CH ou établissements privés. Il s agit donc d organiser un maillage territorial suffisant pour que les prélèvements tumoraux parvenant dans les laboratoires habituels d anatomopathologie ou d hématocytologie puissent être pris en charge rapidement dans une plateforme avec laquelle il existe des liens organisés. Le développement de ces plateformes s inscrit dans la mise en œuvre de la mesure 21 du Plan cancer , «Garantir un égal accès aux traitements et aux innovations». Les 28 plateformes transmettent un rapport d activité annuel à l INCa permettant de réaliser une synthèse nationale et de suivre le dispositif ainsi mis en place. Les bilans de l activité des années 2007 à 2009 sont en ligne sur le site internet de l INCa ( Ce document présente la synthèse de l activité des plateformes hospitalières de génétique moléculaire pour l année Il s adresse plus particulièrement aux professionnels de santé concernés par la recherche d altérations génétiques dans les cellules cancéreuses. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

8 SYNTHÈSE DES DONNÉES D ACTIVITÉ Les plateformes ont vocation à réaliser les tests moléculaires permettant d orienter et d affiner le processus diagnostique des patients. L identification de biomarqueurs moléculaires spécifiques à certaines tumeurs a également permis le développement de plusieurs thérapies ciblées. Ces thérapies, dont l efficacité est conditionnée à la présence ou l absence d une mutation, nécessitent la caractérisation préalable des tumeurs. Le tableau 1 présente la liste des marqueurs en fonction de leur rôle dans la prise en charge des patients : les marqueurs prédictifs déterminant l accès à une thérapie ciblée ; les marqueurs orientant le processus diagnostique ; les marqueurs participant au diagnostic, en complémentarité de paramètres cliniques, morphologiques, biologiques ; les marqueurs pronostiques orientant la stratégie de traitement du patient ; les marqueurs permettant le suivi de la maladie résiduelle. Les données transmises par les plateformes permettent de suivre : l évolution du nombre annuel d examens effectués et du nombre de patients concernés ; le pourcentage de patients pour qui une anomalie moléculaire a été mise en évidence et la répartition de ces données par laboratoire. Cet indicateur permet d estimer le respect des indications de prescriptions. Le suivi de son évolution permet de mettre en évidence d éventuels élargissements ou restrictions de prescriptions. De plus, un écart à la médiane trop élevé pour un laboratoire peut conduire à s interroger sur un éventuel problème de qualité conduisant à un taux anormalement élevé de faux positifs ou de faux négatifs ; le pourcentage de patients pour qui un résultat n a pas pu être rendu et la répartition de ces données par laboratoire. Ils constituent des indicateurs de la qualité des phases préanalytiques et analytiques de l examen. Une analyse plus détaillée des causes de non rendu des résultats a été réalisée pour certains tests afin d en identifier les causes les plus courantes ; la répartition de l activité entre les plateformes ; l origine des prescriptions, en distinguant pour les prescriptions provenant d établissements extérieurs, celles provenant des CH, des établissements privés et d autres plateformes. L activité provenant des CH et des établissements privés extérieurs permet de suivre le maillage régional de la plateforme. Le dernier item permet de suivre l activité de recours que des plateformes effectuent à un niveau extrarégional pour certains marqueurs. Il faut noter que cette activité n a pas toujours pu être clairement distinguée de l activité effectuée pour l échelon régional. 8 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

9 Tableau 1 Catalogue des tests effectués par les plateformes de génétique moléculaire en 2010 Marqueurs prédictifs déterminant l accès à une thérapie ciblée Amplification de HER2 Cancer du sein Prescription du trastuzumab dans le cancer du sein métastatique et en adjuvant dans le cancer du sein précoce Prescription du lapatinib dans le cancer du sein métastatique Amplification de HER2 Cancer gastrique Prescription du trastuzumab dans le cancer gastrique métastatique Mutations de KRAS Mutations BRAF Cancer colorectal métastatique Prescription du panitumumab et du cetuximab Mutation de KIT Mutation de PDGFRA GIST Prescription d imatinib Mutations d EGFR Mutations KRAS Translocation EML4-ALK Mutations de BRAF Mutation de KIT Translocation de BCR-ABL au diagnostic Détection de BCR-ABL pour le suivi de la maladie résiduelle Mutation d ABL Cancer du poumon Mélanome Leucémie myéloïde chronique (LAL) / Leucémie aiguë lymphoblastique (LAM) Prescription du gefitinib et de l erlotinib Prescription du crizotinib (essais cliniques) Prescription du verumafenib (ATU de cohorte) Prescription de nilotinib, Imatinib et sunitinib (essais cliniques) Prescription d imatinib, de dasatinib et de nilotinib Résistance à l imatinib/prescription d un traitement de seconde ligne Marqueurs orientant le processus diagnostique Mutation JAK2 V617F Quantification JAK2 Instabilité des microsatellites Méthylation du promoteur de MLH1 Mutation de BRAF Suspicion de syndrome myéloprolifératif Cancer du spectre HNPCC Diagnostic différentiel Suspicion de forme héréditaire de cancer SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

10 Marqueurs participant au diagnostic, en complémentarité de paramètres cliniques, morphologiques, biologiques Caryotype Hémopathies Anomalies chromosomiques spécifiques Quantification cycline D1 Amplification de MDM2/CDK4 Translocations diverses Codélétion 1p/19q Mutations IDH 1 et 2 Clonalité B/T Lymphomes non hodgkiniens Sarcomes Gliomes Lymphomes non hodgkiniens Aide au diagnostic/classification en sous-types Diagnostic lymphome/lymphoprolifération réactionnelle Marqueurs pronostiques participant à l orientation du traitement du patient Anomalies chromosomiques Mutation IgVH LLC Mutation p53 Anomalies chromosomiques Myélome multiple Mutations de FLT3, NPM et CEBPA LAM Participation à l orientation du traitement amplification de MYCN Neuroblastome Marqueurs de suivi Quantification de transcrits de fusion Quantification d anomalies chromosomiques Quantification WT1 Quantification du réarrangement des gènes du TCR ou des Ig Clonalité B/T LAL/LAM LAL Suivi de la maladie Suivi de la maladie résiduelle Chimérisme post greffe Leucémies Méthylation de MGMT Glioblastome 10 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

11 1. TUMEURS SOLIDES 1.1. Cancer du sein, amplification de HER2, prescription de trastuzumab Environ 15 % des cancers du sein s accompagnent d une surexpression de HER2 qui est associée à un pronostic plus défavorable. Le trastuzumab est un anticorps qui cible le récepteur HER2. Cette molécule, développée dans le traitement du cancer du sein métastatique, est aussi efficace dans la prévention des rechutes de ce type de cancer. Seules les patientes qui surexpriment HER2 ou présentent une augmentation du nombre de copies du gène (score 3+ en immunohistochimie (IHC) ou FISH/CISH positifs) sont susceptibles de bénéficier d un traitement par trastuzumab. L amplification de HER2 est mise en évidence par immunohistochimie en première intention. En cas de tumeur présentant un score 2+ en IHC, une recherche complémentaire de l amplification du gène par FISH ou CISH (Chromogenic in situ hybridization) est nécessaire pour savoir si la patiente est éligible à un traitement par trastuzumab. Depuis février 2010, le lapatinib, un médicament oral de la famille des anti-egfr qui inhibe la tyrosine kinase activée par HER2, dispose également d une autorisation de mise sur le marché pour le traitement en première ligne de patientes atteintes d un cancer du sein métastatique et surexprimant HER2. > Activité au niveau national En 2010, patientes ont bénéficié d une recherche d amplification de HER2 par FISH, soit une augmentation de 15 % par rapport à 2009 et de 40 % par rapport à 2008 (Fig. 2). Cette activité continue donc d augmenter, bien que le trastuzumab dispose d une AMM dans le cancer du sein métastatique depuis 2000 et en adjuvant depuis De plus, le test HIS HER2 pour le cancer du sein a été inscrit à la nomenclature des actes médicaux en 2009 et est donc réalisable par l ensemble des pathologistes, quel que soit leur lieu d exercice. Un certain nombre d examens sont ainsi effectués depuis cette date en dehors des plateformes et ne sont pas comptabilisés ici. Le rapport PrevHER 1 sur l évaluation de la prévalence de HER2 dans le cancer du sein a montré une évolution des résultats des analyses par IHC entre 2007 et Cela se traduit notamment par une augmentation du nombre de patientes avec un score 2+ : en 2007, 5 % des patientes étaient IHC2+ contre 11 % en Cette évolution pourrait expliquer l augmentation du nombre d analyses par FISH que nous observons ici. 1 PrevHER : évaluation de la prévalence de HER2 dans le cancer du sein en situation adjuvante auprès des pathologistes. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

12 Figure 2 Évolution du nombre de recherches d amplification de HER2 dans le cancer du sein Nombre de patients L évolution d activité entre 2009 et 2010 varie d une plateforme à l autre (Fig. 3). On observe cependant une forte augmentation d activité dans les plateformes de Clermont- Ferrand, Strasbourg et Lille. Figure 3 Évolution de l activité HER2 dans le cancer du sein par plateforme Nombre de patients > Taux d amplification et de résultats non interprétables Le taux de patientes présentant une amplification du gène HER2 est de 17,6 % et n est pas significativement différent de celui observé en 2009 (19 %). Le pourcentage d amplifications identifiées varie de 6,7 % (1/15 patients) à 33,3 % (1/3) entre les laboratoires (Fig. 4). Les plus forts écarts à la moyenne sont observés au sein des plateformes ayant l activité la plus faible, ce qui met davantage en évidence un biais d échantillonnage qu une réelle disparité des résultats. 12 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

13 Figure 4 Répartition des taux d amplification de HER2 par laboratoire (%) Le taux de résultats non interprétables est de 2,8 % [0 % ; 20 %] et est principalement dû à une fixation inadaptée des échantillons (Fig. 5). Figure 5 Répartition du taux de résultats non interprétables pour l amplification de HER2 (%) > Niveau d activité par plateforme et origine des prescriptions Toutes les plateformes ont réalisé la recherche d amplification de HER2 en 2010 pour un nombre médian de 187 patientes [11 ; 1357] (Tableau 2). Avec prescriptions, la plateforme de Clermont-Ferrand réalise à elle-seule 18 % de l activité nationale. Tableau 2 Activité des plateformes pour la recherche d amplification de HER2 Amplification HER2 Nombre de plateformes 28/28 Nombre médian de patients/plateforme 176 Nombre minimal de patients 11 Nombre maximal de patients 1357 > Origine des prescriptions La moitié des tests HER2 sont réalisés pour des patients pris en charge dans les établissements des plateformes (Fig. 6). La part de prescriptions venant d autres plateformes est en augmentation et passe de 12,6 % en 2009 à 16,8 % en SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

14 Figure 6 Origine des prescriptions pour la recherche d amplification de HER2 dans le cancer du sein (%) 100,0 12,6 16,8 18,0 24,4 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 11,8 7,5 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 57,6 51,3 dans les établissements de la plateforme 0, Tumeurs digestives Cancer de l estomac, amplification de HER2, prescription de trastuzumab L essai clinique de phase III ToGA a comparé l ajout du trastuzumab au traitement par cisplatine et fluoropyrimidine chez les patients atteints d un cancer gastrique et présentant une amplification de HER2. L ajout du trastuzumab a apporté un bénéfice en termes de taux de réponse (47,3 % versus 34,5 %, p = 0,0017) et de durée médiane de survie globale (13,8 mois versus 11,1 mois, p =0,0046) 2. Sur la base de ces données, le trastuzumab a reçu en décembre 2009 une extension de son AMM pour le traitement des patients atteints de cancer gastrique métastatique et dont la tumeur surexprime HER2 (score 3+ en IHC ou score 2+ en IHC confirmé par une amplification du gène HER2 mesurée par HIS). > Activité au niveau national En 2010, 330 patients ont bénéficié d une recherche d amplification de HER2 par HIS (Fig. 7). Cette activité est en très forte augmentation par rapport à 2009 où seuls 65 patients avaient bénéficié du test. En France, le nombre de cancers de l estomac au stade métastatique est évalué à par an, et on estime que 10 % des analyses en IHC se concluent par un score 2+ nécessitant une confirmation par HIS ou FISH 3. Sur cette base, on s attend à un nombre d environ 450 recherches d amplification de HER2 pour ce cancer. Avec 330 patients testés en 2010, il reste une marge de progression pour atteindre cet objectif. Cependant, l activité pour ce marqueur est probablement sous-estimée, car certains laboratoires n ont pu distinguer cette activité de la recherche de HER2 dans le cancer du sein. 2 Bang YJ et al. Lancet Aug 28;376 (9742): Bouché O, Penault-Llorca F. Bull Cancer Dec;97(12): HER2 and gastric cancer: a novel therapeutic target for trastuzumab. 14 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

15 Figure 7 Évolution du nombre de recherches d amplification de HER2 dans le cancer de l estomac Nombre de patients > Taux d amplifications et de résultats non interprétables Le pourcentage de tumeurs l estomac avec amplification HER2 est de 22,5 % (Fig. 8) et le taux de résultats non interprétables est de 6,1 %. Figure 8 Répartition des taux d amplification de HER2 par laboratoire (%) > Niveau d activité par plateforme La recherche d amplification de HER2 dans le cancer de l estomac a été réalisée par 21 plateformes en 2010 contre seulement 7 en 2009 (Tableau 3). Plus de la moitié des plateformes (12/21) ont effectué cet examen pour moins de 10 patients, alors que seule la plateforme de Brest l a réalisé pour plus de 90 (Fig. 9). Tableau 3 Activité des plateformes pour la recherche d amplification de HER2 Amplification HER2 Nombre de plateformes 21/28 Nombre médian de patients/plateforme 6 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 93 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

16 Figure 9 Nombre de recherches d amplification de HER2 par plateforme 100 Nombre de patients 50 0 > Origine des prescriptions La majorité des prescriptions proviennent des établissements de la plateforme (53,5 %) (Fig. 10). On observe cependant une augmentation de la part des prescriptions provenant d établissements privés (32,9 %) ainsi que l apparition d une activité de recours pour les plateformes ne réalisant pas le test (3,9 %). Cette activité de recours est faible au regard du nombre de plateformes effectuant cette activité et la couverture du territoire pour ce test est donc encore incomplète. Figure 10 Origine des prescriptions pour la recherche d amplification de HER2 dans le cancer de l estomac (%) 100,0 3,9 50,0 22,0 18,0 60,0 32,9 9,7 53,5 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

17 Cancers colorectaux Mutations de KRAS prescription du cetuximab et du panitumumab Alors que le développement des anticorps monoclonaux anti-récepteurs à l EGF (EGFR) a constitué une avancée importante dans la prise en charge des patients atteints de cancer colorectal métastatique, plusieurs études ont montré que seuls les patients dont la tumeur ne présentait pas de mutation du gène KRAS étaient susceptibles de bénéficier de ce traitement. Dans ce contexte, l Agence européenne du médicament a autorisé l utilisation du cetuximab et du panitumumab uniquement pour les patients dont la tumeur porte la forme non mutée du gène KRAS. > Activité au niveau national En 2010, la recherche de mutations de KRAS a été effectuée pour patients (Fig. 11). Le nombre de tests réalisés, légèrement en retrait par rapport à 2009, marque la stabilisation de l activité pour ce marqueur. Compte tenu de l incidence des cancers colorectaux en France ( nouveaux cas en 2011) et de la proportion des cancers métastatiques pour ce type de tumeurs (entre 40 et 60 %), il apparaît que la plus grande part des patients susceptibles de bénéficier d un traitement au cetuximab ou au panitumumab ont bénéficié d une recherche de mutations de KRAS en Figure 11 Évolution du nombre de recherches de mutations de KRAS dans les cancers colorectaux Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations identifiées est de 37,5 % et varie entre 12,5 % (1/8 patients) et 46,1 % (47/102) selon les laboratoires (Fig. 12). Ces résultats sont similaires aux observations de 2009 (36,2 % de mutations). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

18 Figure 12. Répartition des taux de mutations KRAS par laboratoire (%) L analyse des résultats non interprétables montre que (Fig. 13) : dans 3,1 % des cas, l ADN s est avéré impossible à amplifier à cause d une mauvaise fixation du prélèvement ; dans 0,2 % des cas, il ne restait plus assez de matériel pour faire le test ; dans 0,8 % des cas, le pourcentage de cellules tumorales dans le prélèvement était inférieur au seuil de détection du test utilisé par le laboratoire. Dans ce cas, il est possible de mettre en évidence une mutation de KRAS. Par contre, le risque de faux négatif est très élevé si une mutation n est pas mise en évidence. Figure 13. Taux de résultats non interprétables (% ± écart type) 6,0 3,1 4,0 2,0 0,2 0,8 0,0 ADN non amplifiable Bloc épuise Taux de cellules tumorales inférieur au seuil de détection > Niveau d activité par plateforme Le test KRAS a été réalisé par l ensemble des 28 plateformes, avec une médiane de 458 patients par plateforme [143 ; 2916] (Tableau 4, Fig. 14). Tableau 4 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de KRAS Mutations KRAS Nombre de plateformes 28/28 Nombre médian de patients/plateforme 457 Nombre minimal de patients 143 Nombre maximal de patients SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

19 Figure 14 Évolution de l activité KRAS dans le cancer colorectal par plateforme Nombre de patients > Origine des prescriptions L origine des prescriptions n a pas évolué depuis 2009 : 29,9 % des patients bénéficiant du test KRAS sont pris en charge par les établissements de la plateforme, tandis que 24,6 % le sont dans des CH et 42,2 % dans des établissements privés (Fig. 15). Figure 15 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations KRAS dans les cancers colorectaux (%) 100,0 2,3 3,3 44,9 42,2 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 21,5 24,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 31,3 29,9 dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

20 Mutations de BRAF Le gène BRAF est muté dans 5 à 10 % des cancers colorectaux. La présence d une mutation BRAF dans la tumeur des patients a un caractère pronostique péjoratif 4. Plusieurs études tendent à indiquer que les patients présentant un gène BRAF muté ne répondent pas aux anti- EGFR, mais le nombre de patients pris en compte est trop faible pour conclure. Le test BRAF est généralement effectué en complément du test KRAS. Plusieurs essais cliniques de phase I et II visant à évaluer l efficacité d inhibiteurs de BRAF 5 ou de kinases en aval dans la voie de signalisation 6 sont actuellement en cours chez des patients atteints d un cancer colorectal et porteurs d une mutation de BRAF dans leur tumeur. > Activité au niveau national La recherche de mutations de BRAF a été effectuée pour patients en 2010, soit une augmentation de 81 % par rapport à l année précédente (Fig. 16). On peut donc en déduire que 35 % des patients testés pour KRAS l ont aussi été pour BRAF. Figure 16 Évolution du nombre de recherches de mutations de BRAF dans les cancers colorectaux Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables La mutation de BRAF est présente chez 9,2 % des patients testés contre 7,2 % en 2009 (Fig. 17). Le pourcentage de mutations identifiées varie entre 0 % (0/13 patients) et 50 % (1/2). 4 C. Bokemeyer et al. ASCO Meeting Abstracts May : NCT NCT ; NCT SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

21 Figure 17 Répartition des taux de mutations BRAF par laboratoire (%) Le taux de résultats non interprétables est de 6,7 % [0 % ; 18,5 %] et est en forte hausse depuis 2009 (1,7 %). Le test BRAF est habituellement réalisé sur des extraits d ADN préalablement amplifiés pour le test KRAS. Cette augmentation pourrait s expliquer en partie par le fait de comptabiliser ou non les résultats déjà non interprétables pour le test KRAS. > Niveau d activité par plateforme Vingt plateformes ont réalisé le test BRAF, avec une médiane de 178 patients par plateforme [2 ; 1202] (Tableau 5). Tableau 5 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de BRAF Mutations BRAF Nombre de plateformes 20/28 Nombre médian de patients/plateforme 178 Nombre minimal de patients 2 Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions La recherche de mutations de BRAF est effectuée à 43,6 % pour des patients pris en charge dans les établissements des plateformes, à 24,1 % pour des patients pris en charge dans des CH et 32,3 % des prescriptions proviennent d établissements privés (Fig. 18). La répartition des prescriptions n a pas évolué depuis Les prescriptions pour le test BRAF proviennent davantage des établissements des plateformes que les prescriptions pour KRAS (43,6 % contre 29,8 % respectivement), suggérant que les patients pris en charge dans des établissements hors plateforme n ont pas tous accès au test. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

22 Figure 18 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations BRAF dans les cancers colorectaux (%) 100,0 6,8 28,3 32,3 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 21,4 24,1 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 43,5 43,6 dans les établissements de la plateforme 0, Tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST), mutations de KIT et de PDGFRA, prescription de l imatinib Les tumeurs stromales gastro-intestinales (GIST pour Gastro-Intestinal Stromal Tumor) sont des tumeurs conjonctives du tube digestif. Elles se développent principalement à partir de l estomac (60 à 70 %) et de l intestin grêle (20 à 30 %) et sont le plus souvent associées à une mutation du gène KIT ou du gène PDGFRA. On dénombre environ 900 cas de GIST par an en France. Les mutations ou courtes délétions du gène KIT, observées dans 50 à 90 % des GIST, sont responsables d une activation spontanée de KIT. Ces mutations sont le plus souvent situées dans l exon 11, plus rarement dans l exon 9 et exceptionnellement dans les exons 13, 17, 14 et 15. La mutation de PDGFRA, plus rare, est généralement observée dans les tumeurs portant un gène KIT normal. La mutation simultanée des deux gènes n a jamais été trouvée. Le diagnostic de GIST est d abord effectué par l histologie et la détection de l expression de KIT par IHC. Dans les 5 % des cas où cette expression n est pas détectée et où la suspicion de GIST persiste, ainsi que dans quelques cas difficiles, la recherche de mutations de KIT ou de PDGFRA est nécessaire pour établir le diagnostic. L imatinib, qui est un inhibiteur de KIT, a révolutionné le pronostic des GIST localement avancés inopérables et/ou métastatiques : 30 % de patients en vie à un an avant l introduction de l imatinib et environ 90 % après. La réponse antitumorale à l imatinib semble être corrélée à la nature et à la présence de ces mutations. Cette réponse est meilleure en cas de mutation de l exon 11 qu en cas de mutation de l exon 9 ou d absence de mutation. À l inverse, la mutation D842V de l exon 18 de PDGFRA est considérée comme conférant une résistance primaire à l imatinib. Enfin, la présence de mutations de l exon 9 de KIT est une indication à doubler la dose de l imatinib. La recherche de ces altérations permet donc aujourd hui d optimiser la prise en charge des patients atteints de GIST. 22 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

23 > Activité au niveau national La recherche de mutations KIT a été effectuée pour 982 patients en 2010 et la recherche de mutations de PDGFRA pour 891 patients (Fig. 19). Le nombre d examens réalisés a augmenté de 18 % depuis Figure 19 Évolution du nombre de recherches de mutations de KIT et de PDGFRA dans les GIST Nombre de patients KIT PDGFRA > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations identifiées est de 52,4 % pour KIT et de 9,8 % pour PDGFRA (Fig. 20 et 21). Ce taux varie entre 0 % (0/1 patient) et 79,1 % (125/206) pour KIT, et entre 0 % (0/1) et 21,4 % (3/15) pour PDGFRA. Figure 20 Répartition des taux de mutations de KIT par laboratoire (%) Figure 21 Répartition des taux de mutations de PDGFRA par laboratoire (%) Le taux de résultats non interprétables est de 9,7 % [0 % ; 23,3 %] pour la recherche de mutations de KIT. Pour la recherche de mutations sur le gène PDGFRA, le taux de résultats non interprétables est de 5,2 %, en baisse par rapport à 2009 (9,1 %). La diminution des résultats non interprétables est principalement due à une meilleure performance des SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

24 laboratoires. Ainsi, le taux le plus élevé de résultats non interprétables observé en 2010 est de 14,1 % contre 30,4 % en Pour les deux tests, la non-interprétabilité des résultats est le plus souvent imputée à la mauvaise qualité de l ADN. > Niveau d activité par plateforme Dix-sept plateformes réalisent la recherche de mutations de KIT et 15 la recherche de mutations de PDGFRA (Tableau 6). Le nombre médian de patients pris en charge par les plateformes est de 41 pour les deux tests. Trois plateformes ont réalisé moins de 10 recherches de mutations KIT et 2 plateformes moins de 10 tests de mutations PDGFRA. À l inverse, trois plateformes ont une activité supérieure à 100 patients par an pour ces deux tests : l AP-HP, le CHU-CLCC de Lyon et le CHU-CLCC de Bordeaux (Fig. 22). Ces trois plateformes réalisent à elles-seules la moitié des examens. Tableau 6 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de KIT et de PDGFRA Mutations KIT Nombre de plateformes 17/28 Nombre médian de patients/plateforme 41 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 226 Mutation PDGFRA 15/ Figure 22 Nombre de recherches des mutations de KIT et de PDGFRA dans les GIST KIT PDGFRA Nombre de patients SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

25 > Origine des prescriptions L origine des prescriptions a peu évolué entre 2009 et 2010, mais on note tout de même une augmentation de la part des prescriptions provenant d établissements privés. Par ailleurs, 21 % des prescriptions pour KIT (Fig. 23) et 29 % des prescriptions pour PDGFRA (Fig. 24) sont extrarégionales. Ceci met en évidence l existence d une activité de recours pour l ensemble des patients du territoire. Figure 23 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations KIT dans les GIST (%) 100,0 22,7 21,0 6,4 12,7 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 28,8 22,8 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 42,0 43,5 dans les établissements de la plateforme 0, Figure 24 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations PDGFRA dans les GIST (%) 100,0 24,3 7,8 29,2 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 29,7 17,3 8,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 38,2 45,4 dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

26 Syndrome de Lynch Le syndrome de Lynch (également appelé syndrome HNPCC, pour hereditary non polyposis colorectal cancer), se caractérise par l altération constitutionnelle d un des gènes MMR (mismatch repair) et prédispose à un risque accru de cancer colorectal et de cancers touchant d autres organes : l endomètre, l intestin grêle et l urothélium principalement. Les tumeurs développées dans ce cadre étant quasiment toujours de type MSI (MicroSatellite Instability), la recherche de ce phénotype tumoral est une étape importante dans l identification des patients candidats à une étude constitutionnelle des gènes MMR. En pratique, il est recommandé de réaliser ce pré-criblage somatique pour tous les patients atteints d un cancer du spectre large avant 60 ans. Les patients ayant un statut MSI sont orientés vers une consultation d oncogénétique pour une étude éventuelle des gènes MMR. Certains cancers sporadiques présentent également une instabilité des microsatellites : celleci n est pas due à une mutation d un gène MMR, contrairement à ce qui est observé dans les formes constitutionnelles, mais à une méthylation du gène MLH1. Cette forme moléculaire de cancer colorectal est fréquemment associée à une mutation du gène BRAF. Il est donc possible de réaliser de façon complémentaire au test MSI, une recherche d une méthylation du gène MLH1 et une recherche de mutation de BRAF : les patients MSI avec absence de mutation BRAF et de méthylation du gène MLH1 sont les plus susceptibles de présenter une mutation constitutive des gènes MMR. Instabilité des microsatellites > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d un test MSI contre en 2009, soit une hausse de 17 % (Fig. 25). Bien qu en augmentation, le nombre d examens MSI réalisés est encore loin de l objectif de tests fixé dans le rapport rédigé par Catherine Bonaïti 7. Figure 25 Évolution du nombre de recherches de MSI dans le syndrome de Lynch Nombre de patients Rapport sur l estimation des besoins de la population pour les 10 années à venir en termes d accès aux consultations et aux tests d oncogénétique. 26 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

27 > Taux d instabilité des microsatellites et de résultats non interprétables 13,6 % des tumeurs analysées présentent une instabilité des microsatellites [5,0 % ; 24,1 %], soit un total de 840 patients (Fig. 26). Ces patients sont potentiellement porteurs d une mutation constitutionnelle des gènes MMR et doivent êtres orientés vers une consultation d oncogénétique. Figure 26 Répartition des taux de tumeurs MSI par laboratoire (%) Le pourcentage de résultats non interprétable est de 5 % [0 % ; 24,6 %]. La principale raison évoquée est la dégradation de l ADN, notamment en raison du recours à des méthodes de fixation inappropriées. > Niveau d activité par plateforme. Le test MSI est effectué par 22 plateformes avec une activité médiane de 280 patients [20 ; 984] (tableau 7). Le nombre d examens réalisés est en augmentation dans toutes les plateformes à l exception de l AP-HP, Lyon et Nantes (Fig. 27) Tableau 7 Activité des plateformes pour le test MSI Test MSI Nombre de plateformes 22/28 Nombre médian de patients/plateforme 280 Nombre minimal de patients 20 Nombre maximal de patients 984 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

28 Figure 27 Évolution de l activité MSI dans les syndromes de Lynch Nombre de patients > Origine des prescriptions La proportion des prescriptions hors plateforme est de 42,9 %, contre 46,4 % l année précédente et l activité de recours pour les autres plateformes représente désormais 5,1 % des tests (Fig. 28). Le test MSI est principalement réalisé pour des patients atteints d un cancer du côlon ( nouveaux cas de cancers colorectaux contre nouveaux cas de cancers de l endomètre en 2011). De ce fait, la répartition de l origine des prescriptions devrait être proche de celle du test KRAS. Or, le pourcentage des patients pris en charge dans des établissements privés et dans les CH est plus faible (22,7 % vs 42,2 % et 15 % vs 24,6 %). De ce fait, la proportion de prescriptions extérieures reste insuffisante et est révélatrice d un défaut de couverture sanitaire pour ce test. 28 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

29 Figure 28 Origine des prescriptions pour le test MSI dans les syndromes de Lynch (%) 100,0 2,8 5,1 26,4 22,7 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 17,2 15,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 53,6 57,1 dans les établissements de la plateforme 0, Méthylation du promoteur de MLH1 > Activité au niveau national Parmi les patients présentant une instabilité des microsatellites, 134, soit 16 % d entre eux, ont bénéficié d une recherche de méthylation du promoteur de MLH1 (Fig. 29). Ce nombre est stable par rapport à Figure 29 Évolution du nombre de recherches de mutations de MLH Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le pourcentage de patients présentant une méthylation du gène MLH1 est de 41,0 % (37,4 % en 2009). Le cancer de ces patients n est donc pas d origine héréditaire. Le taux de résultats non interprétables est de 12,7 % et ceux-ci sont majoritairement dus à la mauvaise qualité de la fixation des échantillons. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

30 > Niveau d activité par plateforme Six laboratoires effectuent le test MLH1 avec un nombre médian de 17 patients [1 ; 49] (Tableau 8). Tableau 8 Activité des plateformes pour la recherche de méthylation de MLH1 Méthylation MLH1 Nombre de plateformes 6/28 Nombre médian de patients/plateforme 17 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 49 > Origine des prescriptions La majorité des tests MLH1 a été réalisée pour des patients pris en charge dans les établissements des plateformes (67,1 %), mais on note l apparition d une importante activité de recours en 2010 (21,1 %des tests) et l augmentation des prescriptions provenant des CH (11,8 %) (Fig. 30). La couverture territoriale de cet examen est donc en train de s améliorer progressivement. Figure 30 Origine des prescriptions pour le test MLH1 dans les syndromes de Lynch (%) 100,0 1,8 21,1 11,8 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 98,2 dans les CH hors plateforme 67,1 dans les établissements de la plateforme 0, Mutation de BRAF > Activité au niveau national La recherche de mutations de BRAF a été effectuée pour 693 patients en 2010 contre 430 en 2009, soit une hausse de 61 % (Fig. 31). 30 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

31 Figure 31 Évolution du nombre de recherches de mutations de BRAF 1000 Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le gène BRAF s est révélé muté chez 14,8 %des patients testés (16,3 % en 2009). Le taux de mutation observé varie entre 0 % (0/7 patients) et 33,3 % (4/12) selon les laboratoires. Le cancer de ces patients n est donc pas d origine héréditaire. Le taux de résultats non interprétables est de 3,3 % [0 %; 10,8 %]. > Niveau d activité par plateforme Le test BRAF a été réalisé par 17 plateformes pour un nombre médian de 38 patients testés (Tableau 9). Quatre plateformes ont réalisé moins de 10 tests en 2010, et deux en ont fait plus de 100. Tableau 9 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de BRAF Mutation BRAF Nombre de plateformes 17/28 Nombre médian de patients/plateforme 38 Nombre minimal de patients 4 Nombre maximal de patients 150 > Origine des prescriptions La proportion de prescriptions provenant d établissements extérieurs aux plateformes est en augmentation (42 %) et l année 2010 a vu naître une activité de recours pour les plateformes ne réalisant pas le test (8,5 % des patients testés) (Fig. 32). La couverture pour cet examen s est donc améliorée en SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

32 Figure 32 Origine des prescriptions pour le test BRAF dans les syndromes de Lynch (%) 100,0 9,3 8,5 50,0 14,4 16,5 16,7 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés 76,3 dans les CH hors plateforme 58,3 dans les établissements de la plateforme 0, Cancer du poumon Mutation d EGFR, prescription de l erlotinib et du gefitinib Les cancers du poumon non à petites cellules sont de mauvais pronostic (20 %de survie à 5 ans) et représentent aujourd hui la première cause de mortalité par cancer chez l homme. Les données de la littérature font clairement un lien entre l existence d une altération du gène EGFR et l efficacité des traitements ciblés anti-egfr (Gefitinib, Erlotinib) 8. Selon les résultats d une étude publiée en juin 2010, le gefitinib a un meilleur taux de réponse par rapport au traitement par chimiothérapie seule dans le cancer du poumon non à petites cellules avec mutation de l EGFR (73,7 % versus 30,7 %, p < 0,001) 9 et multiplie également par deux la survie médiane sans progression (10,8 mois versus 5,4 mois ; p < 0,001). En avril 2009, l EMA a donné une autorisation de mise sur le marché pour le gefitinib réservée aux patients atteints d une forme avancée ou métastatique et dont la tumeur porte une mutation activatrice de l EGFR. Depuis 2011, l erlotinib bénéficie également d une AMM européenne pour le traitement en monothérapie des patients porteurs d une mutation activatrice de l EGFR. Les mutations sont retrouvées dans les exons 18 à 21, codant pour le domaine kinase du récepteur : les plus fréquentes sont des délétions au sein de l exon 19 et une mutation ponctuelle au sein de l exon 21 (L858R). Ces mutations sont plus fréquemment retrouvées chez les patients atteints d un adénocarcinome, chez les femmes, chez les personnes d origine asiatique et chez les non-fumeurs. Cependant, la fréquence des mutations n est jamais suffisamment élevée pour que les facteurs cliniques puissent prédire à eux seuls la 8 «Mutations de l EGFR dans le cancer du poumon : mise en évidence d une cible moléculaire permettant un accès spécifique aux thérapies ciblées», INCa, mars Maemondo M et al. N Engl J Med 2010; 362: SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

33 présence d une mutation activatrice de l EGFR et se substituer à la détermination du statut EGFR. > Activité au niveau national La recherche de mutations activatrices de l EGFR a été réalisée pour patients en 2010, contre en 2009 (Fig. 33). Le nombre d examens réalisés a ainsi été multiplié par 6 en un an. Figure 33 Évolution du nombre de recherches de mutations l EGFR dans le cancer du poumon Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations identifiées est de 10,5 % (11,7 % en 2009) et est très variable d un laboratoire à l autre [6,9 % ; 20,6 %] (Fig. 34). Figure 34 Répartition des taux de mutations EGFR en 2010 (%) L analyse des résultats non interprétables montre que (Fig. 35) : dans 4,2 % des cas, le pourcentage de cellules tumorales dans le prélèvement est inférieur au seuil de détection du test utilisé par le laboratoire. Dans ce cas, il est possible de mettre en évidence une mutation du gène EGFR. Par contre, le risque de faux négatif est très élevé si une mutation n est pas mise en évidence Ce pourcentage est très variable d un laboratoire à l autre en fonction des techniques utilisées [0 % ; 17,3 %] ; dans 3,4 % des cas, l ADN s est avéré impossible à amplifier à cause d une mauvaise qualité de fixation du prélèvement ; dans 1,1 % des cas, il ne restait plus assez de matériel pour faire le test (Fig. 35). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

34 Figure 35 Taux de résultats non interprétables (% ± écart type) 10,0 4,2 3,4 5,0 1,1 0,0 ADN non amplifiable Bloc épuise Taux de cellules tumorales inférieur au seuil de détection > Niveau d activité par plateforme L ensemble des 28 plateformes ont réalisé le test EGFR en 2010, avec un nombre médian de 468 patients [168 ; 2730] (Tableau 10). Tableau 10 Activité des plateformes pour la recherche de mutations d EGFR Mutations EGFR Nombre de plateformes 28/28 Nombre médian de patients/plateforme 468 Nombre minimal de patients 168 Nombre maximal de patients 2730 > Origine des prescriptions Alors que 75 % des prescriptions provenaient des établissements de la plateforme en 2009, en % d entre elles viennent de l extérieur (Fig. 36). Cette évolution marque la généralisation de la prescription du test EGFR à tous les patients concernés, quel que soit leur lieu de prise en charge. 34 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

35 Figure 36 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations EGFR dans le cancer du poumon (%) 100,0 1,5 1,7 12,9 29,3 10,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 75,0 28,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 41,0 dans les établissements de la plateforme 0, Mutations de KRAS Plusieurs études ont montré que l efficacité du gefitinib et de l erlotinib est réduite chez les patients porteurs d un gène KRAS muté dans leur tumeur 10. Les mutations KRAS et EGFR sont le plus souvent exclusives. Ainsi, la recherche de mutations de KRAS peut éventuellement servir à confirmer le test EGFR. De plus, des études cliniques sont en cours pour évaluer l efficacité d inhibiteurs de MEK (AZD6244, GSK112212) chez des patients porteurs de mutations KRAS 11. > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié du test KRAS, soit près de 4 fois plus que l année précédente (Fig. 37). Cela représente 40 % des patients ayant bénéficié d un test EGFR. 10 Mao C. Lung Cancer Dec AZD6244 : NCT ; GSK : NCT SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

36 Figure 37 Évolution du nombre de recherches de mutations de KRAS dans le cancer du poumon Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations du gène KRAS est de 23,6 % et varie de 0 % (0/2 patients) à 56 % (37/66) selon les laboratoires. Il est comparable aux observations de 2009 (21,7 % de mutations). Le taux de résultats non interprétables est de 5,3 % [0 % ; 25,8 %]. Deux laboratoires ont un taux de résultats non interprétables supérieur à 10 %. > Niveau d activité par plateforme Vingt-et-une des 28 plateformes ont réalisé le test KRAS en 2010 pour un nombre médian de 280 patients [10 ; 1458] (Tableau 11). Tableau 11 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de KRAS Mutations KRAS Nombre de plateformes 21/28 Nombre médian de patients/plateforme 280 Nombre minimal de patients 10 Nombre maximal de patients 1458 > Origine des prescriptions Les prescriptions proviennent à 40,4 % d établissements extérieurs aux plateformes (Fig. 38). Cette proportion est en forte augmentation depuis 2009, mais à la différence des prescriptions du test de l EGFR, la majorité des prescriptions proviennent toujours des établissements des plateformes (59,6 %). 36 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

37 Figure 38 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations KRAS dans le cancer du poumon (%) 100,0 0,8 2,8 10,4 14,0 5,4 23,7 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 83,3 59,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Translocation d EML4-ALK dans le cancer du poumon La protéine de fusion EML4-ALK résulte d une inversion au niveau du bras cours du chromosome 2 aboutissant à la formation d une protéine chimère associant EML4 et la kinase ALK. L activité constitutive tyrosine kinase de cette protéine contribue à la prolifération cellulaire et à la croissance de la tumeur. Le crizotinib, un inhibiteur d ALK, a induit une régression de la tumeur chez 57 % des patients lors des essais cliniques 12. Depuis la publication de ces résultats fin 2010, la FDA a émis un avis favorable pour une AMM conditionnée à l expression de la protéine de fusion EML4-ALK. > Activité au niveau national Le gène de fusion EML4-ALK a été recherché pour 902 patients en Cette activité est encore peu développée, mais il faut noter que le crizotinib ne dispose pas encore d AMM ou d ATU de cohorte. > Taux de mutations et de résultats non interprétables La translocation EML4-ALK a été identifiée chez 6,3 % de patients et le pourcentage de résultats non interprétables est de 4,2 %. > Niveau d activité par plateforme Le test EML4-ALK a été effectué par 9 plateformes avec une médiane de 53 patients testés [1 ; 540] (Tableau 12). 12 Choi Y. L., N Engl J Med, 2010 Oct 28. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

38 Tableau 12 Activité des plateformes pour la recherche de translocation d EML4- ALK Translocation EML4-ALK Nombre de plateformes 9/28 Nombre médian de patients/plateforme 53 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 540 > Origine des prescriptions Les prescriptions proviennent à 44 % d établissements de la plateforme et à 56 % d établissements extérieurs (Fig. 39). Figure 39 Origine des prescriptions pour la recherche de la translocation d EML4- ALK dans le cancer du poumon (%) % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 44 dans les établissements de la plateforme Mélanomes Mutations de BRAF, prescription du verumafenib Le gène BRAF codant pour une protéine kinase située en aval de la voie de signalisation de l EGFR est muté dans environ 40 % des mélanomes. L essai clinique de phase III (BRIM3) a montré que le vemurafenib, un inhibiteur de BRAF, réduit significativement le risque de décès et la progression de la maladie de personnes atteintes d un mélanome métastatique 13. Après six mois, 84 % des patients ayant reçu le vemurafenib étaient encore en vie, contre 64 % des patients sous chimiothérapie. Le vemurafenib dispose d une ATU de cohorte conditionnée à la présence de la mutation V600E de BRAF depuis avril Chapman PB et al. N Engl J Med 2011; 364(26) : SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

39 > Activité au niveau national La recherche de mutations de BRAF a été effectuée pour 430 patients atteints d un mélanome en > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le pourcentage de tumeurs présentant une mutation de BRAF est de 32,7 % et varie entre 0 % (0/6 patients) et 71 % (5/7) (Fig. 40). On observe une grande hétérogénéité des résultats entre plateformes, mais cela peut être dû au petit nombre de tests réalisé par la plupart des laboratoires. Le taux de résultats non interprétables pour le test est de 8,2 % et varie de 0 % (0/3) à 25 % (6/24). Figure 40 Répartition des taux de mutations de BRAF par laboratoire (%) > Niveau d activité par plateforme Le test BRAF a été réalisé dans 15 plateformes en 2010 pour un nombre médian de 12 patients (Tableau 13). Seules 4 plateformes ont réalisé ce test pour plus de 20 patients en Tableau 13 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de BRAF Mutations BRAF Nombre de plateformes 15/28 Nombre médian de patients/plateforme 12 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 155 > Origine des prescriptions Quatre-vingt-six pour cent des prescriptions de test BRAF proviennent des établissements des plateformes et 14 % des établissements extérieurs (Fig. 41). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

40 Figure 41 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations BRAF dans les mélanomes (%) % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme Mutations de KIT La protéine KIT, ou CD117, est un récepteur à activité tyrosine kinase dont l activation stimule la prolifération, la migration et la différenciation cellulaire. Plusieurs études tendent à indiquer qu une mutation activatrice de KIT prédit la réponse clinique à des bloqueurs de l activité kinase de la protéine KIT. Ainsi, des essais cliniques de phase II et III sont en cours pour évaluer l intérêt thérapeutique de l utilisation d inhibiteurs de KIT (Nilotinib, Imatinib, Sunitinib) pour le traitement de mélanomes métastatiques. > Activité au niveau national Une recherche de mutation de KIT a été effectuée pour 256 patients en > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations de KIT est de 6,6 % et varie de 0 % (0/40 patients) à 37,5 % (3/8). Le pourcentage de résultats non interprétables est de 11,3 % [0 % (0/15) ; 30,4 % (14/46)]. > Niveau d activité par plateforme Le test KIT a été réalisé par 12 plateformes en L activité est encore peu développée, avec un nombre médian de 14 patients testés par plateforme [1 ; 59] (Tableau 14). 40 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

41 Tableau 14 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de KIT Mutations KIT Nombre de plateformes 12/28 Nombre médian de patients/plateforme 14 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 59 > Origine des prescriptions Les prescriptions de tests KIT proviennent majoritairement des établissements des plateformes (82 %) (Fig. 42). 11 % de prescriptions sont issues d autres plateformes tandis que seulement 8 % émanent d établissements privés et de CH hors plateforme. Figure 42 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations KIT dans les mélanomes (%) % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme Sarcomes Les sarcomes sont des tumeurs rares et variées, avec une cinquantaine de types et de soustypes histologiques dans la dernière version de classification de l OMS de Ceci rend leur diagnostic difficile. Celui-ci est posé sur des critères morphologiques et des études complémentaires en immunohistochimie. Les anomalies génétiques spécifiques des sarcomes sont maintenant bien définies : ce sont principalement des translocations spécifiques et l amplification de MDM2/CDK4 dans le cas des liposarcomes. Une anomalie spécifique a été décrite pour plusieurs types de sarcomes parmi lesquels on trouve le sarcome d Ewing, le synovialosarcome, le rhabdomyosarcome alvéolaire, le sarcome à cellules claires, le liposarcome myxoïde et à cellules rondes, le SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

42 chondrosarcome myxoïde extrasquelettique, la tumeur desmoplastique à cellules rondes, le sarcome alvéolaire des parties molles et le dermatofibrosarcome de Darier-Ferrand. La recherche de translocations spécifiques permet ainsi de classer certains sarcomes en complément du diagnostic histologique et des études en immunohistochimie Recherche de translocations diverses > Activité au niveau national Une recherche de translocation a été effectuée pour patients en 2010 contre en 2009, soit une augmentation de 20 % (Fig. 43). Le nombre d examens réalisés augmente régulièrement depuis Figure 43 Évolution du nombre de recherches de translocations Nombre de patients > Taux de translocations et de résultats non interprétables Le pourcentage de tumeurs présentant une translocation est de 47,1 % et varie entre 24,0 % (6/25 patients) et 66,7 % (8/12) selon les laboratoires. Le taux de résultats non interprétables est de 11,0 % [0 % ; 16,6 %]. > Niveau d activité par plateforme La recherche de translocations spécifiques a été réalisée dans 14 plateformes pour un nombre médian de 53 patients (Tableau 15). Les plateformes de Bordeaux, Curie et Nice et Lyon réalisent à elles seules plus de 80 % de l activité (Fig. 44). Tableau 15 Activité des plateformes pour la recherche de translocations diverses Translocations diverses Nombre de plateformes 14/28 Nombre médian de patients/plateforme 53 Nombre minimal de patients 5 Nombre maximal de patients SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

43 Figure 44 Évolution du nombre de recherches de translocations dans les sarcomes Nombre de patients > Origine des prescriptions Plus de la moitié des prescriptions proviennent d autres plateformes, mettant ainsi en évidence une activité de recours très importante par un petit nombre de plateformes (Fig. 45). Figure 45 Origine des prescriptions pour la recherche de translocations dans les sarcomes (%) 100,0 42,5 55,4 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 5,2 8,5 8,3 4,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 43,8 31,6 dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

44 Recherche de l amplification MDM2/CDK4 > Activité au niveau national Avec patients ayant bénéficié d un test, le nombre de recherches de l amplification MDM2/CDK4 a presque doublé en un an (Fig. 46). Cette augmentation est donc beaucoup plus importante que celle observée pour les autres recherches d anomalies chromosomiques dans les sarcomes (+ 20 % entre 2009 et 2010). Figure 46 Évolution du nombre de recherches de l amplification MDM2/CDK Nombre de patients > Taux d amplifications et de résultats non interprétables L amplification MDM2/CDK4 a été retrouvée dans 37,3 % des tumeurs testées (Fig. 47). Ce taux varie entre 12,5 % (1/8 patients) et 76,9 % (10/13) selon les laboratoires. Figure 47 Répartition des taux d amplification MDM2/CDK4 par laboratoire La pourcentage de résultats non interprétables est de 10,1 % et est compris entre 0 % (0/38) et 66,7 % (6/9) selon les laboratoires. > Niveau d activité par plateforme La recherche d amplification de MDM2/CDK4 a été réalisée par 17 plateformes pour un nombre médian de 38 patients (Tableau 16). Les plateformes de Bordeaux, Lyon et Nice réalisent à elles seules 60 % de l activité nationale (Fig. 48). 44 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

45 Tableau 16 Activité des plateformes pour la recherche d amplification de MDM2/CDK4 Amplification MDM2/CDK4 Nombre de plateformes 17/28 Nombre médian de patients/plateforme 38 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 387 Figure 48 Évolution du nombre de recherches d amplifications de MDM2/CDK4 dans les sarcomes par plateforme Nombre de patients > Origine des prescriptions Le test MDM2/CDK4 est effectué pour 36,6 % sur des prélèvements provenant d autres plateformes, mettant ainsi en évidence une activité de recours (Fig. 49). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

46 Figure 49 Origine des prescriptions pour la recherche de l amplification MDM2/CDK4 dans les sarcomes (%) 100,0 38,5 36,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 14,2 6,9 11,9 4,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 40,4 47,6 dans les établissements de la plateforme 0, Tumeurs cérébrales Amplification de MYCN dans les neuroblastomes Le neuroblastome est une tumeur maligne des cellules de la crête neurale donnant naissance au système nerveux sympathique qui s observe chez l enfant. Il représente environ 10 % des tumeurs solides de l enfant de moins de 15 ans. Dans 90 % des cas, le neuroblastome est diagnostiqué avant l âge de 5 ans. Le pronostic varie en fonction de l âge de l enfant, de l extension au bilan initial et des marqueurs biologiques, dont le statut de MYCN et des anomalies chromosomiques spécifiques. En particulier, l amplification de MYCN est un facteur de mauvais pronostic et les patients pour qui une amplification de MYCN est avérée font l objet d une intensification thérapeutique. > Activité au niveau national En 2010, la recherche d amplifications de MYCN a été effectuée pour 303 patients, soit une augmentation d activité de 45 % par rapport à 2009 (Fig. 50). 46 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

47 Figure 50 Évolution du nombre de recherches d amplifications de MYCN dans les neuroblastomes Nombre de patients > Taux d amplification et de résultats non interprétables Une amplification du gène MYCN a été identifiée pour 16,7 % des patients. Aucun cas de résultat non interprétable n a été rapporté en > Niveau d activité par plateforme Cet examen a été effectué par 8 plateformes pour une activité médiane de 15 patients (Tableau 17). L Institut Gustave Roussy (IGR), l Institut Curie et la plateforme de Lyon totalisent 90 % de l activité nationale. Tableau 17 Activité des plateformes pour la recherche d amplification de MYCN Amplification MYCN Nombre de plateformes 8/28 Nombre médian de patients/plateforme 15 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 117 > Origine des prescriptions Cinquante-quatre pour cent des examens sont effectués pour d autres plateformes, ce qui met en évidence la centralisation de cette activité au sein des plateformes de Lyon, de l IGR et de l Institut Curie (Fig. 51). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

48 Figure 51 Origine des prescriptions pour la recherche d amplifications de MYCN (%) 100,0 40,7 54,2 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 59,3 8,8 36,5 dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Codélétion de 1p/19q et mutation d IDH 1 et 2 dans les gliomes Les tumeurs cérébrales primitives sont représentées majoritairement par les gliomes. La classification actuellement la plus utilisée est celle de l OMS, qui classe les gliomes selon leur cellule originelle probable. On peut ainsi distinguer les astrocytomes, les oligodendrogliomes et les épendymomes. Parmi eux, les glioblastomes correspondent au grade IV de la classification établie par l OMS et présentent une forte malignité. La classification purement morphologique et la gradation des gliomes est difficile à établir. L hétérogénéité de ces tumeurs pose toujours un problème dans la prise en charge et le pronostic des patients. La codélétion 1p/19q constitue un argument fort en faveur d un diagnostic histologique d oligodendrogliome, ainsi qu un facteur pronostique favorable. Par ailleurs, la mutation des gènes IDH 1 et IDH 2 est très fortement corrélée à la codélétion 1p/19q et constitue également un facteur pronostique favorable. De plus, les tumeurs ayant une mutation sur l un de ces deux gènes sont associées à une chimiosensibilité accrue 14. L activité pour la recherche de mutations d IDH 1 et 2 n était pas recensée avant > Activité au niveau national La codélétion 1p/19q a été recherchée pour patients en 2010 (Fig. 52). La recherche de mutations des gènes IDH 1 et 2 a été effectuée pour 234 patients. 14 Houillier C et al. Neurology Oct ;75(17) : SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

49 Figure 52 Évolution du nombre de recherches de la codélétion 1p/19q 1500 Nombre de patients > Taux de codélétions et de résultats non interprétables Le taux de codélétions est de 37,9 % (34,4 % en 2009) et varie entre 0 % (0/1 patients) et 100 % (3/3) (Fig. 53). On observe une très forte hétérogénéité des taux de mutations entre les laboratoires, probablement liée au faible nombre de tests réalisés. Figure 53 Répartition des taux de codélétions 1p/19q par laboratoire Le pourcentage de résultats non interprétables est de 2,5 % et varie entre 0 % (0/124) et 41,7 % (5/12). La principale raison évoquée est la dégradation de l ADN dans les prélèvements. > Niveau d activité par plateforme La recherche de la codélétion de 1p/19q a été réalisée par 19 plateformes, pour un nombre médian de 223 patients et trois plateformes ont réalisé ce test pour moins de 10 patients dans l année (Tableau 18). Le test IDH a été réalisé par 5 plateformes, pour un nombre médian de 45 patients par plateforme. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

50 Tableau 18 Activité des plateformes pour la recherche la codélétion 1p/19q et de mutations d IDH1 et 2 Codélétion 1p/19q Mutations d IDH 1 et 2 Nombre de plateformes 19/28 Nombre médian de patients/plateforme 23 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 237 5/ > Origine des prescriptions La recherche de la codélétion 1p/19q a été réalisée à 84,4 % pour des prescriptions provenant des établissements des plateformes. La part des prescriptions issues d autres plateformes a fortement diminué, passant de 18,4 % à 4,1 % en un an (Fig. 54). L activité IDH, qui est en train de se mettre en place, a été réalisée uniquement pour des patients pris en charge dans les établissements des plateformes. Figure 54 Origine des prescriptions pour la recherche de la codélétion 1p/19q pour les gliomes (%) 100,0 18,4 2,2 4,3 4,1 1,9 9,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 75,2 84,4 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Méthylation de MGMT dans les glioblastomes Le gène MGMT code pour la protéine de réparation MGMT dont la fonction est de réparer les erreurs de réplication de l ADN. La présence de la protéine MGMT dans les cellules normales permet de les protéger vis-à-vis des carcinogènes exogènes. Le traitement des patients atteints de glioblastome repose sur la radiothérapie avec un traitement concomitant, puis adjuvant de témozolomide. La méthylation du gène MGMT est 50 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

51 un facteur de chimiosensibilité au témozolomide (agent alkylant) des glioblastomes 15 (meilleure chimiosensibilité des tumeurs avec méthylation du promoteur du gène MGMT) : la médiane de survie globale des patients méthylés est de 23,4 mois, avec 13,8 % de survivants à cinq ans contre 12,6 mois et 8,3 % de survie pour les non méthylés 16. Depuis, d autres études ont confirmé ce résultat et la méthylation du promoteur de MGMT peut être considérée comme un facteur prédictif important de réponse au traitement standard des glioblastomes nouvellement diagnostiqués. Il n existe toutefois pas de traitement alternatif pour les patients dont la tumeur n est pas méthylée. > Activité au niveau national En 2010, 632 patients ont bénéficié d une recherche de méthylation de MGMT, contre 472 en 2009 (+34 %) (Fig. 55). On observe une augmentation régulière de l activité pour ce test depuis Figure 55 Évolution du nombre de prescriptions pour la recherche de méthylation de MGMT Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables En 2010, 45,1 % des tumeurs étudiées présentaient une méthylation du gène MGMT [34,4 % ; 71 %] (Fig. 56). Le pourcentage de patients avec un résultat non interprétable est de 1,5 % [0 % ; 11,8 %]. Figure 56 Répartition des taux de patients avec méthylation de MGMT par laboratoire Hegi ME et al. J Clin Oncol 2008; 26: Stupp R et al. Lancet Oncol 2009 ; 10 : SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

52 > Niveau d activité par plateforme Cet examen est réalisé par 12 plateformes, avec une activité médiane de 45 patients par plateforme [8;128] (Tableau 19). Tableau 19 Activité des plateformes pour la recherche de la méthylation de MGMT Méthylation MGMT Nombre de plateformes 12/28 Nombre médian de patients/plateforme 45 Nombre minimal de patients 8 Nombre maximal de patients 128 > Origine des prescriptions La quasi-totalité de l activité est réalisée par les établissements des plateformes (Fig. 57). Aucune activité de recours n a été rapportée, montrant que la couverture nationale de ce test est encore très incomplète. Figure 57 Origine des prescriptions pour la recherche de méthylation de MGMT (%) 100,0 0,4 0,3 0,4 2,1 dans les établissements privés 50,0 99,2 97,6 dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

53 2. HÉMOPATHIES 2.1. Leucémie myéloïde chronique (LMC) Détection du transcrit de fusion BCR-ABL, prescription d imatinib, de dasatinib et de nilotinib La leucémie myéloïde chronique (LMC) est une maladie de la cellule souche hématopoïétique responsable d une prolifération de la lignée myéloïde. Elle est caractérisée, dans 95 % des cas, par la translocation t(9;22)(q34;q11) avec apparition d un gène de fusion BCR-ABL sur le chromosome Philadelphie. La translocation de BCR-ABL est retrouvée également chez certains patients atteints de leucémie aiguë lymphoblastique (LAL). L imatinib est un inhibiteur de tyrosine kinase (ITK) ciblant directement la protéine de fusion BCR-ABL qui a révolutionné la prise en charge de la LMC depuis le début des années Il constitue le traitement standard des patients porteurs d une translocation BCR-ABL. Il a pu être montré que la survie globale sous imatinib était de 88 % après 6 ans 17. Depuis décembre 2010, le dasatinib et le nilotinib disposent également d une AMM pour le traitement en première ligne des patients porteurs d une translocation BCR-ABL. La mise en évidence du transcrit BCR-ABL au moment du diagnostic permet tout d abord d estimer la réponse au traitement par des ITK, puis de suivre la maladie résiduelle. Une diminution ou une augmentation de ce taux met en évidence précocement une résistance au traitement, permettant ainsi d adapter celui-ci le plus rapidement possible. La quantification de BCR-ABL doit donc être effectuée à intervalles réguliers pendant toute la durée du traitement. Des mutations ponctuelles ont été décrites dans le domaine tyrosine kinase de la protéine ABL, induisant une résistance aux ITK. En cas de résistance primaire ou secondaire au traitement, la détection précoce de ces mutations permet d adapter le dosage ou de proposer un traitement par un autre inhibiteur de tyrosine kinase. Le type de mutation trouvé peut orienter le choix du traitement de seconde ligne, afin de prescrire une molécule 18 efficace contre la forme mutée de BCR-ABL du patient. Détection du transcrit de fusion BCR-ABL > Activité au niveau national En 2010, la détection de BCR-ABL a été effectuée chez 6 569* patients. L expression du transcrit BCR-ABL déterminant à elle seule la prescription de l imatinib, sa recherche est effectuée très tôt dans le processus diagnostique de suspicion d une LAL ou d un syndrome myéloprolifératif. Le nombre d examens réalisés est relativement stable depuis 2008 (Fig. 58). 17 Hochhaus A et al. Leukemia Jun;23(6): Preudhomme C et al., Hématologie 2010 ; 16(1) : SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

54 Figure 58 Évolution du nombre de recherches de translocations de BCR- ABL dans les leucémies * Nombre de patients 4000 * Le nombre de patients n a pas été renseigné par toutes les plateformes, estimation à partir des données fournies > Taux de positivité du test et de résultats non interprétables Un transcrit de BCR-ABL a été détecté chez 22,6 % des patients (résultat obtenu sur la base de patients) et varie entre 4,2 % (5/120 patients) et 100 % (23/23) selon les laboratoires (Fig. 59). Cette proportion est stable puisqu en 2009, 20,2 % des patients testés présentaient une translocation de BCR-ABL. On peut donc estimer qu environ patients atteints de leucémie ont été identifiés comme porteurs d une translocation de BCR-ABL et peuvent bénéficier d un traitement par ITK. Figure 59 Répartition des taux de translocation BCR- ABL par laboratoire (%) Le pourcentage de résultats non interprétables est de 0,5 % [0 % ; 3,6 %]. Les trois quarts des laboratoires effectuant le test ont un taux de résultats non interprétable inférieur à 1 %. La principale raison évoquée est la dégradation de l ARN dans les échantillons. > Niveau d activité par plateforme La recherche de translocation de BCR-ABL a été réalisée par 27 des 28 plateformes pour un nombre médian 177 patients [25 ; 1342] (Tableau 20). 54 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

55 Tableau 20 Activité des plateformes pour la détection de BCR- ABL Détection de BCR-ABL Nombre de plateformes 27/28 Nombre médian de patients/plateforme 177 Nombre minimal de patients 25 Nombre maximal de patients 1342 > Origine des prescriptions Soixante-cinq pour cent des prescriptions proviennent des établissements des plateformes et 26,8 % de CH. Cette proportion a peu évolué depuis l année précédente (Fig. 60). Figure 60 Origine des prescriptions pour la recherche de translocation BCR- ABL dans les leucémies (%) 100,0 2,8 4,1 4,5 3,6 31,0 26,8 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 61,7 65,5 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Quantification de BCR-ABL > Activité au niveau national En 2010, examens ont été effectués pour un total de patients*, ce qui correspond à une moyenne de 2,2 tests par patient et par an (Fig. 61). Comme la plupart des patients restent sous traitement par ITK pendant plusieurs années et font l objet d un suivi régulier tout au long de leur vie, le nombre de prescriptions de cet examen est amené à augmenter régulièrement. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

56 Figure 61 Évolution du nombre de quantifications de BCR- ABL dans les leucémies Nombre d'examens * Nombre de patients* 8196 * Le nombre de patients n a pas été renseigné par toutes les plateformes, estimation à partir des données fournies > Niveau d activité par plateforme Cet examen a été réalisé par 27 plateformes pour une activité médiane de 205 patients [87 ; 3803] (Tableau 21). Contrairement aux autres plateformes, on constate une très forte augmentation de l activité pour l AP-HP (Fig. 62). Tableau 21 Activité des plateformes pour la quantification de BCR- ABL Quantification de BCR-ABL Nombre de plateformes 27/28 Nombre médian de patients/plateforme 205 Nombre minimal de patients 87 Nombre maximal de patients SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

57 Figure 62 Évolution du nombre de patients ayant bénéficié d une quantification de BCR- ABL 4000 Nombre de patients > Origine des prescriptions La quantification de BCR-ABL est réalisée à 28 % pour des patients pris en charge dans des établissements extérieurs aux plateformes (Fig. 63). L origine des prescriptions de tests BCR- ABL n a pas évolué par rapport à Figure 63 Origine des prescriptions pour la quantification de BCR- ABL dans les leucémies (%) 100,0 4,2 4,2 7,0 2,5 17,1 20,4 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 71,7 72,9 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Recherche de mutations d ABL La recherche de mutations d ABL est prescrite chez les patients porteurs de la translocation BCR-ABL lors d un échec du traitement ciblé par ITK. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

58 > Activité au niveau national L activité pour la recherche de mutations d ABL est en légère augmentation (+7 %) en raison de l augmentation de la prévalence de ces maladies, avec 950 patients testés en 2010 contre 888 en 2009 (Fig. 64). Figure 64 Évolution du nombre de recherches de mutations d ABL dans les leucémies Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations identifiées est de 28,0 % et varie entre 15,8 % (3/19 patients) et 60,0 % (2/3) selon les laboratoires (Fig. 65). Il est comparable aux résultats de l année précédente (27 %). Figure 65 Répartition des taux de mutations d ABL par laboratoire (%) Le pourcentage de patients avec un résultat non interprétable est de 4,2 % et varie entre 0 % (0/5) et 31,6 % (6/19) (Fig. 66). Les principales raisons évoquées sont la qualité et la quantité d ARN dans les échantillons. Figure 66 Répartition du taux de résultats non interprétables par laboratoire (%) SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

59 > Niveau d activité par plateforme Cet examen a été réalisé par 15 plateformes (13 en 2009) avec un nombre médian de 41 patients par plateforme [5 ; 382] (Tableau 22). Quatre plateformes ont une activité inférieure à 20 patients par an, et deux ont une activité supérieure à 100 patients (Fig. 67). Cette activité est stable dans toutes les plateformes à l exception des plateformes de l AP-HP et de Montpellier/Nîmes (Fig. 67). Tableau 22 Activité des plateformes pour la recherche de mutations d ABL Mutations ABL Nombre de plateformes 15/28 Nombre médian de patients/plateforme 41 Nombre minimal de patients 5 Nombre maximal de patients 382 Figure 67 Évolution de l activité ABL dans les leucémies par plateforme Nombre de patients > Origine des prescriptions La moitié des prescriptions proviennent des établissements de la plateforme et 30 % d établissements hors plateforme (Fig. 68). La proportion de prescriptions extrarégionales est en diminution (22,1 % en 2009 ; 15,8 % en 2010). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

60 Figure 68 Origine des prescriptions pour la recherche des mutations d ABL dans les leucémies (%) 100,0 22,1 15,8 6,7 4,5 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 20,3 30,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 50,9 49,7 dans les établissements de la plateforme 0, Anomalies chromosomiques spécifiques Le diagnostic des hémopathies repose sur des examens morphologiques et immunohistochimiques, mais il doit être complété par des analyses cytogénétiques ou moléculaires pour rechercher des réarrangements chromosomiques. Les analyses par FISH sont toujours ciblées sur une anomalie précise et nécessitent une orientation diagnostique préalable, mais permettent de détecter des anomalies cryptiques non détectables par un caryotype conventionnel. La recherche d anomalies chromosomiques par FISH est inscrite à la NABM depuis 2007 et est ainsi réalisable par tous les laboratoires de biologie médicale. > Activité au niveau national En 2010, 251 patients ont bénéficié d une recherche d anomalies de structure (hors BCR-ABL), soit un niveau comparable à l activité de 2009 (Fig. 69). 60 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

61 Figure 69. Évolution du nombre de recherches d anomalies de structure dans les LMC Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme Cet examen a été réalisé par 22 plateformes, pour une médiane de 3 patients testés (Tableau 23). Parmi les 22 plateformes effectuant ce test, seules 5 ont une activité supérieure à 10 patients. Tableau 23 Activité des plateformes pour la recherche d anomalies de structure Anomalies de structure Nombre de plateformes 22/28 Nombre médian de patients/plateforme 3 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 49 > Origine des prescriptions Près de neuf prescriptions sur dix proviennent des établissements des plateformes tandis que le reste des examens sont réalisés pour des patients pris en charge dans des CH (Fig. 70). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

62 Figure 70 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies de structure dans les LMC (%) 100,0 0,6 0,5 10,6 14,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 81,1 88,9 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) et leucémies aiguës myélocytaires (LAM) Anomalies chromosomiques Les leucémies aiguës lymphoïdes (LAL) ou lymphoblastiques sont caractérisées par une prolifération incontrôlée de lymphocytes immatures. La classification des LAL proposée par l OMS tient compte du caryotype, en distinguant les entités cytogénétiques suivantes : t(9;22)(q34;q11) avec fusion BCR-ABL, t(v;11q23) avec MLL remanié, t(1;19)(q23;p13) avec fusion E2A-PBX et t(12;21)(p13;q22) avec fusion ETV6-CBFalpha (TEL-AML1). Les anomalies chromosomiques apportent également des éléments pronostiques : les translocations t(9;22) et t(4;11) ainsi qu une hypodiploïdie inférieure à 45 chromosomes sont considérées de mauvais pronostic, alors que la t(12;21) et une hyperdiploïdie à plus de 50 chromosomes sont associées à un pronostic favorable. Les leucémies aiguës myéloblastiques (LAM) sont des proliférations clonales aiguës ou subaiguës, développées à partir des précurseurs hématopoïétiques (blastes) des lignées myéloblastiques, érythroblastiques ou mégacaryocytaires, et ce, à tous les stades de maturation de ces précurseurs. La classification OMS a inclus la présence de certaines anomalies dans les critères d identification de différentes entités des LAM : LAM avec t(8;21)(q22;q22)/aml1-eto, leucémies aiguës promyélocytaires (M3) avec t(15;17)(q22;q12)/pml-rara ou translocations variantes, LAM avec composante monocytaire et éosinophiles anormaux avec inv(16)(p13q22) ou t(16;16)(p13;q22)/cbfb-myh11 et les LAM à composante monocytaire avec anomalies 11q23 (MLL). Les anomalies chromosomiques sont le facteur prédictif le plus fort de la réponse thérapeutique et du risque de rechute et sont classées en trois catégories : les t(15;17), t(8;21) et inv(16) sont rattachées au groupe de bon risque, les caryotypes complexes, les anomalies du 5 (-5/5q-), du 7, du 3q, les t(6;9)(p23;q34) 62 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

63 et t(9;22)(q34;q11) sont retrouvées dans le groupe de mauvais risque alors que la trisomie 8 et les anomalies 11q23 sont de risque intermédiaire. Le recours au caryotype standard permet de mettre en évidence des modifications du nombre de chromosomes (hypoploïdies, hyperploïdies, pseudodiploïdies), ainsi que des anomalies de structure. Certaines de ces anomalies constituent un facteur pronostique essentiel conditionnant la prise en charge des patients. La recherche d anomalies chromosomiques peut aussi être réalisée et/ou complétée par des techniques plus ciblées comme la FISH ou la RT-PCR mais ces techniques ne permettent pas d analyser l ensemble du génome. > Activité au niveau national Un caryotype standard a été réalisé pour patients diagnostiqués pour une LAL/LAM/LMC (Tableau 24). En 2010, patients ont bénéficié d une recherche d anomalies chromosomiques par RT- PCR et par FISH (Fig. 71). Après une période de stabilité, l activité pour ces analyses est donc repartie à la hausse en 2010, quelle que soit la technique utilisée. Figure 71 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques dans les LAL/LAM Nombre de patients Divers transcrits de fusion (RT-PCR) Anomalies chromosomiques (FISH) > Niveau d activité par plateforme L examen par caryotype a été réalisé par 27 plateformes en Le nombre médian de patients est de 246 dans le cadre d un diagnostic des LAL/LAM [59 ; 886] (Tableau 24). La détection de transcrits de fusion par RT-PCR a été réalisée par 24 plateformes et la détection d anomalies chromosomiques par FISH par 25 plateformes (Tableau 24). Toutes les plateformes ont effectué le test avec au moins l une des deux techniques. Le nombre médian de patients testés est de 71 pour la FISH et de 49 pour la RT-PCR. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

64 Tableau 24 Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Caryotype standard FISH RT-PCR Nombre de plateformes 27/28 25/28 24/28 Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions La majorité des prescriptions de caryotypes proviennent des établissements des plateformes : 75 % pour les LAL/LAM. Les autres prescriptions sont essentiellement pour des patients pris en charge dans les CH hors plateforme (Fig. 72). Pour les examens réalisés par FISH, 84,1 % des prescriptions proviennent des établissements des plateformes (Fig. 73). Les prescriptions d analyses par RT-PCR sont plus diversifiées puisque 47,6 % d entres-elles sont issues de CH hors plateformes. Dans les deux cas, l origine des prescriptions n a pas significativement évolué depuis Figure 72 Origine des prescriptions pour les caryotypes standards dans les LAL/LAM (%) % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0 LAL/LAM 64 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

65 Figure 73 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques par FISH dans les LAL/LAM (%) FISH RT-PCR 100,0 0,7 0,3 3,1 2,1 9,1 13,6 100,0 3,8 0,5 0,7 0,5 41,0 47,6 50,0 50,0 87,1 84,1 54,5 51,4 0, , % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme Quantification de transcrits de fusion spécifiques Le gène WT1 est un facteur de transcription impliqué dans le développement des lymphocytes souvent surexprimé dans les leucémies. Il est désormais établi qu une surexpression de ce gène est un facteur de mauvais pronostic dans les LAM. Une étude clinique 19 a aussi mis en évidence un intérêt à suivre l évolution de l expression de WT1 suite à un protocole thérapeutique à base d anthracycline et de ctarabine dans les LAL et LAM. En effet, ces travaux ont montré que lorsque le niveau d expression de WT1 est peu modifié par le traitement (baisse d expression inférieure à un facteur 2), le risque de rechute est multiplié par deux. La quantification d autres transcrits de fusion spécifique au moment du diagnostic de LAL, de LAM ou de LMC, permet également de suivre la maladie résiduelle par FISH ou par RQ-PCR et de prédire le risque de rechute, permettant ainsi d adapter le traitement le plus précocement possible. 19 Cilloni D et al. J Clin Oncol 2009 ;27 (5) : SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

66 Quantification d anomalies chromosomiques > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d une quantification d anomalies chromosomiques contre 986 en 2009, soit une augmentation de 13 % (Fig. 74). Figure 74 Évolution du nombre de quantifications d anomalies chromosomiques 1500 Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme La quantification d anomalies chromosomiques a été réalisée par 23 plateformes pour un nombre médian de 44 patients [1 ; 138] (Tableau 25). Tableau 25 Activité des plateformes pour la quantification d anomalies chromosomiques Quantification d anomalies chromosomiques Nombre de plateformes 23/28 Nombre médian de patients/plateforme 44 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 138 > Origine des prescriptions La plus grande part des prescriptions (87,2 %) provient des établissements des plateformes (Fig. 75). Bien qu en augmentation, la part des prescriptions issues de CH reste faible (3,7 % en 2009 ; 12,1 % en 2010). 66 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

67 Figure 75 Origine des prescriptions pour la quantification d anomalies chromosomiques (%) 100,0 0,4 0,8 3,7 0,7 12,1 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 95,1 87,3 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Quantification de divers transcrits > Activité au niveau national Le suivi de la maladie résiduelle a été effectué pour un total de patients en 2010 contre en 2009 : pour la quantification de WT1 ; 2435 pour la quantification d un allèle muté ou d un gène hyperexprimé ; pour la quantification de transcrits de fusion (Fig. 76). Le nombre d examens réalisés est en constante augmentation depuis Figure 76 Évolution du nombre de patients ayant bénéficié d une quantification de divers transcrits dans les hémopathies * Nombre de patients * 2607* 1356* 2435* 2251* Transcrits de fusion allèle muté ou hyperexprimé WT * Le nombre de patients n a pas été renseigné par toutes les plateformes, estimation à partir des données fournies. > Niveau d activité par plateforme Ces examens sont réalisés par un nombre variable de plateformes : 10 pour la quantification de WT1, 19 pour la quantification de transcrits de fusion spécifiques et 7 pour la SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

68 quantification d un allèle muté ou hyperexprimé (Tableau 26). Le nombre de tests réalisés par chaque plateforme est très variable. Deux plateformes Lille et l AP-HP effectuent la plus grande part de l activité nationale : 76 % pour WT1, 62 % pour les transcrits de fusion et 90 % pour la quantification d un allèle muté ou hyperexprimé. Tableau 26 Activité des plateformes pour la quantification de divers transcrits de fusion Quantification de WT1 Quantification de divers transcrits de fusion Quantification d un allèle muté ou d'un gène hyperexprimé Nombre de plateformes 10/28 19/28 7/28 Nombre médian de patients/plateforme 36, Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions Une grande partie des tests de quantification de WT1 et d allèles mutés ou hyperexprimés sont réalisés pour des prescriptions extrarégionales (52 % et 58 % respectivement) (Fig. 77). Les autres prescriptions proviennent des établissements des plateformes. La quantification de divers transcrits de fusion est davantage réalisée au niveau régional : 71 % des prescriptions sont régionales et 30 % proviennent d autres plateformes. Toutes les plateformes n ayant pas renseigné cet item, les valeurs indiquées sont approximatives. Figure 77 Origine des prescriptions pour la quantification de divers transcrits (%) 100,0 29,9 51,9 0,1 3,8 57,5 50,0 0,1 0,6 0,9 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés 47,4 66,3 41,6 dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0,0 WT1 Transcrits de Fusion Allèle muté ou hyperexprimé 68 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

69 Quantification du réarrangement des gènes du TCR ou des Ig dans les LAL Les transcrits de fusion n étant pas toujours retrouvés au diagnostic, le suivi de la maladie résiduelle dans les LAL se fait également par analyse du réarrangement des gènes du TCR ou des Ig, la région de jonction de ces réarrangements étant unique pour chaque clone tumoral, donc pour chaque patient. Cette méthodologie nécessite la caractérisation préalable du réarrangement en question. Recherche de la clonalité B/T > Activité au niveau national Une recherche de clonalité B/T a été effectuée pour un total de 655 patients en 2010, contre en 2009, soit une diminution de 43 %. Cette baisse d activité concerne tous les marqueurs recherchés (Fig. 78). Figure 78 Évolution du nombre de recherches de clonalité B/T dans les LAL IGH- DHJH IGH-VHDHJH IGK IGL TCRB TCRD TCRG Clonalité B Clonalité T > Niveau d activité par plateforme La recherche de clonalité B/T dans les LAL est effectuée par 8 plateformes, avec une activité médiane de 22 patients par plateforme (Tableau 27). La plateforme de l AP-HP réalise à elle seule plus de la moitié de l activité nationale. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

70 Tableau 27 Activité des plateformes pour la recherche de clonalité B/T Clonalité B/T Nombre de plateformes 8/28 Nombre médian de patients/plateforme 22 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 368 Quantification d IGH TCR > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d une quantification d IGH-TCR, soit une augmentation de 38 % depuis 2009 (Fig. 79). Figure 79 Évolution du nombre de quantifications d IGH- TCR Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme La quantification d IGH-TCR est effectuée par 6 plateformes pour un nombre médian de 47 patients (Tableau 28). Les plateformes de l AP-HP et de Lille totalisent 90 % des tests réalisés, avec respectivement 978 et 200 patients. Les quatre autres plateformes ont effectué cet examen pour moins de 100 patients dans l année. 70 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

71 Tableau 28. Activité des plateformes pour la quantification d IGH-TCR Quantification IGH-TCR Nombre de plateformes 6/28 Nombre médian de patients/plateforme 47 Nombre minimal de patients 18 Nombre maximal de patients Mutations spécifiques (FLT3, NPM, CEBPA) Alors que les anomalies cytogénétiques représentent des facteurs pronostiques essentiels pour orienter la prise en charge des patients atteints de LAM, environ 40 % des patients ne présentent pas d anomalies cytogénétiques au moment du diagnostic. Des mutations ayant une forte valeur pronostique ont été identifiées dans les LAM, comme la duplication d une partie du gène FLT3 ou l ajout de 4 nucléotides au niveau de l exon 12 de NPM. Les mutations de NPM sont associées à un meilleur pronostic tandis que la duplication de FLT3 est associée à un plus mauvais pronostic. La combinaison de la forme sauvage du gène FLT3 associée à la forme mutée de NPM correspond au meilleur pronostic, alors que la forme mutée de FLT3 associée à la forme sauvage de NPM correspond au pronostic le plus sombre. D autres mutations à valeur pronostique ont été mises en évidence comme la mutation de WT1 ou celle de CEBPA. Le gène CEBPA est muté dans environ 5 % à 10 % des LAM et sa mutation est de bon pronostic pour les personnes atteintes d une LAM. II Mutations de FLT3 et NPM > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d une recherche de mutation de FLT3, soit un niveau comparable à celui de 2009 (Fig. 80). Le nombre de recherches de mutations de NPM a continué d augmenter en 2010 pour atteindre On compte désormais presque autant de tests NPM que de tests FLT3, suggérant que la plupart des patients bénéficient maintenant des deux tests. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

72 Figure 80 Évolution du nombre de recherches de mutations de FLT3 et NPM dans les LAM Nombre de patients FLT3 NPM > Taux de mutations et de résultats non interprétables Le taux de mutations pour le gène FLT3 est de 20,7 % et varie entre 0 % (0/8 patients) et 50 % (4/8) (Fig. 81). Le taux de mutations pour le gène NPM est de 27,7 % et est compris entre 14,5 % (10/67) et 47,8 % (11/23) (Fig. 82). Figure 81 Répartition des taux de mutations de FLT3 par laboratoire (%) Figure 82 Répartition des taux de mutations de NPM par laboratoire (%) Le pourcentage de patients avec un résultat non interprétable est de 1,8 % pour le test FLT3 [0 % ; 13,3 %] et de 1,4 % pour le test NPM [0 % ; 14,9 %]. La principale raison évoquée par les laboratoires pour expliquer les résultats non interprétables est un manque de matériel. > Niveau d activité par plateforme Le recherche de mutations FLT3 et NPM a été effectuée par 25 et 22 plateformes respectivement. L activité médiane est de 56 patients pour le test FLT3 et 54 patients pour le test NPM (Tableau 29). Les plateformes de Lille et de l AP-HP ont une activité très importante et totalisent 46 % et 43 % de l activité nationale pour ces deux tests 72 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

73 respectivement. Il faut noter que la plateforme de Lilloise est le centre référent pour les leucémies aiguës myéloblastiques du groupe ALFA. Tableau 29 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de FLT3 et NPM Mutations FLT3 Mutations NPM Nombre de plateformes 25/28 22/28 Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients 8 8 Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions La recherche de FLT3 et de NPM est effectuée à 65 % pour des patients pris en charge au sein des établissements des plateformes, et à 4 % pour des patients pris en charge dans les CH de la région (Fig. 83) ; 32,7 % de prescriptions pour le test FLT3 et 28,9 % des prescriptions pour le test NPM proviennent d autres plateformes, montrant qu il existe une importante activité de recours pour ces tests. Figure 83 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations de FLT3 et NPM (%) 100,0 FLT3 100,0 NPM 27,6 28,9 27,1 32,7 2,6 1,5 11,5 4,0 3,0 9,7 0,9 3,6 50,0 50,0 58,2 65,5 60,1 62,8 0, , % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

74 Mutations de CEBPA et autres > Activité au niveau national En 2010, 765 patients ont bénéficié d une recherche de mutation de CEBPA et d une recherche d autres mutations (Fig. 84). Figure 84 Évolution du nombre de recherches de mutations de CEBPA et d autres mutations Nombre de patients CEBPA Autres mutations > Taux de mutations et de résultats non interprétables Une mutation de CEBPA a été identifiée chez 9,1 % des patients, avec un pourcentage de résultats non interprétables de 3,1 %. L activité pour ces deux marqueurs est restée stable depuis > Niveau d activité par plateforme La recherche de mutations de CEBPA a été réalisée par 10 plateformes, pour une activité médiane de 32 patients (Tableau 30). La plateforme de Lille a effectué ce test pour 414 patients sur un total national de 765, tandis que les autres plateformes ont effectué cet examen pour 12 à 93 patients en La recherche d autres mutations a été effectuée par 9 plateformes pour une activité médiane de 61 patients [2 ; 662] (Tableau 30). Tableau 30 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de CEBPA et d autres mutations Mutations CEBPA Nombre de plateformes 10/28 Nombre médian de patients/plateforme 32 Nombre minimal de patients 12 Nombre maximal de patients 414 Autres mutations 9/ SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

75 > Origine des prescriptions La majorité des prescriptions provient d autres plateformes (62,3 % pour CEBPA et 62,7 % pour les autres mutations), montrant qu il s agit d une activité de recours importante (Fig. 85). Figure 85 Origine des prescriptions pour la recherche de mutations de CEBPA et d autres mutations (%) 100,0 CEBP CEBPA 100,0 Autres mutations 62,7 62,3 52,3 62,7 50,0 0,1 5,4 0,6 50,0 0,8 7,6 2,2 31,8 37,1 39,2 35,1 0, , % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme Leucémies : Chimérisme postgreffe Les analyses du chimérisme après greffe allogénique de cellules souches hématopoïétiques permettent de suivre la reconstitution du système immunologique chez les patients dans les semaines et les mois après la greffe, et représentent un paramètre indispensable pour les cliniciens en vue du suivi des patients. > Activité au niveau national La mise au point a été effectuée pour 671 patients en 2010, soit un niveau comparable à 2009 (Fig. 86). Le nombre de prescriptions pour le suivi du chimérisme postgreffe a augmenté, passant de en 2009 à en Les patients ayant bénéficié d un suivi ont eu en moyenne 3 examens au cours de l année. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

76 Figure 86 Évolution du nombre de prescriptions pour le chimérisme postgreffe Nombre de patients Mise au point Suivi > Niveau d activité par plateforme Les activités de mise au point et de suivi du chimérisme ont été réalisées par 9 et 13 plateformes respectivement, pour un nombre médian de 54 et 93 patients (Tableau 31). Table au 31 Activité des plateformes pour le chimérisme postgreffe Chimérisme postgreffe Mise au point Suivi Nombre de plateformes 9/28 13/27 Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients 28 6 Nombre maximal de patients Leucémies lymphoïdes chroniques (LLC), anomalies chromosomiques Les LLC se caractérisent par une accumulation de la lignée lymphoïde avec un taux anormalement élevé de lymphocytes dans le sang. Les lymphocytes atteints sont pour leur grande majorité des lymphocytes de type B, peu différents des cellules normales. La mise en route d un traitement dépend du stade de la maladie et les critères pronostiques orientent vers une simple surveillance ou la prescription d une chimiothérapie. Les anomalies cytogénétiques s imposent comme des critères pronostiques majeurs. Ainsi, la délétion 13q est considérée de bon pronostic alors que les délétions 11q (gène ATM) ou 17p (gène p53) sont corrélées à un mauvais pronostic. La recherche de ces anomalies chromosomiques par FISH s avère nécessaire pour mettre en évidence des anomalies cryptiques qui n ont pu être détectées par caryotype conventionnel. De plus, il a été montré que la présence d une 76 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

77 mutation ponctuelle dans le gène p53, sans délétion du gène, avait également une valeur pronostique défavorable. D autre part, les cellules leucémiques de 50 % des patients présentent des hypermutations somatiques dans les régions variables réarrangées des chaînes lourdes des immunoglobulines (IgVH). L étude de ce statut mutationnel permet de répartir les patients en deux groupes à l évolution bien distincte. Les patients mutés ont une évolution favorable et une faible probabilité de développer une maladie agressive, alors que les patients non mutés sont à risque de présenter une pathologie évolutive. > Activité au niveau national Un caryotype standard a été réalisé pour patients diagnostiqués pour une LLC en 2010 (Tableau 32). Le nombre de patients pour qui une recherche d anomalies chromosomiques par FISH a été réalisée augmente régulièrement depuis deux ans (Fig. 87). Ainsi, en 2010, patients ont bénéficié de cet examen, soit 20 % de plus qu en Le nombre de recherches de mutations somatiques d IgVH est de 696, soit une diminution de 20 % par rapport à À l inverse, le nombre de recherches de mutations de p53 a fortement augmenté, passant de 134 en 2009 à 212 en Figure 87 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques et de mutations d IgVH et de p53 dans les LLC Nombre de patients Anomalies chromosomiques Mutation somatique d'igvh Mutation de p > Niveau d activité par plateforme L examen par caryotype a été réalisé par 27 plateformes pour une médiane de 78 patients. Vingt-sept plateformes effectuent désormais la recherche d anomalies chromosomiques par FISH dans les LLC, pour un nombre médian de 103 patients (Tableau 32). Quatorze plateformes réalisent aussi la recherche de mutations somatiques d IgVH et 5 la recherche de mutations de p53. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

78 Tableau 32 Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Caryotype standard FISH Mutations somatiques IgVH Mutation p53 Nombre de plateformes 27/28 27/28 14/28 5/28 Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions Bien que les tests IgVH et p53 ne soient réalisés que par un nombre restreint de plateformes, les prescriptions extrarégionales sont très peu nombreuses (1,7 % pour IgVH et 0 % pour p53) (Fig. 88). La couverture du territoire pour ces examens reste donc très incomplète. Ceci peut toutefois s expliquer par l existence de techniques alternatives : par exemple, l expression de la protéine ZAP-70 dans les cellules leucémiques est corrélée au statut mutationnel d IgVH chez plus de 90 % des patients. La mesure de l expression de cette protéine peut être effectuée par immunohistochimie ou par cytométrie de flux. 78 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

79 Figure 88 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques dans les LLC (%) Anomalies chromosomiques Mutations somatiques IgVH 100,0 2,2 0,3 5,2 2,4 100,0 0,6 1,7 1,0 2,1 22,5 26,2 24,5 26,6 50,0 50,0 70,1 71,1 73,9 69,6 0,0 0, Mutation p53 100,0 15,4 17,0 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés 50,0 84,6 83,0 dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Syndromes myéloprolifératifs (SMP) hors LMC Anomalies chromosomiques Les syndromes myéloprolifératifs se caractérisent par la production non contrôlée, par la moelle osseuse, de cellules matures myéloïdes. On regroupe classiquement sous le terme de SMP autres que la LMC, les hémopathies malignes chroniques suivantes : thrombocythémie essentielle, polyglobulie de Vaquez, métaplasie myéloïde avec myélofibrose (ou splénomégalie myéloïde). Il existe également des entités rares comme les syndromes impliquant les loci des gènes PDGF α et β et la région 8p11, les syndromes myéloprolifératifs difficiles à classer et les syndromes myéloprolifératifs myélodysplasiques. La recherche d anomalies chromosomiques par FISH est effectuée chez les patients pour qui un diagnostic de syndrome myéloprolifératif est suspecté. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

80 > Activité au niveau national En 2010, patients on bénéficié d un caryotype dans le cadre d un diagnostic de syndrome myéloprolifératif et 382 patients ont bénéficié d une recherche d anomalies chromosomiques par FISH. Après une forte diminution en 2009, le nombre de tests par FISH semble désormais se stabiliser (Fig. 89). Figure 89 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques par FISH dans les SMP Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme En 2010, 27 plateformes ont réalisé la recherche d anomalies chromosomiques par caryotype pour une médiane de 54 patients (Tableau 33). La recherche d anomalies chromosomiques par FISH a été effectuée par 27 plateformes en 2010 (Tableau 33). La moitié des plateformes ont réalisé ces examens pour moins de 10 patients dans l année. Tableau 33 Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Caryotype standard FISH Nombre de plateformes 27/28 25/28 Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients 7 2 Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions La majorité des caryotypes (57 %) ont été réalisés pour des patients pris en charge dans les établissements de la plateforme (Fig. 90). Les autres prescriptions concernent essentiellement des patients pris en charge dans les CH. 80 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

81 Les prescriptions de diagnostic par FISH proviennent principalement des établissements des plateformes (65,5 %) et 25,1 % proviennent des CH hors plateformes (Fig. 91). La répartition des prescriptions n a pas évolué depuis Figure 90 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques par caryotype dans les SMP (%) 100,0 0,7 5,1 37,2 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 dans les établissements privés 57,0 dans les CH hors plateforme 0, dans les établissements de la plateforme Figure 91 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques par FISH dans les SMP (%) 100,0 4,8 5,3 0,7 8,7 26,4 25,1 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 63,5 65,5 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Mutations JAK2 V617F La présence de la mutation JAK2 V617F est spécifique des syndromes myéloprolifératifs : elle est retrouvée dans 65 à 97 % des polyglobulies de Vaquez, 23 à 57 % des thrombocythémies essentielles, 35 à 95 % des myélofibroses, mais n est jamais retrouvée dans les LMC. La présence de cette mutation constitue une information essentielle pour poser le diagnostic de ces pathologies et la recherche de la mutation de JAK2 V617F a été intégrée au processus SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

82 diagnostique de ces pathologies dans les critères de l OMS en En pratique clinique, la recherche de la mutation JAK2 V617F est utilisée en première intention en cas de suspicion de syndrome myéloprolifératif afin d éliminer ou de confirmer d emblée cette hypothèse. Il n existe pas encore de thérapies disponibles ciblant la mutation JAK2 V617F, mais plusieurs sont en phases de développement clinique. > Activité au niveau national La mutation JAK2 V617F a été recherchée pour patients en L activité pour ce marqueur est relativement stable depuis 2008 (Fig. 92). Figure 92 Évolution du nombre de recherches de la mutation JAK2 V617F Nombre de patients > Taux de mutations et de résultats non interprétables La mutation JAK2 V617F a été identifiée chez 28,8 % des patients [21,8 % ; 34,6 %] (30,4 % en 2009) (Fig. 93). Le pourcentage de résultats non interprétables est très faible, de seulement 0,2 %. Figure 93 Répartition des taux de mutations JAK2 V617F par laboratoire (%) > Niveau d activité par plateforme La recherche de la mutation JAK2 V617F est réalisée par 25 plateformes pour un nombre médian de 421 patients (Tableau 34). Il est à noter que les plateformes de Clermont-Ferrand et de Marseille utilisent la quantification de JAK2V617F comme procédure de détection de la mutation. 82 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

83 Tableau 34 Activité des plateformes pour la recherche de mutations de JAK2 Mutations JAK2 V617F Nombre de plateformes 25/28 Nombre médian de patients/plateforme 421 Nombre minimal de patients 87 Nombre maximal de patients 2433 > Origine des prescriptions La recherche de la mutation JAK2 V617F est effectuée à 27,1 % pour des patients pris en charge dans des CH, et 4,6 % des prescriptions proviennent d établissements privés (Fig. 94) ; 3,3 % des tests réalisés le sont pour des patients pris en charge dans d autres plateformes. Figure 94 Origine des prescriptions pour la recherche de la mutation JAK2 V617F (%) 100,0 1,8 4,1 4,2 5,7 28,5 25,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 65,5 64,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Mutations diverses La recherche de mutations autres que JAK2 V617F, comme par exemple des mutations dans l exon 12 de JAK2, de MPL ou de FIP1L1 permet d affirmer le diagnostic de SMP lorsque la mutation JAK2V617F n est pas mise en évidence, surtout chez des patients jeunes, avant traitement par chimiothérapie. > Activité au niveau national La recherche d autres mutations (notamment JAK2 exon 12 et FIP1L1) a été réalisée pour patients en 2010 (Fig. 95). Après une forte augmentation en 2009, le nombre d examens réalisés semble désormais se stabiliser. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

84 Figure 95 Évolution du nombre de recherches d autres mutations dans les SMP Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme Cet examen est réalisé par 17 plateformes, soit deux de plus que l année précédente. L activité médiane est de 86 patients [4 ; 632] (Tableau 35). Tableau 35 Activité des plateformes pour la recherche d autres mutations Autres mutations Nombre de plateformes 17/28 Nombre médian de patients/plateforme 86 Nombre minimal de patients 4 Nombre maximal de patients 632 > Origine des prescriptions La part des prescriptions issues de CH est en augmentation, passant de 36 à 53 %. À l inverse, le nombre de prescriptions provenant d autres plateformes reste faible, bien que toutes les plateformes ne réalisent pas le test (Fig. 96). 84 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

85 Figure 96 Origine des prescriptions pour la recherche d autres mutations dans les SMP (%) 100,0 1,6 1,8 6,9 1,3 36,1 53,0 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 55,4 43,9 dans les établissements de la plateforme 0, Quantification de JAK2 La quantification répétée de JAK2 V617F au cours du traitement permet de suivre l évolution du clone tumoral et d améliorer le suivi de ces patients. > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d une quantification de JAK2, soit le double qu en 2009 (Fig. 97). L examen a été réalisé en moyenne une fois par patient en Figure 97 Évolution du nombre de quantifications de JAK2 dans les SMP Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme La quantification de JAK2 a été réalisée par 17 plateformes en 2010, contre 13 en 2009 (Tableau 36). Le nombre médian est de 90 patients testés [1 ; 1307]. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

86 Tableau 36 Activité des plateformes pour la quantification de JAK2 Quantification JAK2 Nombre de plateformes 17/28 Nombre médian de patients/plateforme 90 Nombre minimal de patients 1 Nombre maximal de patients 1307 > Origine des prescriptions La majorité des prescriptions de quantification de JAK2 proviennent des établissements de la plateforme (77 %) (Fig. 98). Seulement 2,8 % des tests sont réalisés pour d autres plateformes, ce qui montre que tous les patients du territoire ne peuvent bénéficier de cet examen. Figure 98 Origine des prescriptions pour la quantification de JAK2 dans les SMP (%) 100,0 4,2 2,8 0,6 7,0 19,7 17,1 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 71,7 77,0 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, Syndrome myélodisplasique (SMD), anomalies chromosomiques Les syndromes myélodysplasiques (SMD) sont des affections clonales des cellules souches hématopoïétiques, qui présentent un trouble de différenciation aboutissant à un avortement intramédullaire des précurseurs myéloïdes et à des cytopénies sanguines. L étude cytogénétique réalisée sur moelle osseuse révèle des anomalies cytogénétiques : monosomie 5, monosomie 7, trisomie 8, trisomie 21, délétions partielles du 5q, du 7p, du 20q. Le diagnostic de SMD repose sur des caractéristiques cytologiques et est aidé par des paramètres biologiques, en particulier par la recherche de ces anomalies cytogénétiques. La recherche de mutations (RAS, p53, FLT3, AML1, etc.) dans les SMD ne permet pas d apporter d information pronostique indépendante ou d orienter vers un traitement spécifique et n est 86 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

87 pas justifiée en routine 20. La recherche d anomalies chromosomiques est réalisée lorsqu il y a suspicion de syndrome myélodisplasique. > Activité au niveau national En 2010, patients potentiellement atteints d un syndrome myélodisplasique ont bénéficié d une recherche d anomalie chromosomique par caryotype. Des anomalies chromosomiques spécifiques ont été recherchées par FISH pour patients (Fig. 99), ce qui marque une augmentation d activité de 43 % depuis Figure 99 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques dans les SMD Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme Toutes les plateformes ont réalisé des caryotypes pour le diagnostic de syndromes myélodisplasiques, tandis que 26 plateformes ont effectué des analyses par FISH. Le nombre médian de patients par plateforme est de 251 [13 ; 912] pour les caryotypes et de 35 [4 ; 294] pour la FISH (Tableau 37). Tableau 37 Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Nombre de plateformes Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients Caryotype standard 28/ FISH 26/ Consensus français sur les syndromes myelodysplasiques (smd) : diagnostic, classifications, traitement, mise à jour Juillet 2008, Groupe francophone des myélodysplasies (GFM). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

88 > Origine des prescriptions La recherche d anomalies chromosomiques par caryotype a profité principalement aux patients pris en charge dans les établissements des plateformes (62,4 %) tandis que 37,6 % proviennent d établissements extérieurs aux plateformes (Fig. 100). Concernant la recherche d anomalies spécifiques, 76,4 % des prescriptions sont issues des établissements des plateformes et 23,6 % proviennent de l extérieur. Ces données sont comparables à celles de 2009 (Fig. 101). Figure 100 Origine des prescriptions de caryotypes dans les SMD (%) 100,0 0,4 4,9 32,3 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 dans les établissements privés 62,4 dans les CH hors plateforme 0, dans les établissements de la plateforme Figure 101 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques par FISH dans les SMD (%) 100,0 1,5 0,3 5,5 3,5 20,6 19,8 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 72,4 76,4 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

89 2.6. Myélome multiple et syndromes lymphoprolifératifs, anomalies chromosomiques Le myélome multiple (MM) est une hémopathie maligne caractérisée par une prolifération plasmocytaire monoclonale envahissant la moelle hématopoïétique. Le pronostic du myélome multiple est mauvais. Il existe cependant des disparités importantes avec des formes peu actives et d autres formes très agressives avec décès rapide. Les marqueurs de mauvais pronostic sont à rechercher pour adapter l attitude thérapeutique et en particulier la détermination de paramètres génétiques de mauvais pronostic tels que la t(4;14), la del(17p) ou la del(13). Ces analyses doivent se faire sur cellules triées et non sur moelle totale, ce qui nécessite une expertise spécifique. > Activité au niveau national En 2010, la recherche d anomalies chromosomique par caryotype a été réalisée pour patients atteints de myélome multiple. De plus, analyses ont été réalisées par FISH, soit un niveau d activité comparable à celui de 2009 (Fig. 102). Figure 102 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme Des caryotypes ont étés réalisés par 25 plateformes pour une médiane de 68 patients [2 ; 214] (Tableau 38). La recherche d anomalies chromosomiques spécifique a été effectuée par 23 plateformes pour une médiane de 50 patients [1 ; 1965]. On observe cependant de grandes disparités : la plateforme de Nantes réalise à elle-seule 60 % de l activité nationale tandis que 4 plateformes effectuent moins de 10 examens par an. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

90 Tableau 38. Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Nombre de plateformes Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients Caryotype standard 25/ FISH 23/ > Origine des prescriptions Plus de la moitié des prescriptions pour ces examens sont extrarégionales (Fig. 103 et 104). Ceci s explique par la concentration de l activité dans la plateforme de Nantes. Figure 103 Origine des prescriptions de caryotypes (%) % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50 dans les établissements privés 3 10 dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 90 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

91 Figure 104 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques par FISH (%) 100,0 44,4 56,4 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 4,2 6,5 3,3 9,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 44,9 30,7 dans les établissements de la plateforme 0, Lymphomes Détection d anomalies chromosomiques Les lymphomes malins non hodgkiniens (LNH) représentent un groupe de maladies hétérogènes résultant de la prolifération maligne de cellules lymphoïdes matures, B ou T, à différents stades de différenciation et définis par des critères anatomopathologiques selon la classification OMS. Cette prolifération peut se faire aux dépens d un organe lymphoïde (ganglion, rate) ou autre (peau, estomac, poumon, etc.). Le diagnostic de lymphome malin repose sur l examen histologique et phénotypique de la biopsie tissulaire réalisée à partir de la lésion responsable des symptômes de la maladie. Lorsque l analyse morphologique et immunologique ne permet pas de conclure, la cytogénétique et la biologie moléculaire apportent une aide diagnostique. Certaines anomalies génétiques récurrentes sont corrélées au sous-type de lymphome : la translocation t(11;14)(q13;q32), observée dans la plupart des lymphomes du manteau, entraîne le réarrangement des gènes CCND1-JH, induisant une surexpression du gène de la cycline D1 ; la translocation t(2;5)(p23;q35) entrainant un gène de fusion NPM-ALK est la plus fréquente dans les lymphomes anaplasiques à grandes cellules de phénotype T ou nul. D autres translocations spécifiques de certains lymphomes sont également décrites : la translocation t(8;14)(q24;q32) et ses variantes : le réarrangement du locus MYC (bande 8q24) est constant dans le lymphome de Burkitt et fait partie de la définition de cette entité ; la translocation t(14;18)(q21;q32) est détectable dans plus de 90 % des lymphomes folliculaires et 20 % des lymphomes B diffus à grandes cellules. Le réarrangement BCL2- JH, résultant de cette translocation entraîne la surexpression de BCL2 ; SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

92 la translocation t(11;18)(q21;q21) entrainant la jonction API2-MALT1 se voit dans les lymphomes du tissu lymphoïde associé aux muqueuses (MALT). La recherche d anomalies chromosomiques spécifiques peut être réalisée par un caryotype standard, par FISH ou par RT-PCR. Le choix de la technique utilisée pour la mise en évidence des translocations spécifiques dans les lymphomes dépend en particulier de la nature de l altération et du nombre de points de cassure. Ainsi, la translocation t(2;5) dans le lymphome anaplasique à grandes cellules est mise en évidence par PCR après «reverse transcription» alors que la recherche de la translocation t(8;14) dans le lymphome de Burkitt se fait plus aisément sur FISH interphasique. Les anomalies peuvent aussi être recherchées de manière indirecte en mesurant la surexpression de BCL2 ou de la cycline D1. > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d une recherche d anomalies chromosomiques par caryotype. De plus, patients ont bénéficié d une recherche d anomalies chromosomiques par FISH, patients d une recherche de remaniements spécifiques par RT-PCR et 838 patients d une quantification de la cycline D1 (Fig. 105). La baisse d activité pour la recherche de remaniements spécifiques peut s expliquer par l augmentation des analyses par FISH ou par la recherche de marqueurs indirects tels que la surexpression de la cycline D1. Figure 105 Évolution du nombre de recherches d anomalies chromosomiques dans les lymphomes * 2374 Nombre de patients * Anomalies chromosomiques (FISH) Remaniements spécifiques (RT-PCR) Quantification cycline D * Le nombre de patients n a pas été renseigné par toutes les plateformes, estimation à partir des données fournies. > Taux d anomalies et de résultats non interprétables Des anomalies chromosomiques ont été trouvées dans 55 % des lymphomes analysés (estimation obtenue sur une base de 900 patients) [40,4 % ; 84,5 %]. > Niveau d activité par plateforme La recherche d anomalies chromosomiques est réalisée par l ensemble des plateformes : 18 plateformes ont recours aux deux techniques, 8 plateformes utilisent uniquement la FISH, et 1 plateforme ne fait que de la RT-PCR. Le nombre médian de patients ayant bénéficié d un test est de 42 pour la recherche d anomalies par FISH et de 45 pour les analyses par RT-PCR (Tableau 39). La quantification de la cycline D1 a été effectuée par 17 plateformes pour un nombre médian de 24 patients. 92 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

93 Tableau 39. Activité des plateformes pour la recherche d anomalies chromosomiques Caryotype standard FISH Détection de remaniements spécifiques par RT-PCR Quantification de la cycline D1 Nombre de plateformes 27/28 26/28 20/28 17/28 Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions L origine des prescriptions a peu évoluée depuis 2009 : la majorité des prescriptions proviennent des établissements des plateformes (61 % pour la FISH, 78 % pour la RT-PCR et 81 % pour la cycline D1) (Fig. 106). SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

94 Figure 106 Origine des prescriptions pour la recherche d anomalies chromosomiques dans les lymphomes 100,0 0,8 16,0 16,4 FISH 7,8 13,1 18,5 100,0 RT-PCR 0,2 3,5 0,4 7,2 23,0 14,7 50,0 50,0 66,9 60,6 73,3 77,7 0, , ,0 50,0 Cycline D1 1,1 3,7 15,0 15,7 83,9 80,6 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 0, dans les établissements de la plateforme Recherche de la clonalité L évaluation de la clonalité B/T permet de distinguerune lymphoprolifération réactionnelle polyclonale d une lymphoprolifération maligne monoclonale quand l analyse morphologique et phénotypique est difficile à interpréter et n apporte pas la preuve définitive du lymphome. L évaluation de la clonalité est établie par une étude du réarrangement des gènes du récepteur T (TCR) à l antigène pour les lymphoproliférations T ou des gènes des immunoglobulines pour les lymphoproliférations B. Pour un patient donné, la clonalité B et/ou T peut être recherchée. Les techniques principalement utilisées ont fait l objet d un projet européen Biomed-2 d harmonisation des techniques moléculaires et sont basées sur des PCR multiplexes van Krieken JH et al. Leukemia Feb;21(2): SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

95 > Activité au niveau national Le nombre de recherches de réarrangements des gènes du TCR ou des immunoglobulines a augmenté de 15 % entre 2009 et 2010, passant de tests à Ces chiffres masquent toutefois des disparités entre les marqueurs recherchés : l activité pour les deux marqueurs les plus étudiés (IGH-VHDHJH et TCRG) est restée stable tandis qu on observe une forte augmentation d activité pour l étude de tous les autres marqueurs (Fig. 107). Figure 107 Évolution du nombre de recherches de clonalité B/T pour les lymphomes IGH-VHDHJH IGK IGH-DHJH IGL TCRG TCRB TCRD Clonalité B Clonalité T > Niveau d activité par plateforme Les deux tests les plus courants ont été réalisés par 19 plateformes, avec une médiane de 97 tests pour la clonalité B et de 184 tests pour la clonalité T (Tableau 40). Les plateformes de l AP-HP et de Bordeaux réalisent à elles seules environ la moitié de l activité pour la recherche de clonalité. Tableau 40 Activité des plateformes pour la recherche de clonalité tests IGH-VHDHJH tests TCRG Nombre de plateformes 19/28 19/28 Nombre médian de tests/plateforme Nombre minimal de tests 2 2 Nombre maximal de tests SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

96 > Origine des prescriptions On ne note pas d évolution notable de l origine des prescriptions entre 2009 et La majorité des prescriptions proviennent des établissements des plateformes (73,4 %) (Fig. 108). À l inverse, l activité de recours est très faible puisque seulement 0,4 % des prescriptions sont extrarégionales. Cette activité n est donc pas réalisée pour l ensemble des patients du territoire. En cas d incertitude pour poser un diagnostic de lymphome, des techniques alternatives, comme la cytométrie de flux, sont employées dans certaines régions. Figure 108 Origine des prescriptions pour la recherche de clonalité B/T (%) 100,0 0,4 0,4 3,5 9,3 17,1 16,9 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 79,1 73,4 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

97 3. PHARMACOGÉNÉTIQUE CONSTITUTIONNELLE La pharmacogénétique étudie les mécanismes d origine génétique intervenant dans la réponse aux médicaments et permet l optimisation des traitements médicamenteux, tant en termes d efficacité que de sécurité d emploi. De nombreux polymorphismes génétiques affectant les gènes codant pour des enzymes, des transporteurs et des récepteurs ont été décrits, ainsi que leurs conséquences sur l effet d un grand nombre de médicaments. On peut citer à titre d exemple : polymorphismes du gène UGT1A1 et toxicité accrue à l Irinotécan : les patients homozygotes pour l allèle UGT1A1*28 présentent un risque accru de toxicité à l irinotécan : une dose réduite peut leur être prescrite d emblée ; polymorphismes du gène TPMT et toxicité accrue aux médicaments thiopuriniques. Trois allèles, TPMT*2, TPMT*3A et TPMT*3C, sont impliqués dans la très grande majorité des patients avec des activités réduites de TPMT. Les patients homozygotes pour ces allèles sont déficients en TPMT et donc à risque accru de toxicité ; polymorphismes du gène DPYD et une toxicité accrue au 5-FU : il existe un lien démontré entre polymorphismes de DPYD et toxicité accrue au 5-FU. Néanmoins, tous les polymorphismes impliqués dans ce mécanisme n ont pas été mis en évidence à ce jour. > Activité au niveau national En 2010, patients ont bénéficié d un examen de pharmacogénétique constitutionnelle, contre en 2009, soit une augmentation de 8 % (Fig. 109). Figure 109 Évolution du nombre de prescriptions pour la pharmacogénétique constitutionnelle Nombre de patients > Niveau d activité par plateforme Ces examens ont été réalisés par 6 plateformes, avec une activité médiane de 103 patients [5 ; 3 762] (Tableau 41). L essentiel de cette activité (91 %) est effectuée par la plateforme d Angers, en particulier pour l analyse des polymorphismes des gènes DPYD et UGT1A1. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

98 Tableau 41 Activité des plateformes pour la pharmacogénétique constitutionnelle Pharmacogénétique constitutionnelle Nombre de plateformes 6/28 Nombre médian de patients/plateforme 103 Nombre minimal de patients 5 Nombre maximal de patients 3762 > Origine des prescriptions La moitié de cette activité est effectuée pour d autres plateformes, montrant qu il s agit d une activité de recours (Fig. 110). Néanmoins, la couverture nationale est encore incomplète. Figure 110 Origine des prescriptions pour la pharmacogénétique constitutionnelle (%) 100,0 48,2 49,9 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme 50,0 5,0 2,5 10,7 14,6 dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 36,0 33,0 dans les établissements de la plateforme 0, SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

99 4. HYBRIDATION GÉNOMIQUE COMPARATIVE (CGH ARRAY) La CGH Array est une technique basée sur l utilisation de puces à ADN et qui permet de suivre l évolution du nombre de copies de séquences d ADN sur tout le génome. Elle permet ainsi de détecter l apparition d amplifications/délétions dans les tumeurs et les métastases. Cette technique est encore relativement confinée dans les laboratoires de recherche, mais elle commence à s introduire dans les laboratoires hospitaliers pour le diagnostic des remaniements chromosomiques. > Activité nationale En 2010, 764 patients ont bénéficié d une analyse par CGH Array pour des hémopathies et 333 patients pour les tumeurs solides (Tableau 42). Cette activité a été réalisée par 8 plateformes en 2010 (Tableau 42). Cinq plateformes y ont eu recours pour les hémopathies (AP-HP, Lille, Nice, Angers et Curie) et quatre pour les tumeurs solides (Bordeaux, Institut Curie, IGR et Nice). La plateforme d Angers concentre 40 % de l activité nationale dans les hémopathies, et l Institut Curie réalise à lui seul les deux tiers de l activité dans les tumeurs solides. Tableau 42 Activité des plateformes pour la CGH Array Hémopathies Tumeurs solides Nombre de plateformes 5/28 4/28 Nombre total de patients Nombre médian de patients/plateforme Nombre minimal de patients 42 5 Nombre maximal de patients > Origine des prescriptions La quasi-totalité des prescriptions d analyse par CGH Array pour les hémopathies proviennent des établissements des plateformes (Fig. 111). Dans les tumeurs solides, 51 % des patients ayant bénéficié de ce test sont pris en charge dans les établissements des plateformes, et 32 % dans des établissements extrarégionaux (Fig. 111). Figure 111 Origine des prescriptions pour la CGH Array (%) SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

100 100,0 0,4 0,0 0,4 50,0 99,1 31,7 0,4 17,2 % de prescriptions provenant d'une autre plateforme dans les établissements privés dans les CH hors plateforme 50,8 dans les établissements de la plateforme 0,0 Hémopathies Tumeurs solides 100 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

101 PERSONNEL RECRUTÉ SUR LES DOTATIONS ALLOUÉES PAR L INCA ET LA DGOS Les dotations reçues par les plateformes ont permis entre autres le recrutement de 92 ETP de personnel non médical. La majorité de ces recrutements concernent des techniciens (69,4 ETP). Des ingénieurs (20,5 ETP) et des personnels administratifs ont aussi pu être recrutés (2 ETP) (Fig. 112). Vingt-quatre plateformes ont recruté des techniciens et 14 plateformes ont recruté des ingénieurs pour une moyenne de 2,5 ETP de techniciens et 0,7 ETP d ingénieurs par plateforme. Onze ETP de techniciens ont été recrutés en Figure 112 Personnel recruté sur les dotations INCa/DGOS ,3 71, Nombre d'etp ,5 20,5 0 2,0 2,0 1,0 1,0 Technicien Ingénieur Administratif ARC SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

102 CONCLUSION ET PERSPECTIVES La synthèse des données d activité des plateformes permet de mettre en avant les points suivants. Évolution du nombre annuel d examens effectués Le nombre annuel d examens réalisé au sein des plateformes est résumé dans le tableau 43. Le volume d activité global est élevé et en augmentation, que ce soit en onco-hématologie ou pour les tumeurs solides ; patients ont bénéficié d un test moléculaire en 2010, contre en 2009, soit une augmentation de 45 %. Les plateformes disposent d un catalogue de 60 tests dont 14 déterminants pour l accès à des thérapies ciblées existantes ou en cours de développement. Très peu de nouveaux tests moléculaires ont été inscrits au catalogue des plateformes en 2010, à l exception principalement de la recherche des mutations d IDH1 et IDH2 dans les gliomes. L augmentation de l activité est donc liée à des tests moléculaires déjà inscrits au catalogue des plateformes en L évolution de l activité est très variable d un marqueur à l autre et doit être analysée au regard de l estimation prévisionnelle des besoins à l échelle nationale. Tout d abord, les plateformes de génétique moléculaire sont en capacité de réaliser des montées en charge rapides de leur activité. Après le test KRAS dans le cancer colorectal en 2009, elles l ont à nouveau démontré en 2010 avec la recherche des mutations activatrices de l EGFR dans le cancer du poumon. Plus de patients ont bénéficié de ce test en 2010 contre seulement en À l inverse, la stabilisation du nombre de tests KRAS était attendue et met en évidence l atteinte d une phase d équilibre correspondant à la couverture des besoins sanitaires. On constate une augmentation régulière d une année sur l autre du nombre de certains tests réalisés, comme la quantification de BCR-ABL dans les leucémies ou la recherche de l amplification de HER2 par hybridation in situ dans les cancers du sein. Si l augmentation du nombre de quantifications de BCR-ABL reflète le nombre croissant de patients restant sous traitement par ITK pendant plusieurs années, elle est plus difficilement explicable pour la détermination du statut HER2. Enfin, la montée en charge de certains tests reste insuffisante, comme le test MSI dans le syndrome de Lynch. En effet, patients ont bénéficié d un test MSI à comparer aux tests attendus chaque année selon l estimation du rapport de C. Bonaïti 22. Évolution des pourcentages d altérations moléculaires identifiées Les pourcentages de mutations (ou d anomalies moléculaires au sens large) des tests n ont pas évolué entre 2009 et 2010, mettant ainsi en évidence une stabilité des critères de prescription des tests moléculaires. 22 Rapport sur l estimation des besoins de la population pour les 10 années à venir en termes d accès aux consultations et aux tests d oncogénétique. 102 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

103 Pourcentage de patients pour qui un résultat n a pas pu être rendu Il est indispensable de minimiser le nombre de résultats non interprétables de par l impact thérapeutique de ces tests pour les patients. Le pourcentage de résultats non interprétables est toujours extrêmement faible en onco-hématologie. Pour les tumeurs solides, il dépend à la fois de la qualité du prélèvement, de son hétérogénéité (pourcentage de cellules tumorales) et de la quantité de matériel disponible. Le pourcentage de résultats non interprétables est inférieur à 10 % pour la plupart des tests moléculaires. Les laboratoires ayant des pourcentages de résultats non interprétables plus élevés doivent s interroger et mettre en place des actions spécifiques, en particulier avec les pathologistes qui envoient les prélèvements. On note toutefois que le nombre de laboratoires présentant des taux de résultats non interprétables très élevés a diminué depuis Mission de service au niveau régional des plateformes de génétique moléculaire Les plateformes ont pour mission d effectuer les tests moléculaires pour l ensemble des patients de leur région quel que soit l établissement où ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou établissement privé. Ainsi 27 % des quantifications de BCR-ABL dans les LMC, 70 % des recherches de mutations de KRAS dans le cancer colorectal ou encore 60 % des recherches de mutations d EGFR dans le cancer du poumon sont effectuées pour des patients pris en charge dans des CH et des établissements privés. Répartition de l activité entre les plateformes L analyse de l origine des prescriptions montre que deux types d organisations coexistent selon le nombre de tests à réaliser au niveau national. Les tests concernant un nombre élevé de patients sont réalisés par toutes les plateformes ou la quasi-totalité d entre elles et un maillage régional est ainsi mis en place. On peut citer comme exemples la quantification de BCR-ABL, la recherche des mutations de KRAS ou d EGFR, la recherche de la mutation de JAK2 ou encore le test MSI (tableau 43). Pour les tests concernant un nombre restreint de patients, des plateformes de génétique moléculaire réalisent des examens pour des prescriptions extrarégionales et effectuent ainsi une activité de recours. Les exemples sont assez nombreux : on peut citer notamment la recherche des mutations d ABL dans les LMC, des mutations de KIT ou de PDGFRA dans les GIST, de l amplification de MYCN dans les neuroblastomes et d anomalies chromosomiques dans les sarcomes (tableau 43). Comme il l est rappelé dans la charte des plateformes de génétique moléculaire, celle-ci n ont pas vocation à réaliser l ensemble des tests moléculaires, mais elles doivent s assurer que les patients de leur région ont effectivement accès à ces tests par le biais d une plateforme ayant une activité de recours. La réalisation d un volume minimum d activité présente un double intérêt tant au niveau de la qualité qu au niveau médico-économique. Chaque test nécessite une expertise spécifique requérant une pratique suffisante et régulière. D autre part, les études médico-économiques effectuées dans le cadre du STIC RuBIH en onco-hématologie ont montré que le coût d un test moléculaire était inversement corrélé au niveau d activité du laboratoire 23. Un faible volume 23 Évaluation de la structuration et organisation en réseaux régionaux des activités de biologie innovantes en oncohématologie ou Réseau de Biologie Innovatrice en onco-hématologie : RuBIH, collection Rapports et synthèses, INCa, décembre SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

104 d activité conduit ainsi à un coût plus élevé du test. Pour chaque test concernant un petit nombre de patients, un réseau spécifique de plateformes effectuant cette activité à la fois au niveau régional et extrarégional pourrait être identifié. Couverture nationale des tests L analyse combinée du nombre de plateformes réalisant l examen et de l origine des prescriptions met en évidence des tests pour lesquels la couverture du territoire est incomplète (Tableau 43). Ceci peut s expliquer dans certains cas par l existence de techniques alternatives non moléculaires et par des différences de pratiques au niveau régional. Cela concerne notamment la recherche de la clonalité B/T pour poser le diagnostic de lymphome ou la recherche des mutations d IGH dans les LLC. Il convient dans ce cas de s interroger sur la mise en place de projets visant à comparer les techniques et sur une éventuelle harmonisation des pratiques au niveau national. Dans les autres cas, la couverture incomplète du territoire pour un test montre que son utilité clinique n est pas encore complètement démontrée ou prise en compte par les prescripteurs. Il conviendrait de s interroger sur une éventuelle harmonisation des pratiques au niveau national pour ces tests. 104 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

105 Tableau 43 Récapitulatif de l activité des plateformes en 2009 et 2010 Localisation tumorale Biomarqueur Nombre de patients (nombre d examens) en 2009 Nombre de patients (nombre d examens) en 2010 Type d examen Tumeurs solides Cancer du sein Amplification HER Niveau régional Cancer de l estomac Cancer colorectal Amplification HER Couverture incomplète Mutation KRAS Niveau régional Mutation BRAF Couverture incomplète GIST Syndrome de Lynch (HNPCC) Cancer du Poumon Mutation KIT Mutation PDGFRA Test MSI Méthylation MLH Mutation BRAF Mutation EGFR Mutation KRAS Examen de recours Niveau régional/examen de recours Couverture incomplète Niveau régional Translocation EML4-ALK / 902 Couverture incomplète Mélanome Sarcomes Mutation BRAF / 430 Mutation KIT / 256 Translocations diverses Amplification MDM2/CDK Couverture incomplète Examen de recours Neuroblastome Amplification MYCN Examen de recours Gliomes Codélétion 1p/19q Examen de recours Mutations IDH 1 et 2 / 234 Couverture incomplète Glioblastome Méthylation de MGMT Couverture incomplète Hémopathies BCR-ABL diagnostic LMC Quantification BCR-ABL (22128) (23849) Mutations ABL Niveau régional Niveau régional/examen de recours Anomalies chromosomiques en FISH Niveau régional LAL/LAM Caryotype nd 8522 Niveau régional SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

106 Anomalies chromosomiques en FISH Détection de transcrits de fusion par RT-PCR Quantification anomalies chromosomiques Quantification transcrits de fusion * 3202* Niveau régional/examen de recours LAL LAM Quantification d un allèle muté ou hyperexprimé * Quantification WT1 nd 2251* Quantification IGH - TCR Clonalité B/T Mutation FLT Mutation NPM Mutation CEBPA Mutations autres gènes Examen de recours Examen de recours Examen de recours Leucémies Chimérisme post-grefffe mise au point Chimérisme postgreffe, suivi Examen de recours LLC Caryotype nd 2356 Anomalies chromosomiques en FISH Mutation IgVH Niveau régional Couverture nationale incomplète mais techniques alternatives non moléculaires Mutation p Couverture incomplète Caryotype nd 1760 Anomalies chromosomiques en FISH Niveau régional SMP Mutation JAK2 V612F Niveau régional/examen de recours SMD Autres mutations Quantification JAK Caryotype nd 7334 Anomalies chromosomiques en FISH Couverture incomplète Niveau régional 106 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

107 Myélome multiple Caryotype nd 2109 Niveau régional Anomalies chromosomiques en FISH Examen de recours Lymphome non Hodgkinien Caryotype nd 3636 Anomalies chromosomiques en FISH Remaniements spécifiques par RT-PCR Quantification cycline D Niveau régional Clonalité B/T 9800* (16852) 11797* (19479) Couverture nationale incomplète mais techniques alternatives non moléculaires Autres tests Pharmacogénétique constitutionnelle Mutations DPYD, UGT1A1, TPMT, Couverture incomplète Hémopathies CGH Array / 764 Couverture incomplète Tumeurs solides CGH Array / 333 Couverture incomplète * L item n a pas été renseigné par toutes les plateformes, estimation à partir des données fournies. SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

108 ANNEXE 1. PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS Alsace CHU - CLCC de Strasbourg - CH de Mulhouse - CH de Colmar Coordonnateurs : Marie-Pierre Gaub et Jean-Pierre Ghnassia Aquitaine CHU - CLCC de Bordeaux Coordonnateur : Jean-Philippe Merlio Auvergne CHU - CLCC de Clermont-Ferrand Coordonnateur : Andreï Tchirkov Basse Normandie CHU - CLCC de Caen Coordonnateur : Marie-Laure Kottler Bourgogne CHU - CLCC de Dijon Coordonnateur : Françoise Piard Bretagne CHU de Brest Coordonnateur : Jean-François Abgrall CHU - CLCC de Rennes Coordonnateurs : Thierry Fest Centre CHRU de Tours CH d Orléans Coordonnateur : Jean-Christophe Pagès Champagne Ardenne CHU - CLCC de Reims Coordonnateur : Christine Clavel Franche-Comté CHU de Besançon Coordonnateur : Christiane Mougin Haute-Normandie CHU - CLCC de Rouen Coordonnateur : Jean-Christophe Sabourin Île-de-France Institut Gustave Roussy Coordonnateur : Jean-Michel Bidart Institut Curie Centre René Huguenin Coordonnateur : Olivier Delattre Centre René Huguenin CH de Versailles Coordonnateur : Ivan Bièche Île-de-France AP-HP Coordonnateurs : Michel Marty, Pierre Laurent-Puig, Thierry Molina, Nathalie Rheims Languedoc Roussillon CHU - CLCC de Montpellier - CHU de Nîmes Coordonnateur : Thierry Maudelonde Limousin CHU de Limoges Coordonnateurs : François Labrousse et Jean Feuillard Lorraine CHU - CLCC de Nancy Coordonnateur : Philippe Jonveaux Midi-Pyrénées CHU - CLCC de Toulouse Coordonnateur : Eric Delabesse Nord-Pas-de-Calais CHU - CLCC de Lille Coordonnateur : Nicole Porchet Pays de la Loire CHU - CLCC de Nantes Coordonnateur : Hervé Avet-Loiseau CHU - CLCC d Angers Coordonnateurs : Alain Morel, Pascal Reynier Poitou-Charentes CHU de Poitiers Coordonnateurs : Ali Turhan et Lucie Karayan-Tapon Provence- Alpes- Côte d Azur CHU - CLCC de Nice - Coordonnateur : Florence Pedeutour CHU - CLCC de Marseille Coordonnateur : Jean Gabert Rhône-Alpes CHU - CLCC de Lyon Coordonnateur : Jean-Yves Scoazec CHU de Grenoble Coordonnateur : Dominique Leroux CHU de Saint-Etienne Coordonnateur : Lydia Campos 108 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

109 ANNEXE 2 : FINANCEMENTS REÇUS Plateforme AAP INCa 2006 DGOS 2007 et Biomarqueurs KRAS 2008* EGFR* DGOS et 2007* émergents* DGOS CHU-CLCC de Strasbourg ; CH de Colmar; CH de Mulhouse CHU-CLCC Bordeaux CHU-CLCC de Clermont Ferrand CHU-CLCC de Caen CHU-CLCC de Dijon CHU-CLCC de Rennes CHU de Brest CHRU de Tours ; CH d'orléans CHU-CLCC de Reims CHU de Besançon CHU-CLCC de Rouen AP-HP Institut Gustave Roussy Institut Curie CLCC Saint Cloud; CH de Versailles CHU-CLCC de Montpellier; CH de Nîmes CHU de Limoges CHU-CLCC de Nancy CHU-CLCC de Toulouse CHRU-CLCC de Lille CHU-CLCC de Marseille CHU-CLCC de Nice CHU-CLCC de Nantes CLCC d'angers CHU de Poitiers CHU de Grenoble CHU-CLCC de Lyon CHU de Saint Etienne * : Subventions INCa pour une durée de 12 mois ++ : financements PLFSS récurents : Comprend les financements des plateformes de l'institut Curie et du CLCC Saint Cloud réunies pour le PLFSS 2011 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN

110 110 SYNTHÈSE DE L ACTIVITÉ DES PLATEFORMES HOSPITALIÈRES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS EN 2010

111 Édité par l Institut National du Cancer Tous droits réservés SIREN : Conception/réalisation : INCa ISSN DÉPÔT LÉGAL DÉCEMBRE 2011

112 Pour plus d information Réf : RAPPTFMOL11 Toutes les informations sur le Plan cancer Institut National du Cancer 52, avenue André Morizet Boulogne-Billancourt France Tel. +33 (1) Fax +33 (1) diffusion@institutcancer.fr