CGH array. Alain AURIAS INSERM U509 Institut Curie-Paris

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1 CGH array Alain AURIAS INSERM U509 Institut Curie-Paris

2 Caryotype normal Environ 300 bandes Résolution: 10Mb

3 Ewing Translocation réciproque avec gène de fusion EWS FLI1 Nouvelle protéine chimérique, oncogène

4 Cytogénétique classique peu informative, et délicate à mettre en œuvre pour la plupart des tumeurs solides n = 54 n = 97 Sarcome indifférencié

5 Cancer du sein Intérêt du caryotype 24 couleurs

6 De façon générale, les tumeurs à génétique complexe procèdent par gain et et pertes de fonction: La La perte de de fonction d un gène suppresseur de de tumeurs est est associée à la la perte du du segment chromosomique où où est est localisé ce ce gène Le Le gain de de fonction d un oncogène est est associé au au gain ou ou à l amplification du du segment chromosomique correspondant

7 gain Principe de la CGH Hybridation Génomique Comparative ADN tumoral marqué en FITC ADN normal marqué en Rhodamine Dénaturation et hybridation sur chromosomes normaux perte Excès d ADN tumoral Amplification Défaut d ADN tumoral Délétion Microscopie à fluorescence et Analyse d images

8

9 Profils de 100 sarcomes indifférenciés L amplification du 12 est l événement majeur dans ce sous-type L inactivation de RB1 est un événement majeur Très forte amplification Forte amplification Gain simple Perte Normal

10 Principe de la CGH ARRAY Hybridation Génomique Comparative ADN normal marqué en CY5 ADN tumoral marqué en CY3 Dénaturation et hybridation sur BAC / PAC SCANNER LASER et Analyse d images Perte tumorale Gain tumoral

11 Etalement Préculture Maxiprep/MDA Database Oracle FISH Validation Séquence BAC ends

12 SPOTTEUR POINTES SCANNER

13

14 Les séquences sont blatées automatiquement sur la dernière version du WD (rapatriée à Curie). Les coordonnées sont mises à jour de manière automatique. Celles des derniers WD sont retenues.

15

16 PUCE PANGENOME (3300 locus, dont 400 «gènes de cancer» : oncogènes, suppresseurs, cyclines, etc ) déposés en triplicats. Passage à 4000 début tumeurs analysées

17 Profils simples avec amplicons 200 sarcomes analysés MDM2 CDK4 Profils complexes

18 del gain Affichage par chromosomes del amp

19 Affichage multi-tumeurs amplifié normal délété

20 Affichage multi-tumeurs en dot plots amplifié normal délété

21 RP11-123J Affichage multi-tumeurs histogrammes

22 Calcul automatique des points de cassure

23 Recherche automatique de régions communes (ici présentes dans 3/4 tumeurs)

24 Intérêt en pathologie constitutionnelle Enfant dysmorphique, avec retard mental. Caryotype en prophases: insertion d une très petite bande dans le bras long du chromosome 2. En fait, insertion-duplication dans le bras long d un segment de bras court avec délétion adjacente.

25 Carter N.: 3500 clones Seto M.: 2348 clones Pinkel D.: 2000 clones

26

27 Comparative genomic hybridization using oligonucleotide microarrays and total genomic DNA Barrett et al., PNAS 2004, vol. 101, no. 51, mers Agilent BACs Curie

28 CGH classique Human Genomics Volume: 1 Number: 4 Page: Affymetrix Gene Chip 10K BACs Curie

29 La puce souris Elle bénéficie des mêmes structures de préparation, de base de données, des mêmes macros d analyse, mais a en outre la possibilité d afficher aussi des résultats «humanisés» des tumeurs murines. Profil CGH murin HCC N 19 Profil CGH "humanisé" MH Stern

30 Petits soucis

31 Evolution du Working Draft, actuellement modeste Chr 9 Chr 1 surtout gênant pour la mécanique du remaniement

32 Polymorphismes de grande taille Nat Genet. 2004; 36: Detection of large-scale variation in the human genome. Iafrate AJ et al. Science. 2004; 305(5683): Large-scale copy number polymorphism in the human genome. Sebat J et al En cancéro, peut se régler en utilisant l ADN normal du patient (situation rare) 52 tumeurs AMY1A

33 La CGH array reste malgré tout un outil très puissant

34 Locus amplifiés, associés à l indifférenciation LPS bien diff CDK4 MDM2 1p32 1p32 2q14 2q14 6q23 6q23 12q14 LPS dédiff CDK4 MDM2 12q14

35 Etude du transcriptome (Affymetrix U133 Plus2.0) transcrits

36 Inflammatoires «MFH» + LMS indifférenciés LPSD 1p32 LPSD 6q23 LPS bien différenciés LMS bien différenciés rétropéritonéaux lignées 60 sarcomes analysés

37

Sarcome indifférencié

Sarcome indifférencié Cytogénétique classique peu informative, et délicate à mettre en œuvre pour la plupart des tumeurs solides n = 54 n = 97 Sarcome indifférencié Sarcome indifférencié Cancer du sein Cytogénétique 24 couleurs

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