Atelier Valorial: Application des nouvelles techniques génomiques microbiologie, l agroalimentaire et la sécurité des aliments

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1 Atelier Valorial: Application des nouvelles techniques génomiques à la microbiologie, l agroalimentaire et la sécurité des aliments Florence POSTOLLEC DST week, Rennes April 21 st

2 Objet de Valorial : Accompagner les organismes de recherche et les IAA dans l'émergence, le montage, la labellisation et le co-financement public de projets collaboratifs innovants. A ce jour : 140 projets labellisés valorial@agrocampus-ouest.fr Directeur Michel PINEL

3 Acronyme : QANTI Partenaires : BBA, PAO, INRA-Agrocampus, ADRIA Développement Objectifs : Quantification moléculaire de populations bactériennes et de leurs activités métaboliques au sein des produits laitiers Résultats : Suivi de 4 flores lactiques lors de la fabrication et affinage de l Emmental (Actilait) Formation des partenaires industriels Délégué thématique : Dominique Thuault, ADRIA Développement Financeurs : 3

4 QANTI Quantification moléculaire de populations bactériennes et de leurs activités métaboliques au sein des produits laitiers - Résultats, transfert et communication - DST week, Rennes April 21 st 2009

5 Contexte & objectifs Approches moléculaires pour le suivi des populations dominantes au sein des produits laitiers Dynamique & activité des écosystèmes par PCR-TTGE Extraction d ADN et d ARN PCR-TTGE et RT-PCR-TTGE Banque de données pour identification présomptive des espèces retrouvées dans les écosystèmes fromagers

6 Contexte & objectifs Approches moléculaires quantitatives au sein de produits laitiers Q-PCR : «quantifier» les populations sous-dominantes, en l absence de milieu de dénombrement sélectif, grâce à l emploi d'amorces spécifiques. RT- Q-PCR : évaluer l activité métabolique d une espèce.

7 Essais Emmental Evaluer la croissance, l activité métabolique et le niveau de stress de 4 bactéries lactiques cibles pendant la fabrication et l affinage de mini- Emmental par outils moléculaires - Streptococcus thermophilus ST88 (ST88) - Propionibacterium freudenreichii ITG P14 (P14) - Lactobacillus helveticus LH56 (LH56) - Lactobacillus paracasei LC225 (LC225) - Production d Emmental à l échelle pilote (triplicata) - PCR-TTGE & RT-Q-PCR-TTGE (16S rrna) - Q-PCR & RT-Q-PCR (x3) Activité métabolique (16S rrna) Niveau de stress (GroL)

8 Conclusions Protocoles Répétabilité satisfaisante pour la quantification des populations et de leur expression: 4 souches bactériennes, Application à la fabrication de l Emmental Quantification des espèces sous-dominantes Quantification de l expression des gènes criblage de souches d intérêt technologique ou probiotique. étude d activités enzymatiques parfois difficiles à doser, ayant de forts impacts sur la qualité finale des produits laitiers à chacun de définir ses amorces en fonction des objectifs!

9 Transfert & communication À l issue de ce programme - Formation de 2 jours pour les partenaires industriels - Formation théorique (INRA, ADRIA) - Formation pratique dans les locaux d ADRIA 18 participants; commentaires favorables - Flash communication à IDF, Dairy Science and Technology week Postollec F, Falentin H,, Parayre S, Henaff N, Le Bivic P, Richoux R, Thierry A, Sohier D Growth, metabolic activity and stress of acid lactic bacteria during manufacture and ripening of swiss-type Emmental cheese by TTGE, real time and RT-Q-PCR. - Communication orale au CBL, Comité des Bactéries Lactiques Falentin H, Le Bivic P, Parayre S, Richoux R, Postollec F, Sohier D Activité métabolique forte et inattendue des bactéries lactiques jusqu à la fin de l affinage de l emmental révélée par RT-PCR quantitative. - Publication soumise à Int J Food Microbiol Falentin H, Postollec F, Parayre S, Henaff N, Le Bivic P, Richoux R, Thierry A, Sohier D Specific metabolic activity of ripening bacteria quantified by quantitative reverse transcription throughout Emmental cheese manufacture

10 Pour plus d information sur ces travaux Florence POSTOLLEC florence.postollec@adria.tm.fr Hélène FALENTIN 5

11 Acronyme : QuickData Partenaires : Agrocampus Ouest AFSSA Genesystems SVA Vitré LEHA Objectifs : Mettre au point l analyse ultra-rapide et multi-paramétriques de pathogènes en alimentaire Detection E. coli O157 pathogène (stx1, stx2, eae, rfbe o157 ) Détection EHEC sérotype O145, O26, O103, O111, H7 Résultats : Validation de la méthode de détection et mise au point d un kit normalisés AFNOR Embauche 1 ingénieur R&D, 3 commerciaux / Europe Déploiement en cours aux États-unis Délégué thématique : Dominique Thuault, ADRIA Développement Financeurs : DST week, Rennes April 21 st