Liste d exercices pour le TP 5

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1 Liste d exercices pour le TP 5 MBIOB131 (partie J. Jamart) : chapitres I, II et III Exercice 1 : Contexte Le cancer du côlon se développe à partir de la muqueuse du gros intestin ou côlon. Les cancers du côlon et du rectum (dernière partie du colon) étant assez semblables, on les regroupe sous le terme de cancer colorectal. C'est le troisième cancer chez l'homme (après le cancer du poumon pour les fumeurs, et celui de la prostate), ces derniers étant plus touchés que les femmes. Il s'agit essentiellement d'un cancer de l'âge mûr, près de 85 % des cas survenant après 65 ans. En Belgique, on recense chaque année nouveaux cas de cancers colorectaux. La mortalité de cette maladie est assez élevée. Cependant, ce cancer est lent à se développer. S il est diagnostiqué à un stade précoce, une simple chirurgie suffit à obtenir une guérison dans une majorité des cas. Généralement, le cancer se développe à partir d excroissances bénignes appelées polypes dont la formation est attribuable à une prolifération trop rapide des cellules qui tapissent la paroi du colon. Ces polypes peuvent évoluer vers un cancer dans les 5 à 10 ans. Un des tests diagnostiques est le test immunologique qui recherche la présence de sang occulte dans les selles. Il détecte la présence d hémoglobine humaine grâce à des anticorps spécifiques anti- globine humaine (la globine étant la partie protéique de l hémoglobine). Ce test donne pour chaque patient la concentration en sang dans les selles (en ng d'hémoglobine/ ml de selles). Le test immunologique a été effectué chez des individus malades et chez des individus sains. Questions : 1) Peut- on affirmer que les patients atteints d un cancer colorectal ont en moyenne une concentration en hémoglobine dans les selles plus élevées que les individus sains? 2) La mesure de la concentration en hémoglobine dans les selles par le test immunologique permet- elle de discriminer efficacement les individus malades des individus sains? 1

2 Données Tableau 1: Données individuelles Etat Concentration 1 Sain 3 2 Sain 7 3 Sain 8 4 Sain 9 5 Malade 10 6 Sain 12 7 Sain 14 8 Malade 16 9 Sain Malade Sain Sain Sain Sain Malade Sain Malade Sain Sain Sain Sain Sain Sain Sain Malade Malade Sain Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade 339 2

3 Représentation graphique Figure 1: Représentation des données obtenues chez les individus malades (gauche) et sains (droite). Données résumées Tableau 2: Données résumées Malades Sains Moyenne Variance (S2) Exercice 2 Contexte On sait que le taux de survie est assez faible pour ce cancer (plus ou moins 40 % après 10 ans). Des chercheurs ont étudié l effet du dépistage sur le taux de survie de ce cancer. 3

4 Questions 1) Calculez et représentez graphiquement l évolution de la survie en fonction du temps à l aide de la méthode de Kaplan- Meier 2) Comparez la survie ainsi obtenue avec la survie directe 3) Estimez la survie au cours du temps à l aide du modèle exponentiel 4) Comparez la méthode de Kaplan- Meier avec le modèle exponentiel 5) Que pouvez- vous conclure quant à l intérêt du dépistage du cancer colorectal? Données Tableau 3: Données individuelles Etat Temps de participation 1 en vie 1 2 décédé 2 3 décédé 2 4 en vie 3 5 décédé 4 6 en vie 4 7 décédé 6 8 en vie 8 9 décédé 9 10 décédé 9 11 décédé décédé décédé décédé en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie en vie 18 4

5 Correction des exercices du TP 4 : Tableau 4: Correction question 1 Intervalle de confiance limite inférieure limite supérieure Sensibilité 0,50 0,22 0,78 Spécificité 1,00 1,00 1,00 VPP 1,00 1,00 1,00 VPN 0,75 0,58 0,92 Tableau 5: Correction question 2 Cas incertains retirés Rendement Cas défavorable Cas favorable Sensibilité 0,56 0,73 0,41 0,68 Spécificité 0,71 0,78 0,56 0,78 Tableau 6: Correction question 3 Intervalle de confiance limite inférieure limite supérieure RR 0,67 1,61 0,28 Chi2 0,79 Tableau 7: Correction question 4 Sensibilité Spécificité Youden Efficacité RV+ RV- 0,86 0,91 0,77 0,90 9,43 0,16 Tableau 8: Correction question 5 Pc 0,53 Intervalle de confiance Po 0,70 limite inférieure limite supérieure Kappa 0,37 0,04 0,69 Se 0,17 Zobs 2,20 Zth 1,645 5

6 Tableau 9: Correction question 6 Intervalle de confiance Chi2 1,8 limite inférieure limite supérieure OR 2,0 0,72 5,74 RA 0,09 Tableau 10: Correction question 7 Sensibilité Spécificité 0,30 0,55 Tableau 11: Correction question 8 Sensibilité Spécificité 0,69 1,00 6