RespiFinder RG Panel. Caractéristiques de performance. Sample & Assay Technologies. Limite de détection (LOD) RespiFinder RG Panel, Version 1,

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1 RespiFinder RG Panel Caractéristiques de performance RespiFinder RG Panel, Version 1, Vérifier la disponibilité de nouvelles révisions de notices électroniques à l adresse avant de procéder au test. Le statut de révision actuel est indiqué via la date de parution (format : mois/année). Limite de détection (LOD) La limite de détection (LOD) tenant compte de la purification (limite de sensibilité) a été évaluée pour le test RespiFinder RG Panel en utilisant des échantillons de virus et de bactéries entiers, conservés dans du milieu de transport universel (Universal Transport Medium, UTM) en combinaison avec une extraction effectuée avec le kit QIAamp MinElute Virus Spin. La limite de détection du test RespiFinder RG Panel en tenant compte de la purification a été déterminée en utilisant une série de dilutions de souches virales et bactériennes (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) dans du milieu UTM. Ces souches ont été soumises à une extraction de l ARN/ADN à l aide du kit QIAamp MinElute Virus Spin (volume d extraction : 200 µl, volume d élution : 60 µl). Chacune des 5 dilutions a été analysée avec le test RespiFinder RG Panel à raison de 11 réplicats par dilution. Les résultats ont été déterminés par le biais d un pourcentage de détection (un pourcentage de détection 95 % a été défini comme limite de détection analytique pour chaque agent pathogène). Un aperçu de la limite de détection de tous les agents pathogènes testés est présenté dans le tableau 1. Tableau 1. Limite de détection (kit QIAamp MinElute Virus Spin) du test RespiFinder RG Panel en tenant compte de la purification pathogène Virus Soustype/souche Source Titre de LOD Pourcentage de détection (%) ATCC* 10(0,40) TCID 50 /0,2 ml 95 Plasmide Bocavirus n.a. recombinant 4 x 10 3 fg/µl 100 * American Type Culture Collection, USA. Suite du tableau sur la page suivante n.a.: non applicable. Novembre 2013 Sample & Assay Technologies

2 Tableau 1. Suite pathogène Virus (suite) Soustype/souche Source Titre de LOD Pourcentage de détection (%) Coronavirus 229E ATCC 10(-3,95) TCID 50 /0,2 ml 100 Coronavirus OC43 ATCC* 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Coronavirus NL63 Zeptometrix n.a. 100 Coxsackievirus A9 ATCC 10(-0,60) TCID 50 /0,2 ml 95 hmpv B3 Zeptometrix n.a. 100 Influenza A Influenza A H3N2 Victoria H1N1 Virginia ATCC 10(-1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 ATCC 10(0,10) TCID 50 /0,2 ml 100 Influenza B Maryland ATCC 10(-1,17) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenza 1 ATCC 10(-3,25) TCID 50 /0,2 ml 95 Parainfluenza 2 ATCC 10(-1,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenza 3 ATCC 10(-0,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenza 4a ATCC 10(-0,75) TCID 50 /0,2 ml 100 ATCC 10(1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 RSV-A 2 ATCC 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 95 RSV-B ATCC 10(-1,75) TCID 50 /0,2 ml 100 * American Type Culture Collection, USA. n.a.: non applicable. Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 2 sur 9

3 Tableau 1. Suite pathogène Bactérie Soustype/souche Source Titre de LOD Pourcentage de détection (%) B. pertussis n.a. ATCC 8 x L. pneumophila n.a. ATCC 10( 1,70) bact/0,2 ml 100 M. pneumoniae n.a. ATCC Spécificité La spécificité du test RespiFinder RG Panel est garantie en premier lieu par la sélection des amorces et des sondes ainsi que des conditions de réaction les plus strictes. Une analyse par comparaison de séquences des amorces et des sondes a été effectuée afin de rechercher d éventuelles homologies avec toutes les séquences représentées dans les banques génétiques. De cette façon, la détectabilité de tous les génotypes importants a également été garantie par des analyses avec le test RespiFinder RG Panel sur des appareils Rotor-Gene Q MDx avec les génotypes suivants (voir tableau 2). Tableau 2. Test de la spécificité des souches importantes pathogène Source FAM /ROX FAM/Cy 5 (FAM/BHQ ) Adénovirus B7 ATCC* Adénovirus B11 ATCC Adénovirus B14 ATCC Adénovirus C1 ATCC Adénovirus C5 ATCC Adénovirus C6 ATCC Adénovirus E4 ATCC * American Type Culture Collection, USA. Suite du tableau sur la page suivante Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 3 sur 9

4 Tableau 2. Test de la spécificité des souches importantes pathogène Source FAM /ROX FAM/Cy 5 (FAM/BHQ ) Coxsackievirus A10 ATCC + + Coxsackievirus A24 ATCC + + Coxsackievirus B1 ATCC + + Coxsackievirus B2 ATCC + + Coxsackievirus B3 ATCC + + Coxsackievirus B5 ATCC + + Échovirus 4 ATCC + + Échovirus 11 ATCC + + Échovirus 30 ATCC + + Influenza A H1N1 New Jersey ATCC Parainfluenza 4b ATCC* Rhinovirus 1A ATCC + + Rhinovirus 1B ATCC + + Rhinovirus 2 ATCC + + Rhinovirus 30 ATCC + + Rhinovirus 39 ATCC + + Rhinovirus 60 ATCC + + RSV-A long ATCC RSV-B WV ATCC * American Type Culture Collection, USA. Pour déterminer la spécificité du test RespiFinder RG Panel, le groupe témoin indiqué dans le Tableau 3 a été analysé pour rechercher une éventuelle réaction croisée. Aucun des agents pathogènes analysés ne s est révélé positif. Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 4 sur 9

5 Tableau 3. Test de spécificité du kit avec des agents pathogènes éventuellement aptes à une réaction croisée pathogène FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) Virus Cytomégalovirus + Virus d Epstein-Barr + Virus Herpes simplex + Virus varicella-zoster + Bactéries A. baumannii + A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzea + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Suite du tableau sur la page suivante Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 5 sur 9

6 Co-infections Le test RespiFinder RG Panel a été validé pour les cas d infections multiples afin de confirmer la détection de co-infections pertinentes. Comme l indique le tableau 4, des co-infections à virus influenza A, influenza B, RSV-A ou RSV-B avec un adénovirus ou un rhinovirus, ont été testées en différentes concentrations des deux agents pathogènes. Toutes les co-infections ont été détectées. Tableau 4. Test de spécificité du kit en cas d infections multiplex pathogène 1 pathogène 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) Influenza A H3N2 Victoria Influenza B Maryland Suite du tableau sur la page suivante Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 6 sur 9

7 Tableau 4. Suite pathogène 1 pathogène 2 FAM/ROX FAM/Cy5 (FAM/BHQ) RSV-A 2 RSV-B x LOD Fiabilité La vérification de la fiabilité permet de déterminer le taux d échec total du témoin interne du test RespiFinder RG Panel. Pour vérifier la fiabilité, on a analysé 30 échantillons nasopharyngés négatifs, prélevés sur écouvillons et conservés dans du milieu Universal Transport Medium (UTM), avec le test RespiFinder RG Panel. Après l étape d extraction effectuée avec le kit QIAamp MinElute Virus Spin (volume d extraction : 200 µl, volume d élution : 60 µl), ces échantillons ont été analysés avec le test RespiFinder RG Panel. Dans tous les échantillons, le témoin interne a été détecté et défini comme valide. La fiabilité du test RespiFinder RG Panel est donc 99 %. Substances interférentes Le test RespiFinder RG Panel a été testé pour des interférences avec une solution pour pulvérisation nasale (Otrivin, Novartis ) et avec de l ADN génomique humain. Tous les agents pathogènes répertoriés dans le tableau 1 (pages 1 2) ont été testés en concentration de 3x LOD en présence de 50 ng d ADN humain. Des échantillons témoins négatifs supplémentaires ont été testés en Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 7 sur 9

8 présence d ADN humain. Les bons agents pathogènes ont été détectés dans tous les échantillons contenant de l ADN humain supplémentaire, et le témoin interne a été détecté dans les échantillons témoins négatifs, indiquant l absence d interférences de l ADN humain sur la performance du test RespiFinder RG Panel. Dix agents pathogènes représentatifs du tableau 1 (adénovirus B3, coronavirus OC43, hmpv B3, influenza A H1N1 Virginia, influenza B Maryland, parainfluenza 1, rhinovirus 16, RSV-A 2, L. pneumophila et M. pneumoniae) ont été testés en concentration de 3x LOD en présence de 10 % (v/v) d une solution pour pulvérisation nasale. Des échantillons témoins négatifs supplémentaires ont été testés en présence de 10 % d une solution pour pulvérisation nasale. Les bons agents pathogènes ont été détectés dans tous les échantillons contenant la solution pour pulvérisation nasale, et le témoin interne a été détecté dans les échantillons témoins négatifs, indiquant l absence d interférences de la solution pour pulvérisation nasale (10 % d échantillon : écouvillon en milieu Universal Transport Medium) sur la performance du test RespiFinder RG Panel. Caractéristiques de performance : RespiFinder RG Panel page 8 sur 9

9 Pour obtenir les dernières informations sur la licence et les clauses de responsabilité spécifiques aux produits, consulter le manuel du kit ou le manuel d utilisation QIAGEN respectif. Les manuels des kits et manuels d utilisation QIAGEN sont disponibles à l adresse ou peuvent être demandés auprès des Services techniques QIAGEN ou du distributeur local. Marques de commerce : QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (QIAGEN Group) ; ATCC (American Type Culture Collection) ; BHQ (Biosearch Technologies, Inc.) ; Cy (GE Healthcare) ; FAM, ROX (Life Technologies) ; Novartis, Otrivin (Novartis) ; RespiFinder (PathoFinder BV) ; Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). Nov QIAGEN, tous droits réservés. Denmark Italy Singapore Australia Finland Japan Spain Austria France Korea (South) Sweden Belgium Germany Luxembourg Switzerland Brazil Hong Kong Mexico Taiwan Canada India The Netherlands UK China Ireland Norway USA Sample & Assay Technologies