Logiciel pour le poste de travail Agilent MassHunter

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1 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPG/SM

2 Notices Agilent Technologies, Inc Conformément ux lois interntionles reltives à l propriété intellectuelle, toute reproduction, tout stockge électronique et toute trduction de ce mnuel, totux ou prtiels, sous quelque forme et pr quelque moyen que ce soit, sont interdits suf consentement écrit prélle de l société Agilent Technologies, Inc. Référence du mnuel G Edition Révision A, novemre 2012 Imprimé ux Étts-Unis Agilent Technologies, Inc Stevens Creek Blvd. Snt Clr, CA 95051, Etts-Unis Microsoft, Windows 7 et Excel sont des mrques déposées de Microsoft Corportion ux Étts-Unis et dns d'utres pys. Révision logicielle Ce mnuel s'pplique à l'édition B et ux révisions ultérieures du progrmme Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive, jusqu'à ce qu'il soit remplcé. Grntie Les informtions contenues dns ce document sont fournies en l'étt et pourront fire l'ojet de modifictions sns prévis dns les éditions ultérieures. De plus, dns l mesure utorisée pr les lois pplicles, Agilent décline toute grntie expresse ou implicite en ce qui concerne ce mnuel et toute informtion qu'il contient y compris mis sns que cel soit limittif tout type de grntie implicite de vleur mrchnde et d'déqution à une ppliction prticulière. Agilent ne surit en ucun cs être tenu pour responsle des erreurs ou des dommges incidents ouconsécutifs, liés àl fourniture, àl'utilistion ou àl'exctitude de ce document ou ux performnces de tout produit Agilent uquel il se rpporte. Si Agilent et l'utilisteur ont pssé un contrt écrit distinct, stipulnt, pour le produit couvert pr ce document, des conditions de grntie qui entrent en conflit vec les présentes conditions, les conditions de grntie du contrt distinct remplcent les conditions énoncées dns le présent document. Licences technologiques Le mtériel et le logiciel décrits dns ce document sont protégés pr un ccord de licence et leur utilistion ou reproduction sont soumises ux termes et conditions de ldite licence. Limittion des droits Limittions des droits du Gouvernement des Etts-Unis Les droits s ppliqunt u logiciel et ux informtions techniques concédées u gouvernement fédérl incluent seulement les droits concédés hituellement ux clients utilisteurs. Agilent concède l licence commercile hituelle sur le logiciel et les informtions techniques suivnt les directives FAR (informtions techniques) et (logiciel informtique) et, pour le ministère de l Défense, selon les directives DFARS (informtions techniques rticles commerciux) et DFARS (droits s ppliqunt ux logiciels informtiques commerciux ou à l documenttion des logiciels informtiques commerciux). Signlistion de l sécurité ATTENTION L mention ATTENTION indique un risque. Si l mnœuvre ou l procédure correspondnte n'est ps exécutée correctement, il peut y voir un risque d'endommgement de l'ppreil ou de perte de données importntes. En présence de l mention ATTENTION, il convient de s'interrompre tnt que les conditions indiquées n'ont ps été prfitement comprises et stisfites. AVERTISSEMENT L mention AVERTISSEMENT signle un dnger pour l sécurité de l'opérteur. Si l mnœuvre ou l procédure correspondnte n'est ps exécutée correctement, il peut y voir un risque grve, voire mortel pour les personnes. En présence d'une mention AVERTISSEMENT, il convient de s'interrompre tnt que les conditions indiquées n'ont ps été prfitement comprises et stisfites. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPG/SM

3 À propos de ce mnuel... Le présent mnuel contient des informtions destinées à vous pprendre à utiliser le Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive vec des données CPG/SM. Avnt de commencer les exercices, lisez les instructions de l section «Avnt de commencer ces exercices...» à lpge5. Exercice 1 Exercice 2 Exercice 3 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Au cours de cet exercice, vous llez explorer certines des nomreuses fonctionnlités performntes du progrmme d'nlyse qulittive. Ces tâches sont importntes, quel que soit le type de données que vous utilisez. Détection et identifiction Au cours de ces deux ensemles de tâches, vous recherchez et identifiez les sses concentrtions en sulfmides u sein d une mtrice complexe et générez leurs formules pour les données TOF et Q-TOF. Vous effectuez églement une d extrction de motifs moléculires de Protein Digest vec des données TOF et Q-TOF. Ces tâches peuvent églement être effectuées vec des données Triple Qud. Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Au cours de ces tâches, vous llez pprendre comment configurer et exécuter toute méthode d nlyse qulittive. Vous pprendrez églement à éditer une méthode d utomtistion de l nlyse et/ou une identifiction du composé. Vous exécuterez ensuite les ctions dns l méthode utomtisée lorsque vous ouvrirez un fichier de données. Vous pprendrez églement à créer une méthode pour exécuter des ctions utomtisées vec une liste de tâches. Chcune de ces tâches est exécutée à l ide d un flux de trvux différent. Référence Dns ce chpitre, vous llez pprendre des principes de se du progrmme Qulittive Anlysis. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPG/SM 3

4 Nouveutés de B Vous pouvez réviser des composés dns l fenêtre Compound Detils View. Qutre fenêtres supplémentires sont disponiles dns Compound Detils View. Pour Compound Detils View, vous pouvez définir différentes définitions de ligne pour différents types de chromtogrmmes et spectres. L'lgorithme Find Compounds y Integrtion est disponile. Vous pouvez rechercher dns plusieurs iliothèques pour l'lgorithme Unit Mss Lirry Serch. Dns l'lgorithme Generte Formuls, vous pouvez choisir d'nnoter les pics de spectre frgment vec des formules. L'nnottion frgment sélectionne des spectres pour nnoter en fonction de l'lgorithme d'nlyse des composés. L'lgorithme Generte Formuls peut être exécuté sur des composés détectés pr l'lgorithme Find y Chromtogrm Deconvolution. L'lgorithme Generte Formul été modifié pour vous permettre d'entrer un nomre mximum d'éléments trouvés pour chque vecteur de chrge. Dns l'lgorithme Generte Formuls, vous pouvez grouper les éléments trouvés vec l même formule, mis vec différents vecteurs de chrge. Des composés peuvent être créés à prtir d'un spectre utilisteur. Dns ce cs, l'lgorithme d'nlyse des composés est Spectrum Extrction. Lorsque vous enregistrez des résultts vec un fichier de données, vous pouvez choisir d'enregistrer tous les résultts des composés vec un fichier de données ou un ensemle plus petit de résultts pour chque composé. Les chromtogrmmes utilisteur et les spectres utilisteur sont toujours enregistrés. Le formt du fichier CEF été modifié de fçon à ce que dvntge d'informtions soient incluses. Les informtions reltives u m/z et à l'espèce de l'ion sont disponiles dns le premier niveu du tleu Spectrum Identifiction Results. Le tleu Spectrum Identifiction été modifié. Vous pouvez jouter un filtre à une colonne et vous pouvez supprimer une ligne. Vous pouvez désormis lieller un pic vec Formul & Ion Species. 4 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion

5 Le chngement du spectre liellé Best dns l fenêtre Spectrum Identifiction Results lorsque vous disposez d'un grnd nomre d'entrées est désormis considérlement plus rpide. Vous pouvez spécifier le chevuchement des chromtogrmmes de composés dns Compound Report. Le modèle de rpport pr défut Formul Confirmtion été modifié pour inclure l colonne colorée Flgs (Tgt) et le tleu Frgment comporte l colonne colorée Flgs (FIs). Avnt de commencer ces exercices... Instllez le logiciel. Pour les instructions, reportez-vous u Guide d'instlltion. Copiez le dossier nommé Dt du disque d'instlltion u formt non compressé à l'emplcement de votre choix sur votre disque dur. Ce dossier contient tous les fichiers de données requis pour ces exercices. Il se peut que vous deviez extrire u prélle les fichiers de données de leur formt.zip. REMARQUE Ne réutilisez ps les fichiers de données exemples déjà présents sur votre système, à moins d'être sûr de les voir copiés à prtir des fichiers originux du disque et que vous êtes l seule personne à les utiliser. Si les fichiers de données exemples déjà présents sur le système ne correspondent ps exctement ux originux présents sur le disque, les résultts otenus pendnt les exercices ne correspondront ps ux illustrtions de ce mnuel. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPG/SM 5

6 6 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion

7 Tle des mtières Exercice 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 9 Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive 10 Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM 13 Tâche 3. Zoom vnt et rrière sur le chromtogrmme 16 Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme 17 Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres 19 Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes 21 Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM 23 Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) 28 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme 32 Tâche 10. Ajout d'nnottions 42 Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse 46 Exercice 2 Détection et identifiction 49 Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme 50 Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque 54 Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) 59 Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion 63 Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic 66 Tâche 17. Enregistrement des résultts 72 Exercice 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 77 Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl 78 Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening 83 Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF 87 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 7

8 Tle des mtières Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse 89 Tâche 22. Impression d'un rpport de composé 92 Référence 95 Utilistion des fenêtres 96 Utilistion des données de résultts dns Dt Nvigtor 99 Exécution d'opértions sur le chromtogrmme 100 Exécution d'opértions sur un spectre SM ou SM/SM 101 Utilistion de données chromtogrphiques visuelles 102 Utilistion de données spectrles visuelles 104 Flux de trvux 105 Personnlistion d'un modèle de rpport Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

9 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive 10 Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM 13 Tâche 3. Zoom vnt et rrière sur le chromtogrmme 16 Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme 17 Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres 19 Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes 21 Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM 23 Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) 28 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme 32 Tâche 10. Ajout d'nnottions 42 Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse 46 Au cours de cet exercice, vous llez explorer certines des nomreuses fonctionnlités performntes du progrmme d'nlyse qulittive pour trviller vec des données de CPG/Q-TOF et CPG/QQQ. Chque exercice est présenté dns un tleu à trois colonnes: Étpes: utilisez ces instructions générles fin d'explorer le progrmme pr vous-même. Instructions détillées: utilisez-les si vous vez esoin d'ide ou si vous préférez suivre une méthode d'pprentissge ps à ps. Remrques: lisez-les pour otenir des stuces et des informtions supplémentires sur chque étpe de l'exercice. 9

10 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive Au cours de cette tâche, vous llez ouvrir plusieurs fichiers de données à l'ide de l méthode hituelle. Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive vec plusieurs fichiers de données Étpes Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le progrmme d'nlyse qulittive. Ouvrez les fichiers de données Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d et MSD_mix_4stds_DG_spl200_0 3.d dns le dossier \\MssHunter\Dt, ou dns le dossier dns lequel vous les vez copiés. Doule-cliquez sur l'icône Agilent MssHunter Qulittive Anlysis B Le système ouvre l oîte de dilogue Open Dt Files. Accédez u dossier \\MssHunter\ Dt\GC ou u dossier dns lequel se trouvent les fichiers d'exemples. Le fichier Pest Scn.d contient des données SM, tndis que les fichiers Pest - STD 200 MRM.d et Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d contiennent des données SM et SM/SM (CPG/QQQ). Le fichier MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d contient des données CPG/Q-TOF. Vous pouvez otenir de l'ide sur l pluprt des fenêtres, oîtes de dilogue et onglets en ppuynt sur l touche F1 lorsque l fenêtre est ctive. Assurez-vous que le outon Use current method est sélectionné. Vérifiez que l cse Lod result dt n'est ps cochée. Si cette cse n'est ps disponile, cel signifie qu'ucun résultt n' été enregistré dns le fichier de données. Pour svoir comment enregistrer des résultts, reportez-vous ux instructions de l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge 72. Vérifiez que l cse Run File Open ctions from selected method n'est ps cochée. Figure 1 Ouvrir des fichiers de données lors de l'ouverture du logiciel 10 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

11 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive vec plusieurs fichiers de données (suite) Étpes Instructions détillées Remrques c d e Appuyez sur l touche Mj et mintenez-l enfoncée pendnt que vous cliquez sur Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d et MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. Cliquez sur Open. Les qutre fichiers de données pprissent dns l fenêtre Dt Nvigtor, et 1 à 3chromtogrmmes sont ffichés dns l fenêtre Chromtogrm Results. Cliquez sur l'icône List Mode dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Si vous ppuyez sur l touche Ctrl, vous pouvez sélectionner des fichiers qui ne figurent ps directement l'un derrière l'utre dns l liste. Ce que vous pouvez voir dns l fenêtre principle à ce stde dépend de l méthode, de l'gencement, de l'ffichge et des prmètres de trcé utilisés vnt que vous n'ouvriez ces fichiers. Lorsque vous cliquez sur l'icône List Mode, l couleur de son fond chnge et devient ornge. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 11

12 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive Tâche 1. Ouverture du progrmme d'nlyse qulittive vec plusieurs fichiers de données (suite) Étpes Instructions détillées Remrques icône Mximum Numer of List Pnes indiqunt le nomre mximum de volets liste icône Disply Options (Options d'ffichge) Pour fermer l fenêtre, cliquez sur le outon X. Figure 2 Fenêtre principle de l'nlyse qulittive vec l'écrn GC/Q-TOF Compound Screening Workflow chrgé. 12 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

13 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM Dns cette tâche, vous pssez u flux de trvux générl (pour les clients CPG/QQQ) ou u flux de trvux de crilge des composés CPG/Q-TOF (pour les clients CPG/Q-TOF). Ces deux flux de trvux sont les seuls qui prennent en chrge l'nlyse des données CPG/SM. Ensuite, ouvrez l oîte de dilogue User Interfce Configurtion et cochez les cses ppropriées pour un système CPG/QQQ ou CPG/Q-TOF. Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG Étpes Instructions détillées Remrques 1 Si nécessire, ouvrir le progrmme d'nlyse qulittive. Doule-cliquez sur l'icône Agilent MssHunter Qulittive Anlysis. Le système ouvre l oîte de dilogue Open Dt Files. Cliquez sur Cncel dns l oîte de dilogue Open Dt Files. Vous pouvez otenir de l'ide sur n'importe quelle fenêtre, oîte de dilogue ou onglet en ppuynt sur l touche F1 lorsque l fenêtre est ctive. 2 Psser u flux de trvux générl ou u flux de trvux de crilge des composés CPG/Q-TOF. c d Si vous disposez d'un instrument CPG/QQQ, cliquez sur l'option Configurtion > Configure for Workflow > Generl. Si vous disposez d'un instrument CPG/Q-TOF, cliquez sur l'option Configurtion > Configure for Workflow > GC/Q-TOF Compound Screening. Cliquez sur le outon Lod workflow s defult method et le outon Lod workflow s defult lyout. Cliquez sur OK. Cliquez sur l'icône List Mode dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Si le progrmme d'cquisition des données pour CPG/QQQ ou CPG/Q-TOF est instllé sur le même ordinteur, le logiciel configure utomtiquement l'interfce utilisteur. L section GC/Q-TOF Compound Screening peut être déjà disponile dns l fenêtre Method Explorer. Pr défut, les chromtogrmmes sont superposés. Pour ces exemples, les chromtogrmmes sont ffichés en Mode liste. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 13

14 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG Étpes Instructions détillées Remrques 3 Si vous disposez d'un CPG/QQQ, configurez l'interfce utilisteur fin que seules les fonctions CPG/QQQ s'ffichent. c d e f g h Cliquez sur Configurtion > User Interfce Configurtion. Sous Seprtion types, cochez uniquement l cse GC. Si vous disposez d'un instrument CPG/QQQ, sous Ioniztion type, cochez l cse EI or other hrd ioniztion technique et désélectionnez l cse CI, APCI, ESI, MADLDI or other soft ioniztion technique. Sous Mss ccurcy, désélectionnez l cse Accurte mss (TOF, Q-TOF). Cochez l cse Unit mss (Q, QQQ). Sous Optionl softwre fetures, désélectionnez les cses Peptide Sequence Editor et BioConfirm Softwre. Sous Non-MS detectors, désélectionnez les cses UV et ADC. Cochez l cse Show dvnced prmeters. Cliquez sur OK. L oîte de dilogue User Interfce Configurtion permet de chnger les options disponiles. Si une fonction n'est ps visile, elle étit prolement msquée lorsqu'une cse été désélectionnée dns l oîte de dilogue User Interfce Configurtion. Figure 3 Configurtion de l'interfce utilisteur à utiliser vec des données CPG/QQQ 14 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

15 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG Étpes Instructions détillées Remrques 4 Si vous disposez d'un CPG/Q-TOF, configurez l'interfce utilisteur fin que seules les fonctions CPG/Q-TOF s'ffichent. c d e f g h i Cliquez sur Configurtion > User Interfce Configurtion. Sous Seprtion types, cochez uniquement l cse GC. Sous Ioniztion type, cochez les deux cses. Sous MS levels, cochez les deux cses. Sous Mss ccurcy, cochez l cse Accurte mss (TOF, Q-TOF). Désélectionnez l cse Unit mss (Q, QQQ). Sous Optionl softwre fetures, désélectionnez les cses Peptide Sequence Editor et BioConfirm Softwre. Sous Non-MS detectors, désélectionnez les cses UV et ADC. Cochez l cse Show dvnced prmeters. Cliquez sur OK. L oîte de dilogue User Interfce Configurtion permet de chnger les options disponiles. Si une fonction n'est ps visile, elle étit prolement msquée lorsqu'une cse été désélectionnée dns l oîte de dilogue User Interfce Configurtion. Figure 4 Configurtion de l'interfce utilisteur pour un CPG/Q-TOF Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 15

16 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 3. Zoom vnt et rrière sur le chromtogrmme Tâche 3. Zoom vnt et rrière sur le chromtogrmme Cette tâche vous permet de vous fmiliriser vec les fonctions de zoom vnt et rrière du progrmme d'nlyse qulittive. 16 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

17 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme Au cours de cette tâche, vous llez ncrer un chromtogrmme. Si vous ncrez un chromtogrmme, le chromtogrmme ncré reste ffiché en permnence pendnt que vous fites défiler les utres chromtogrmmes pour les fficher. Étpes Instructions détillées Remrques Ancrer un chromtogrmme. Afficher tous les chromtogrmmes. S'ssurer que l liste d'ffichge des chromtogrmmes est définie à 1. Dns l fenêtre Chromtogrm Results, sélectionnez le deuxième chromtogrmme de cournt ionique totl (CIT). Ancrer ce CIT. Fire défiler les chromtogrmmes. Supprimer l'ncrge. c d e f Dns l fenêtre Dt Nvigtor, cochez les cses correspondnt ux chromtogrmmes que vous vez msqués u cours de l précédente tâche. Assurez-vous que le nomre mximl de volets est défini à 1 dns l fenêtre Chromtogrm Results. Dns l fenêtre Chromtogrm Results, sélectionnez le deuxième chromtogrmme de cournt ionique totl (CIT). Cliquez vec le outon droit de l souris sur le chromtogrmme, puis cliquez sur Set Anchor. Utilisez l rre de défilement dns l fenêtre Chromtogrm Results pour fire défiler l liste de chromtogrmmes. Le deuxième CIT reste toujours visile comme le premier chromtogrmme. Cliquez sur Chromtogrms > Cler Anchor. Lorsque vous définissez un ncrge pour un chromtogrmme, une icône représentnt une ncre pprît dns l fenêtre Dt Nvigtor, en regrd du nom du chromtogrmme ncré. Deux chromtogrmmes pprissent dns l fenêtre Chromtogrm Results près que l'un d'eux it été ncré ien que l liste d'ffichge soit définie à 1. Ceci signifie que vous ffichez un chromtogrmme en plus du chromtogrmme ncré. Vous pouvez églement cliquer vec le outon droit de l souris sur le chromtogrmme, puis cliquer sur Cler Anchor dns le menu contextuel. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 17

18 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme Tâche 4. Ancrge d'un chromtogrmme (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 5 CIT ncré dns l fenêtre Chromtogrm Results 18 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

19 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres Au cours de cette tâche, vous llez déplcer des fenêtres dns l vue principle et créer diverses présenttions des fenêtres. Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres Étpes Instructions détillées Remrques 1 Chnger l disposition des fenêtres: Chnger l tille des fenêtres. Enregistrer une disposition de fenêtres. Déverrouiller l disposition. Chnger l fenêtre Chromtogrm Results fin qu'elle devienne flottnte. Déplcer l fenêtre Chromtogrm Results. Afficher les outils pour repositionner les fenêtres. Pour chnger l tille d'une fenêtre, fites glisser l limite entre les fenêtres. Pour enregistrer une disposition de fenêtres, cliquez sur Configurtion > Window Lyouts > Sve Lyout. Pour déverrouiller une disposition, cliquez sur Configurtion > Window Lyouts > Lock Lyout. Pour rendre une fenêtre flottnte, cliquez vec le outon droit de l souris sur l rre de titre de l fenêtre et cliquez sur l'option Floting dns le menu contextuel. Pour déplcer une fenêtre, cliquez sur l rre de titre de l fenêtre et fites-l glisser à l'emplcement souhité. Pour fficher les outils de repositionnement, fites glisser l fenêtre sur l'une des utres fenêtres. Lorsque qu'une fenêtre est chevuchée pr une utre, le progrmme ffiche plusieurs outils de mise en pge, comme illustré à l Figure 6. Si l disposition est déverrouillée, le système n'ffiche ps de mrque en regrd du menu Lock Lyout. Vous ne pouvez utiliser les outils de repositionnement que si l disposition est déverrouillée. Vous pouvez églement rendre une fenêtre flottnte en doule-cliqunt sur l rre de titre de l fenêtre. Plusieurs présenttions différentes sont déjà créées dns le logiciel. Vous pouvez églement essyer de les chrger. Le logiciel comporte plusieurs flux de trvux différents. Chque flux de trvux chrge une présenttion différente. Le fit de psser à un utre flux de trvux chnge églement l présenttion. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 19

20 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres Tâche 5. Chngement de disposition des fenêtres (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 6 Outils de repositionnement des fenêtres 2 Repositionner l fenêtre Chromtogrm Results. Déplcer l fenêtre fin qu'elle se trouve u-dessus, à guche, à droite, puis en dessous des utres fenêtres. Déplcer deux fenêtres ensemle fin qu'elles se trouvent u-dessus d'une utre et disponiles uniquement pr l'intermédiire des onglets situés en s. Resturer l disposition pr défut. Si vous pssez le curseur sur l'une des petites icônes, l fenêtre que vous fites glisser ser plcée u-dessus, à droite, en dessous ou à guche de toutes les utres fenêtres. Fites glisser le curseur sur l grnde icône. L fenêtre peut être églement plcée u-dessus, à droite, en dessous ou à guche de l'utre fenêtre en fisnt glisser le curseur sur les côtés de l grnde icône. Pour épingler deux fenêtres ensemle, fites glisser le curseur u centre de l grnde icône. Vous verrez une version omrée des deux fenêtres épinglées ensemle. Cessez de fire glisser l souris. Les deux fenêtres sont épinglées ensemle. Cliquez sur Configurtion > Window Lyouts > Restore Defult Lyout. Le curseur doit se trouver sur l'une des flèches dns une oîte pour que le repositionnement it lieu. Le fit de cliquer sur Restore Defult Lyout resture l présenttion utilisée dns le flux de trvux générl et celui de crilge des composés CPG/Q-TOF. Si vous utilisez un utre flux de trvux, vous devez chrger l disposition utilisée vec celui-ci. 20 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

21 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes Au cours de cette tâche, vous llez extrite et fusionner des chromtogrmmes du CIT d'origine. Étpes Instructions détillées Remrques 1 Extrire et fire fusionner des chromtogrmmes d'ions extrits (CIE) de deux msses dns le fichier de données Pest Scn.d. Les vleurs m/z sont et Ne ps fusionner les pics de msses individuelles dns un chromtogrmme. c d e f Dns l fenêtre Dt Nvigtor, désélectionnez les cses à cocher des fichiers de données, excepté le fichier Pest Scn.d. Ouvrez l oîte de dilogue Extrct Chromtogrms, à l'ide de l'option ci-dessous ou de l'une des options de droite: Cliquez sur Chromtogrms > Extrct Chromtogrms. Dns l oîte List of opened dt files, cliquez sur Pest Scn.d. Dns l zone de liste Type, sélectionnez EIC. Dns le chmp m/z vlue(s), sisissez 129.0, Le cs échént, désélectionnez l cse Merge multiple msses into one chromtogrm pour fusionner les CIE. g Cliquez sur OK. h Définissez le nomre mximum de volets liste à 3 dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Vous pouvez églement extrire des chromtogrmmes de l'une des mnières suivntes: Cliquez vec le outon droit de l souris sur le chromtogrmme, puis cliquez sur Extrct Chromtogrms. Dns Dt Nvigtor, sélectionnez TIC Scn pour sulfs_posms.d, puis cliquez vec le outon droit de l souris sur TIC Scn et cliquez sur Extrct Chromtogrms. Vous pouvez utiliser l vleur All ou MS pour MS level. Notez que vous pouvez églement choisir que le chromtogrmme extrit soit utomtiquement intégré près l'extrction. Vous pouvez églement extrire un chromtogrmme d'un spectre de msse. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 21

22 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes Tâche 6. Extrction de chromtogrmmes (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 7 Boîte de dilogue Extrct Chromtogrms Figure 8 Chromtogrmmes d'ions extrits (CIE) fusionnés comprés u CIT d'origine 22 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

23 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Au cours de cette tâche, vous llez pprendre différentes fçons d'intégrer un chromtogrmme, de chnger les prmètres d'intégrtion pour modifier les résultts et clculer le rpport signl/ruit pour les pics intégrés de données SM/SM. Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (CPG/SM) Étpes Instructions détillées Remrques 1 Intégrer le chromtogrmme TIC Scn pour le fichier de données Pest Scn.d, à l'ide de n'importe lquelle des options indiquées à droite. 2 Afficher uniquement deux chromtogrmmes à l fois. Sélectionnez le fichier de données Pest Scn.D dns l fenêtre Dt Nvigtor. Sélectionnez le chromtogrmme TIC Scn et utilisez l'une des options suivntes: Dns l rre de menus, cliquez sur Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Cliquez vec le outon droit de l souris n'importe où dns l fenêtre du chromtogrmme, puis cliquez sur Integrte Chromtogrm. Dns l fenêtre Dt Nvigtor, sélectionnez Pest Scn.D > User Chromtogrms > TIC Scn, puis cliquez vec le outon droit de l souris sur TIC Scn et cliquez sur Integrte Chromtogrm. Sélectionnez 2 comme nomre mximum de volets liste dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Notez que le progrmme prtiquement intégré tous les pics dns le chromtogrmme. Utilisez l fenêtre Method Editor pour sélectionner l'intégrteur à utiliser pour les données SM, les données SM/SM et les données CPG. Ce chromtogrmme est un chromtogrmme SM, les vleurs définies dns l section Integrte (MS) de l fenêtre Method Editor sont donc utilisées lors de l'intégrtion de ce chromtogrmme. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 23

24 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (CPG/SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques De nomreux petits pics sont Figure 9 Chromtogrmme TIC Scn intégré vec de nomreux petits pics 3 Chnger le seuil pour intégrer moins de pics. Chnger le seuil pour ne grder que les trois plus grnds pics. c d Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Chromtogrm > Integrte (MS) pour fficher l'onglet Integrte (MS). Sélectionnez l'intégrteur Agile. Cliquez sur l'onglet Pek Filters. Sous Mximum numer of peks, cochez Limit (y height) to the lrgest, et tpez 3. Notez le tringle leu qui s'ffiche lorsque vous chngez l vleur d'un prmètre suvegrdée dns l méthode en cours. Lorsque vous enregistrez l méthode, les tringles disprissent. Figure 10 Onglet Pek Filters vec l cse Limit (y height) to the lrgest cochée 24 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

25 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (CPG/SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 4 Réintégrer le chromtogrmme. e Cliquez sur le outon dns l rre d'outils Method Editor pour effectuer l'intégrtion vec le nouveu prmètre. Notez que seuls les trois plus grnds pics sont désormis intégrés. Le pic 2,491 est plus hut que celui enregistré à 16,858minutes, il est donc sélectionné comme troisième pic. Figure 11 Chromtogrmme TIC Scn intégré lors de l réduction du nomre de pics 5 Intégrer le chromtogrmme TIC MRM pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.D. Dns l fenêtre Dt Nvigtor, sélectionnez TIC MRM pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Utilisez l'une des options suivntes pour intégrer les chromtogrmmes. Dns l rre de menus, cliquez sur Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Cliquez vec le outon droit de l souris n'importe où dns l fenêtre du chromtogrmme, puis cliquez sur Integrte Chromtogrm. Dns l fenêtre Dt Nvigtor, cliquez vec le outon droit de l souris sur le chromtogrmme en surrillnce et cliquez sur Integrte Chromtogrm. c Effectuez un zoom vnt de 5,8 à 8,5 minutes. d Définissez le nomre mximum de volets liste à 2. Appuyez sur l touche Ctrl pour sélectionner plusieurs chromtogrmmes dns l fenêtre Dt Nvigtor. Notez que le progrmme prtiquement intégré tous les pics dns le chromtogrmme. Ces chromtogrmmes sont des chromtogrmmes SM/SM, les vleurs définies dns l section Integrte (MS/MS) de l fenêtre Method Editor sont donc utilisées lors de l'intégrtion de ce chromtogrmme. Vous pouvez sélectionner l'intégrteur à utiliser pour intégrer des chromtogrmmes SM et un utre intégrteur pour les chromtogrmmes SM/SM. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 25

26 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (CPG/SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 12 Chromtogrmmes MRM intégrés 6 Sélectionnez l'intégrteur MS/MS (GC). Chnger le filtre pour n'ccepter que les pics ynt une huteur solue égle ou supérieure à c d e f Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Chromtogrm > Integrte (MS/MS). Sélectionnez MS/MS (GC) comme intégrteur. Cliquez sur l'onglet Pek Filters. Sous Filter on, cliquez sur Pek height. Sous Height filters, cochez l cse Asolute height. Tpez comme vleur de Asolute height. Notez le tringle leu qui s'ffiche lorsque vous chngez l vleur d'un prmètre suvegrdée dns l méthode en cours. Lorsque vous enregistrez l méthode, les tringles disprissent. Figure 13 Onglet Pek Filters vec cse Asolute height cochée 26 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

27 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme CPG/SM Tâche 7. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (CPG/SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 7 Réintégrer le chromtogrmme. g Cliquez sur le outon dns l rre d'outils Method Editor. Notez que seuls les plus grnds pics sont désormis intégrés. Figure 14 Le petit pic situé à 5,8min n'est plus inclus dns les résultts d'intégrtion, cr l huteur solue de ce pic est inférieure à 60000points. Chromtogrmmes CIT et CIE SM/SM intégrés vec un prmètre de seuil plus élevé 8 Resturer les prmètres suvegrdés pour l méthode en cours et fermer l fenêtre Method Editor. Sélectionnez l section Chromtogrm > Integrte (MS/MS) dns Method Explorer. Cliquez sur l'icône dns Method Editor. c Sélectionnez l section Chromtogrm > Integrte (MS) dns Method Explorer. d Cliquez sur l'icône dns Method Editor. e Fermez l fenêtre Method Editor. Pour nnuler vos modifictions et resturer les vleurs de l méthode chrgée, cliquez sur l'icône Resturer les dernières vleurs enregistrées du fichier dns l rre d'outils Method Editor. 9 Supprimer tous les chromtogrmmes, excepté celui d'origine. Supprimer les résultts d'intégrtion du chromtogrmme d'origine. c d Sous User Chromtogrms dns l fenêtre Dt Nvigtor, sélectionnez tous les chromtogrmmes, excepté celui d'origine. Cliquez vec le outon droit de l souris sur les chromtogrmmes sélectionnés et cliquez sur Delete. Sélectionnez tous les chromtogrmmes CIT. Cliquez sur Chromtogrms > Cler Results. Si vous utilisez l'option Cler Results, les chromtogrmmes ne sont ps supprimés; mis les résultts liés ux chromtogrmmes le sont. Dns ce cs, les vleurs d'intégrtion sont effcées. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 27

28 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) Au cours de cette tâche, vous llez pprendre différentes fçons d'intégrer de mnière interctive un chromtogrmme, de chnger les prmètres d'intégrtion pour modifier les résultts et d'fficher le rpport signl/ruit pour chque pic. Vous pprendrez églement comment ctiver les clculs d'déqution du système. Tâche 8. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (SM) Étpes Instructions détillées Remrques 1 Intégrer les chromtogrmmes MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d et Pest Scn.d à l'ide de l'une des options indiquées à droite. Cochez l cse en regrd du fichier de données MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d dns l fenêtre Dt Nvigtor. Cochez l cse en regrd du fichier de données Pest Scn.d dns l fenêtre Dt Nvigtor. c Sélectionnez les deux CIT. d Intégrez le TIC Scn pour ces deux fichiers, à l'ide de l'une des options suivntes. Dns le menu principl, cliquez sur Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Sélectionnez le chromtogrmme. Ensuite, cliquez vec le outon droit de l souris sur le chromtogrmme, puis cliquez sur Integrte Chromtogrm. Dns Dt Nvigtor, sélectionnez TIC Scn pour les deux fichiers de données. Ensuite, cliquez vec le outon droit de l souris sur l'un des chromtogrmmes, puis cliquez sur Integrte Chromtogrm. Pour le flux de trvux générl, l'intégrtion utilise l'intégrteur Generl, cr il s'git de l'intégrteur sélectionné dns l méthode defult.m. Pour le flux de trvux de crilge des composés CPC/Q-TOF, l'intégrtion utilise l'intégrteur Agile. Vous pouvez chnger cette vleur dns l'onglet Chromtogrm > Integrte (MS) > Integrtor. Notez que l'intégrtion vec les prmètres pr défut détecte des pics très petits. 28 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

29 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) Tâche 8. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 15 L'un des menus contextuels dns Dt Nvigtor et les chromtogrmmes intégrés 2 Activer les clculs d'déqution du système pour les chromtogrmmes SM. c d e f Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Chromtogrm > Integrte (MS) pour fficher l'onglet Integrtor. Cliquez sur l'onglet Suitility. Cochez l cse Enle system suitility clcultions. Sélectionnez United Sttes Phrmcopoei (USP). Dns l oîte Column void time, tpez 1. Dns l oîte Column length, tpez Notez le tringle leu qui s'ffiche lorsque vous chngez l vleur d'un prmètre suvegrdée dns l méthode en cours. Lorsque vous enregistrez l méthode, les tringles disprissent. Les lgorithmes utilisés pour définir plusieurs des colonnes de l liste Integrtion Pek List chngent en fonction de l phrmcopée sélectionnée. Pour plus d'informtions, consultez l'ide en ligne. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 29

30 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) Tâche 8. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Les vleurs réelles de Column void time et Column length pour ces fichiers de données sont différentes de ces vleurs. Celles-ci ne sont utilisées qu'à titre d'exemple. Figure 16 Onglet Suitility de Chromtogrm > Integrte (MS) 3 Réintégrer le chromtogrmme. Cliquez sur l'icône Intégrer le chromtogrmme dns l rre d'outils Method Editor pour effectuer l'intégrtion vec le nouveu prmètre. 4 Afficher les clculs d'déqution du système. Ouvrir l fenêtre Integrtion Pek List. Réviser les vleurs de l zone de ruit et clculer le rpport signl/ruit pour les pics intégrés. c d Cliquez sur View > Integrtion Pek List. Cliquez vec le outon de l souris dns l'en-tête de l fenêtre Peks et cliquez sur Floting. Cliquez vec le outon droit de l souris dns l'en-tête d'une colonne que vous ne souhitez ps voir et cliquez sur Remove Column. Cliquez vec le outon droit de l souris dns l'en-tête d'une colonne et cliquez sur Add/Remove Columns pour chnger les colonnes visiles. Les clculs d'déqution du système sont inclus dns le tleu Integrtion Pek List. Les vleurs incluses sont notmment les suivntes: k, Tiling fctor, Pltes, Pltes/M et Symmetry. Vous pouvez églement ctiver les clculs d'déqution du système pour un chromtogrmme SM, SM/SM ou SPG. Figure 17 Tleu des pics intégrés vec vleurs d'déqution du système 30 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

31 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 8. Clculez les vleurs d'déqution du système (System Suitility) Tâche 8. Intégrtion interctive d'un chromtogrmme (SM) (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 5 Resturer les prmètres de l méthode pr défut, fermer les fenêtres Method Editor et Integrtion Pek List. c d Pour nnuler vos modifictions et resturer les vleurs de l méthode pr défut, cliquez sur l'icône Resturer les dernières vleurs enregistrées du fichier dns l rre d'outils Method Editor. Fermez l fenêtre Method Editor. Cliquez vec le outon de l souris dns l fenêtre Integrtion Pek List et cliquez sur Floting. Cliquez sur View > Integrtion Pek List. Lorsque vous cliquez sur l'option Floting dns le menu contextuel pour l seconde fois, l fenêtre Integrtion Pek List est ncrée à son emplcement d'origine. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 31

32 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Au cours de cette tâche, vous llez extrire un spectre exctement à l'endroit que vous spécifiez dns le chromtogrmme. Le progrmme d'nlyse qulittive extrit un spectre à prti d'un point de données spécifique ou extrit un spectre moyen d'une moyenne de plusieurs points ou plges de données. Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 1 Prcourir un chromtogrmme pour fficher l'ion précurseur et l'ion produit pour les quelques derniers pics de Pest - STD 200 MRM.d. Effectuer un zoom vnt sur l zone comprise entre 13 et 16 minutes. Utiliser l'icône Wlk Chromtogrm. Réviser le spectre en commençnt environ à 13minutes et déplcer l flèche vers l droite. Sélectionnez l ligne Pest MRM.D dns l fenêtre Dt Nvigtor. Fermez l fenêtre Method Editor. c Fermer l fenêtre MS Spectrum Results. d Cliquez sur le chromtogrmme TIC MRM dns l fenêtre Dt Nvigtor. e Cliquez sur l'icône Autoscle Y-xis during Zoom dns l rre d'outils Chromtogrm Results. f Sélectionnez 1 pour le nomre mximum de volets liste. g Pour effectuer un zoom vnt sur quelques pics, cliquez vec le outon droit de l souris u-dessus du pic à 13minutes et fites glisser le pointeur jusqu'à 16minutes, puis relâchez le outon de l souris. h Cliquez sur l'icône Wlk Chromtogrm dns l rre d'outils Chromtogrm Results. i Déplcez le curseur Wlk Chromtogrm jusqu'u dessus de l'xex à environ 13minutes et cliquez. j Pour nviguer d'un spectre à l'utre, utilisez les touches fléchées droite et guche de votre clvier. L'outil Wlk Chromtogrm est prticulièrement utile sur les données SM/SM pour identifier les ions précurseur et produit. Le spectre de chque point sur lequel vous cliquez dns l fenêtre Chromtogrm Results s'ffiche instntnément dns l fenêtre Spectrum Preview qui s'ouvre utomtiquement. Prfois, deux spectres sont ffichés dns l fenêtre Spectrum Preview. Pr exemple, deux spectres sont ffichés dns l fenêtre Spectrum Preview pour chcun des points sur lesquels vous cliquez près du pic situé à 13,431min. 32 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

33 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques Figure 18 Prcours du chromtogrmme pour visuliser les deux spectres MRM pour le pic situé à 13,43min Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 33

34 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 2 Extrire les spectres à des points de données spécifiques pour le pic à 5,2min et celui à 14,3min du fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Extrire un spectre du pic situé à ou proche de 5,2min, puis l'un des creux, à l'ide de l'une des options décrites sous Comments. Extrire un spectre du pic situé à ou proche de 14,3minutes (ps le creux tout de suite). Chnger l'ffichge fin de visuliser u moins trois spectres. Cliquez sur l'icône Rnge Select dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Fermez l fenêtre Spectrum Preview. c Cliquez sur l'icône Zoom Out dns l rre d'outils Chromtogrm Results. d Pour effectuer un zoom vnt sur le pic à 5,2min, cliquez vec le outon droit de l souris u-dessus du pic à 4,0min et fites glisser le pointeur jusqu'à 6,0min, puis relâchez le outon. e Sur un pic proche de 5,2min, extryez un spectre à l'ide de l'une des méthodes indiquées dns l colonne Remrques. f Sur un creux proche de 5,1min, extryez le spectre. g Cliquez sur l'icône Zoom Out dns l rre d'outils Chromtogrm Results. h i j Effectuez un zoom sur l zone comprise entre 14 et 15minutes. Sur un pic proche de 14,3min, extryez un spectre à l'ide de l'une des méthodes indiquées dns l colonne Remrques (n'extryez ps encore le spectre du creux). Si nécessire, sélectionnez 4 comme nomre mximum de volets liste dns l rre d'outils MS Spectrum Results. Lorsque vous effectuez le zoom, veillez à ce que l'icône AutoScle Y-xis during Zoom soit sélectionnée. Le fond de l'icône est ornge qund elle est ctive. Vous pouvez extrire un spectre de l'une des mnières suivntes: Doule-cliquez sur le point de données dns le chromtogrmme. Cliquez sur le point de données dns le chromtogrmme, puis cliquez vec le outon droit de l souris n'importe où dns le chromtogrmme. Cliquez sur Extrct MS Spectrum. L oîte de dilogue Extrct Spectrum s'ouvre. Assurez-vous que le fichier Pest - STD 200 MRM.d est sélectionné, puis cliquez sur Extrct dns l oîte de dilogue Extrct Spectrum. Notez que l première fois que vous extryez un spectre, l fenêtre MS Spectrum Results s'ffiche contennt le spectre. Le type du spectre et le temps de rétention figurent sous User Spectr. Tous les spectres extrits suivnts pprissent ux deux endroits églement. Lorsque vous extryez un spectre SM du pic proche de 14,3minutes, deux spectres sont extrits, cr deux trnsitions se produisent sur ce pic. 34 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

35 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques Figure 19 Fenêtre principle vec deux spectres MRM du pic situé à 5,2min et deux spectres MRM du pic situé à 14,3min Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 35

36 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 3 Extrire un spectrems pour le creux situé à 14,35minutes du fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Ouvrir Spectrum Preview. Extrire un spectre du creux situé u TR 14,3min. Copier ce spectre dns le dossier User Spectr. Chnger l'ffichge pour montrer 6spectres. Fermer Spectrum Preview. c d e Cliquez sur l'icône Spectrum Preview. Extryez un spectre sur un creux proche de 14,3minutes. Cliquez vec le outon droit de l souris sur le spectre dns l fenêtre Spectrum Preview, puis cliquez sur Copy to User Spectr. Les spectres sont copiés dns l section User Spectr du nvigteur de données et s'ffichent dns l fenêtre MS Spectrum Results. Cliquez sur l flèche vers le s en regrd de l liste de spectres et sélectionnez 6. Fermez l fenêtre Spectrum Preview. Lorsque Spectrum Preview est ctivé, le système ffiche tous les spectres sélectionnés mnuellement dns l fenêtre Spectrum Preview, mis ps dns l section User Spectr de Dt Nvigtor. Avec Spectrum Preview ctivé, Qulittive Anlysis écrse le précédent spectre lorsque vous en extryez un nouveu. Le mode Spectrum Preview est utile si vous souhitez réviser rpidement les spectres dns votre chromtogrmme et n'en suvegrder que quelques-uns. Figure 20 Fenêtres Chromtogrm Results et MS Spectrum Results 36 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

37 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 4 Extrire un spectre qui moyenne tous les points d'une plge spécifiée pour le pic de 14,3min pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d: Effectuer un zoom rrière. Utiliser l'icône de sélection de l plge dns l rre d'outils du chromtogrmme. Définir l plge sur l totlité du pic. Extrire le spectre à l'ide de l'une des options indiquées. c d Cliquez sur l'icône Rnge Select dns l rre d'outils du chromtogrmme. Cliquez à guche de l se du pic à 14,3min et fites glisser le pointeur jusqu'à l droite de l se de ce même pic. Extryez le spectre moyen à l'ide de l'une des options indiquées à droite. Sélectionnez 2 comme nomre mximum de volets liste dns l fenêtre Chromtogrm Results. Vous pouvez extrire un spectre moyen en doule-cliqunt sur l plge sélectionnée dns le chromtogrmme. Ou, cliquez vec le outon droit de l souris n'importe où dns le chromtogrmme, puis cliquez sur Extrct MS Spectrum du menu contextuel. Notez que deux spectres MRM moyennés s'ffichent. Figure 21 Fenêtres Chromtogrm Results et MS Spectrum Results ffichnt deux spectres moyennés Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 37

38 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 5 Extrire des spectres qui moyennent les plges des pics situés à 5,2min et 14,3min pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Astuce: utiliser l'icône Rnge Select et l touche Ctrl pour sélectionner l plge du pic1 à mi-prcours. Extrire les spectres à l'ide de l'une des options indiquées à droite. Cliquez sur l'icône Zoom Out dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Appuyez sur l touche Ctrl et mintenez-l enfoncée. c Cliquez à guche du pic de 5,2min et fites glisser le pointeur à droite de ce pic, puis relâchez le outon de l souris. d Relâchez l touche Ctrl. e Extryez les spectres moyennés à l'ide de cette option ou de l'une de celles qui figurent à droite: Doule-cliquez dns l plge sélectionnée de l'un des pics. N'ouliez ps qu'une plge déjà été sélectionnée à l'étpe4 pour le deuxième pic. Pour extrire des spectres, vous pouvez églement cliquer vec le outon droit de l souris n'importe où dns le chromtogrmme, puis cliquer sur Extrct MS Spectrum. L oîte de dilogue Extrct Spectrum s'ffiche. Cliquez sur Extrct. Le premier spectre comporte des trnsitions entre les deux plges de temps. Le deuxième spectre n' qu'une seule plge de temps, cr l trnsition > ** ne figure ps dns le pic situé à 5,2minutes. Figure 22 Deux spectres moyennés à prtir de deux plges différentes dns le chromtogrmme 38 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

39 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 6 Soustrire un spectre de fond chque fois que vous extryez un spectre de pic de Pest - STD 200 MRM.d. Supprimer tous les lyges sous User Spectr dns Dt Nvigtor. Extrire un spectre de fond qui est l moyenne d'un spectre u déut du pic et d'un utre à l fin du pic. Extrire un spectre de pic des pics intégrés. Cliquez sur l ligne User Spectr dns Dt Nvigtor. Cliquez vec le outon droit de l souris sur l ligne User Spectr, puis cliquez sur Delete. Cliquez sur Yes. c Dns Method Explorer, sélectionnez Spectrum > Extrct (MS/MS). d Cliquez sur l'onglet Pek Spectrum Extrction (MS/MS), s'il n'est ps visile. e Dns l oîte Pek spectrum ckground MS/MS, sélectionnez Averge of spectr t pek strt nd end. f Dns l rre d'outils Chromtogrm Results, cliquez sur l'icône Pek Select. g Cliquez sur l'option Chromtogrms > Integrte. h Sélectionnez le pic à 5,206minutes. i Cliquez vec le outon droit de l souris, puis sélectionnez l'option Extrct Pek Spectrum du menu contextuel. Notez qu'à l fin de cette procédure, le spectre de fond désigné est utomtiquement soustrit de tous les spectres de pic extrits. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 39

40 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques Figure 23 Spectres de pic vec spectre de fond soustrit 40 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

41 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Tâche 9. Extrction de spectres d'un chromtogrmme Étpes Instructions détillées Remrques 7 Intégrer et extrire des spectres de pic du fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Cliquez sur le chromtogrmme TIC MRM dns l fenêtre Dt Nvigtor. Cliquez sur Chromtogrms > Integrte nd Extrct Pek Spectr. Les spectres de pic que vous vez extrits mnuellement à l'étpe précédente sont utomtiquement supprimés, cr pr défut l cse Cler previous pek spectr est cochée dns l'onglet Chromtogrms > Integrte (MS/MS) > Results. Figure 24 Intégrtion et extrction de spectres de pic 8 Supprimer les résultts d'intégrtion et les spectres de pic. Sélectionnez le fichier de données Pest - Std 200 MRM.d. Cliquez sur Chromtogrms > Cler Results > Include Pek Spectr. Vous pouvez églement cliquer sur Chromtogrms > Cler Results > Only Chromtogrms si vous ne voulez ps supprimer les spectres de pic. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 41

42 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 10. Ajout d'nnottions Tâche 10. Ajout d'nnottions Tâche 10. Ajout d'nnottions Vous pouvez jouter une nnottion sous forme d'imge ou de texte dns les fenêtres grphiques suivntes: Fenêtre Chromtogrm Results Fenêtre MS Spectrum Results Si vous enregistrez les résultts pour le fichier de données, les nnottions sont églement suvegrdées. Étpes Instructions détillées Remrques 1 Sélectionner le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Msquer les utres chromtogrmmes. Cochez l cse en regrd de MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d dns l fenêtre Dt Nvigtor. Cliquez sur Edit > Show > Only Highlighted. Les chromtogrmmes des utres fichiers de données sont utomtiquement msqués. 2 Sélectionner l'emplcement dns le chromtogrmme pour jouter une nnottion texte. c Dns l fenêtre Chromtogrm Results, cliquez sur l'outil Annottion dns l rre d'outils. Déplcez le curseur à l'emplcement du chromtogrmme où vous souhitez jouter l'nnottion. Cliquez vec le outon droit de l souris, puis sélectionnez Add Text Annottion. Le curseur se trnsforme en réticule. Il permet de sélectionner l'emplcement exct pour l'jout de l'nnottion. L rre d'outils Annotte est disponile dns l fenêtre Chromtogrm Results. Vous pouvez églement jouter des nnottions à l fenêtre MS Spectrum Results. 42 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

43 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 10. Ajout d'nnottions Tâche 10. Ajout d'nnottions (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 3 Ajouter les informtions de l'nnottion texte dns l oîte de dilogue Add/Edit Text Annottion. c d e f Sisissez le texte de l'nnottion. Sélectionnez l couleur du texte (Text color). Sélectionnez l'orienttion. Sélectionnez le style et l tille de police (Font style et Font size). Cliquez sur Anchored (ncré) ou Floting (flottnt). Si vous cliquez sur Anchored, sélectionnez les options du pointeur pour l'nnottion texte. Si vous sélectionnez Floting, vous pouvez modifier l position reltive. Il est plus simple de chnger l position de mnière interctive dns l fenêtre de grphiques. Cliquez sur OK. Vous pouvez jouter plusieurs nnottions dns un chromtogrmme ou un spectre. Utilisez les icônes de l rre d'outils Annotte pour sélectionner toutes les nnottions, supprimer et éditer des nnottions. L rre d'outils Annotte est disponile uniquement lorsque l'outil Annotte est sélectionné. Figure 25 Boîte de dilogue Add/Edit Text Annottion et fenêtre Chromtogrm Results Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 43

44 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 10. Ajout d'nnottions Tâche 10. Ajout d'nnottions (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 4 Sélectionner l'emplcement dns le chromtogrmme pour jouter une nnottion imge. Déplcez le curseur à l'emplcement du chromtogrmme où vous souhitez jouter l'nnottion. Cliquez vec le outon droit de l souris, puis sélectionnez Add Imge Annottion. Vous pouvez jouter un fichier imge JPG ou MOL. 5 Ajouter les informtions de l'nnottion texte dns l oîte de dilogue Add/Edit Text Annottion. c d e f Sisissez le texte de l'nnottion. Tpez 50 dns l oîte Scle width. Cochez l cse Lock spect rtio. Cliquez sur Floting. Vous pouvez chnger l position reltive. Il est plus simple de chnger l position de mnière interctive dns l fenêtre de grphiques. Cliquez sur OK. Déplcez l'imge dns le coin supérieur droit du chromtogrmme. Le fichier Agilent_Logo.tif réside dns le dossier \\MssHunter\ Report Templtes\Qul\B.05.00\ en-us\letter. Vous devez le convertir en fichier JPG. Vous pouvez jouter plusieurs nnottions dns un chromtogrmme ou un spectre. Figure 26 Boîte de dilogue Add/Edit Imge Annottion et fenêtre Chromtogrm Results 44 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

45 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 10. Ajout d'nnottions Tâche 10. Ajout d'nnottions (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 6 Effectuer un zoom vnt sur le premier pic. Effectuez un zoom sur une zone utour du premier pic à 5,5minutes. Si une nnottion est ncrée, elle reste fixée à l position à lquelle elle est ncrée. Si vous zoomer sur un utre pic, il se peut qu'une nnottion ncrée ne soit ps visile. Si une nnottion est flottnte, elle est toujours ffichée à l même position reltive dns le coin supérieur guche de l fenêtre. Figure 27 Boîte de dilogue Add/Edit Imge Annottion et fenêtre Chromtogrm Results 7 Resculer sur l'outil Rnge Select dns l fenêtre Chromtogrm Results. Supprimer d'ord l'nnottion. Cliquez sur l'icône pour supprimer toutes les nnottions. Cliquez sur l'icône Rnge Select dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Si vous voulez enregistrer les nnottions vec les résultts du fichier de données, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge 72. Vous pouvez sculer entre cinq outils différents dns l rre d'outils Chromtogrm Results. Pour plus d'informtions, reportez-vous à l'ide en ligne. Les cinq outils sont les suivnts: Rnge Select Select Pek... Mnul Integrtion Wlk Chromtogrm Annottion Mouse Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 45

46 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse Un comps d'épisseur (cliper) montre l différence entre deux points d'un spectre. Vous pouvez en jouter un dns l fenêtre MS Spectrum Results. Si vous enregistrez les résultts pour le fichier de données, les comps d'épisseur sont églement suvegrdés. Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse Étpes Instructions détillées Remrques 1 Intégrer et extrire des spectres de pic de MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Cochez l cse en regrd de MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d dns l fenêtre Dt Nvigtor. Cliquez sur Edit > Show > Only Highlighted. c Cliquez sur Chromtogrms > Integrte nd Extrct Pek Spectr. d Fermez l fenêtre Method Editor. 2 Ajouter le comps d'épisseur u spectre de pic créé u cours de l précédente tâche. c d e Dns l fenêtre MS Spectrum Results, cliquez sur l'outil Delt Mss Cliper dns l rre d'outils. (fculttif) Sélectionnez Profile Point to Point pour le type de comps d'épisseur dns l rre d'outils Cliper. Effectuez un zoom vnt de 66 à 132 m/z. Déplcez le curseur à l'emplcement du volet du spectre où vous souhitez jouter le comps d'épisseur. Fites glisser le curseur jusqu'u point finl du comps dns le spectre. À mesure que vous fites glisser le curseur, l vleur de msse Delt chnge. Lorsque vous relâchez le outon de l souris, le comps d'épisseur est jouté. Le curseur se chnge en flèche. Il permet de sélectionner le point de déut et le point de fin du comps d'épisseur. Vous ne pouvez ps sélectionner le type de comps d'épisseur si le spectre est centroïde, cr Profile Point to Point n' ps d'effet sur les données centroïdes. Le curseur tringle est défini en hut du pic sélectionné. 46 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

47 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive 1 Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse (suite) Étpes Instructions détillées Remrques 3 Modifier le comps d'épisseur pour utiliser une utre couleur. c d e f Cliquez sur le comps d'épisseur créé à l'étpe précédente. Cliquez sur le outon Cliper Properties dns l rre d'outils MS Spectrum Results Cliper. (fculttif) Entrez les vleurs de Strt X et Strt Y. Sélectionnez l couleur du texte (Text color). Sélectionnez le style et l tille de police (Font style et Font size). Cliquez sur OK. Vous pouvez jouter plusieurs comps d'épisseur à un spectre. Utilisez les icônes de l rre d'outils Cliper pour sélectionner tous les comps d'épisseur, supprimer et éditer des comps d'épisseur. Figure 28 Boîte de dilogue Delt Mss Cliper Settings et fenêtre MS Spectrum Results 4 Supprimer des résultts d'intégrtion et des spectres. Cliquez sur Chromtogrms > Cler Results > Include Pek Spectr. Cliquez sur l'outil Rnge Select. Si vous voulez enregistrer les comps d'épisseur vec les résultts du fichier de données, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge 72. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 47

48 1 Apprendre les ses de l'nlyse qulittive Tâche 11. Ajout d'un comps d'épisseur de msse 48 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

49 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion 2 Détection et identifiction Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme 50 Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque 54 Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) 59 Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion 63 Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic 66 Tâche 17. Enregistrement des résultts 72 Au cours de ces tâches, vous llez détecter et identifier des composés dns des fichiers de données CPG/SM. Chque exercice est présenté dns un tleu à trois colonnes: Étpes: utilisez ces instructions générles fin d'explorer le progrmme pr vous-même. Instructions détillées: utilisez-les si vous vez esoin d'ide ou si vous préférez suivre une méthode d'pprentissge ps à ps. Remrques: lisez-les pour otenir des stuces et des informtions supplémentires sur chque étpe de l'exercice. 49

50 2 Détection et identifiction Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme L'lgorithme de détection des composés identifie les composés dns des données CPG/SM et crée un spectre SM nettoyé pour chque composé. Cette fonctionnlité est un moyen simple d'nlyser les informtions de données complexes. L'lgorithme de détection de composés pr dévolution de chromtogrmme ne peut être utilisé que sur des échntillons de données CPG/SM cquises en mode Scn, Product Ion scn ou Neutrl Loss scn. Cette tâche explique l détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme vec des données de msse précises. Vous pouvez églement détecter des composés pr déconvolution de chromtogrmme vec des données de msse unitire près voir u prélle chngé l fenêtre d'extrction. Tâche 12. Détection de composés à l'ide de l déconvolution de chromtogrmme (CPG/SM) Étpe Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. L'lgorithme de détection des composés pr déconvolution de chromtogrmme fonctionne vec des fichiers de données CPG/QQQ et CPG/Q-TOF. Figure 29 Chromtogrmme CIT à prtir de Pest Scn.d 50 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

51 Détection et identifiction 2 Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme Tâche 12. Détection de composés à l'ide de l déconvolution de chromtogrmme (CPG/SM) Étpe Instructions détillées Remrques 2 Configurer l'interfce utilisteur pour trviller vec des données CPG. Suivez les instructions de l «Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM», pge 13. Pour ces exemples, chrgez le flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening. 3 Détecter des composés à l'ide de l'lgorithme de déconvolution de chromtogrmme. Sélectionner l'intégrteur Agile. Entrer un seuil SNR de 20. Entrer 100ppm comme vleur de Left m/z delt et Right m/z delt. c d Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Find Compounds > Find y Chromtogrm Deconvolution. Dns l'onglet Settings sous Pek filter, tpez 20 comme vleur de SNR threshold. Sélectionnez PPM pour m/z delt units. Entrez 100 pour Left m/z delt et 100 églement pour Right m/z delt. L section Find y Chromtogrm Deconvolution est églement disponile dns l section GC/Q-TOF Compound Screening. Si vous disposez de données de msse unitire, entrez 0.3 AMU comme vleur de Left m/z delt et 0.7 AMU pour Right m/z delt. Vous pouvez extrire l'ensemle des résultts complets pour un composé une fois détecté à l'ide de l'option de menu Compounds > Extrct Complete Result Set lorsqu'un composé est sélectionné. Figure 30 Onglet Settings dns l section Find y Chromtogrm Deconvolution Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 51

52 2 Détection et identifiction Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme Tâche 12. Détection de composés à l'ide de l déconvolution de chromtogrmme (CPG/SM) Étpe Instructions détillées Remrques Sélectionner pour extrire des spectres CIE, SM et SM/SM. e f Cliquez sur l'onglet Results. Cochez les cses Extrct EIC, Extrct ECC, Extrct clened spectrum et Extrct rw spectrum. g Cliquez sur pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution sur le fichier de données. h Si nécessire, cliquez sur l'option View > Compound List. Le progrmme d'nlyse qulittive détecte 4composés répondnt ux conditions. Si le fichier de données n'est ps indexé, l'exécution de l'lgorithme peut prendre eucoup de temps. 4 Exminer les composés. Voir l Figure 31, pge 53. c d Sélectionnez 2 comme nomre mximum de volets liste dns l rre d'outils MS Spectrum Results. Cliquez sur l'icône Hide Empty Columns dns l fenêtre Compound List. Cliquez sur le premier composé dns l fenêtre Dt Nvigtor. Lorsque l fenêtre Dt Nvigtor est ctive, utilisez les touches fléchées pour psser d'un composé à l'utre. L'ffichge des deux spectres est un on moyen pour montrer toutes les informtions d'un seul composé. Notez que le spectre nettoyé et le spectre rut sont ffichés. 52 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

53 Détection et identifiction 2 Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme Tâche 12. Détection de composés à l'ide de l déconvolution de chromtogrmme (CPG/SM) Étpe Instructions détillées Remrques Figure 31 Résultts de l détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 53

54 2 Détection et identifiction Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Au cours de cette tâche, vous llez identifier et générer des formules pour les composés détectés u cours de l «Tâche 12. Détection de composés pr déconvolution de chromtogrmme», pge 50. Vous pouvez exécuter cette tâche si vous vez fit l'cquisition de l iliothèque NIST08.l ou si vous utilisez l iliothèque demo.l. Si vous disposez de deux iliothèques, vous pouvez même sélectionner les deux. 54 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

55 Détection et identifiction 2 Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Étpe Instructions détillées Remrques 1 Effectuer une recherche en liririe de tous les composés dns le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c d e f g h i j k Sélectionnez les composés dns le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D dns l fenêtre Dt Nvigtor. Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Identify Compounds > Serch Unit Mss Lirry. Dns l'onglet Settings, cliquez sur le outon Add Lirry. Sélectionnez l iliothèque demo.l et cliquez sur le outon OK. (fculttif) Dns l'onglet Settings, cliquez sur le outon Add Lirry. Sélectionnez l iliothèque NIST08.l et cliquez sur le outon OK. Cliquez sur l'onglet Serch Results. (fculttif) Sélectionnez Stop When Found pour Multi-Lirry serch type. Cliquez sur Identify > Serch Lirry for Compounds dns le menu principl. Vous pouvez églement cliquer sur l'icône Serch Lirry for Compounds pour exécuter l'lgorithme. Cliquez sur View > Difference Results. Cliquez sur View > Structure Viewer. Cliquez sur View > Compound Identifiction Results, si nécessire pour fficher l fenêtre. Le cs échént, cliquez sur l'onglet permettnt d'fficher l fenêtre Compound Identifiction Results. L'onglet correspondnt est ccessile dns l fenêtre Chromtogrm Results. Vous pouvez églement cliquer sur GC/Q-TOF Compound Screening > Identify y Lirry Serch dns Method Explorer. L même section s'ffiche dns l fenêtre Method Editor. Demo.l et Nist08 doivent être instllés dns le dossier \ MssHunter\Lirry. Notez que de nomreux composés sont identifiés près l recherche dns l iliothèque NIST08.l. Si vous ne disposez ps de l iliothèque NIST08.l, sélectionnez une utre iliothèque si vous en vez une de disponile. Si vous vez deux ou plusieurs iliothèques sélectionnées et que vous sélectionnez Stop When Found, l'lgorithme de recherche en iliothèque recherche dns l première iliothèque de l liste. Si le composé est identifié, l recherche s'rrête. Si le composé n'est ps identifié, l recherche se poursuit dns l iliothèque suivnte jusqu'à ce qu'il soit identifié ou que l dernière iliothèque it été consultée. Le progrmme Lirry Editor permet de modifier les iliothèques que vous utilisez vec l'lgorithme Serch Unit Mss Lirry. Ce progrmme est instllé vec le progrmme Agilent MssHunter Quntittive Anlysis. Cliquez sur l'icône pour démrrer le progrmme. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 55

56 2 Détection et identifiction Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Étpe Instructions détillées Remrques 2 Afficher les colonnes Spectrl Lirry Results dns l fenêtre Compound List et l fenêtre Compound Identifiction Results. Cliquez sur le outon Show Lirry Serch Columns dns l rre d'outils Compound List et dns l rre d'outils Compound Identifiction Results. Cliquez sur le outon Hide Empty Columns utton dns l rre d'outils Compound List et dns l fenêtre Compound Identifiction Results. Figure 32 Composés du fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D et résultts de l recherche en iliothèque 56 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

57 Détection et identifiction 2 Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Étpe Instructions détillées Remrques 3 Bsculer vers Compound Detils View pour réviser les composés. Cliquez sur dns l rre d'outils principle. Fermez l fenêtre Compound Frgment Spectrum Results. 4 Réviser les résultts dns Compound Detils View. Cliquez sur l'icône Overlid dns l fenêtre Compound Chromtogrm Results. Développez les résultts dns l fenêtre Compound Identifiction Results. Pour otenir plus de détils sur Compound Detils View, consultez l'ide en ligne. L vue Compound Detils View est très utile pour exminer les résultts de l'lgorithme Find y Formul vec un fichier de données cquis en mode All Ions. Figure 33 Compound Detils View montrnt les composés du fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 57

58 2 Détection et identifiction Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Tâche 13. Identifiction de composés à l'ide de l'lgorithme de recherche en iliothèque Étpe Instructions détillées Remrques 5 Resculer vers Nvigtor View. Cliquez sur le outon d'outils principle. dns l rre 6 Fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur No. Si vous souhitez enregistrer ces résultts, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

59 Détection et identifiction 2 Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) L'lgorithme Find Compounds y MRM identifie les composés dns des données MRM à prtir d'un dispositif Triple Qudrupôle. L'lgorithme recherche les composés à l'ide de trnsitions MRM. Tous les composés dns l méthode d'cquisition sont extrits et ffichés dns l liste Compound List. Les composés ne sont ps éliminés en fonction des résultts d'intégrtion du chromtogrmme. Vous ne pouvez utiliser l'lgorithme Find Compounds y MRM que sur des données cquises à l'ide de trnsitions MRM. L'lgorithme MRM utilise des informtions trouvées dns le fichier de données si celui-ci est de type MRM. Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Étpe Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d dns le dossier du fichier d'exemples de données GC. c Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. Utilisez le flux de trvux générl (Generl Workflow) pour trviller vec des données CPG/QQQ. Vous pouvez utiliser ce même flux de trvux ou celui de crilge des composés CPG/Q-TOF pour trviller vec des données CPG/Q-TOF. Figure 34 Chromtogrmme CIT à prtir de Pest - STD 200 MRM.d 2 Configurer l'interfce utilisteur pour trviller vec des données CPG. Suivez les instructions de l «Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM», pge 13. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 59

60 2 Détection et identifiction Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Étpe Instructions détillées Remrques 3 Détecter des composés à l'ide de l'lgorithme MRM. c d Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Find Compounds > Find y MRM. Cliquez sur le outon Group trnsitions y compound nme. Cliquez sur l'onglet Integrtor. Sélectionnez l'intégrteur Agile. Vous pouvez choisir l zone du chromtogrmme dns lquelle vous envisger de détecter des composés. Vous pouvez extrire l'ensemle des résultts complets pour un composé une fois détecté à l'ide de l'option de menu Compounds > Extrct Complete Result Set lorsqu'un composé est sélectionné. Figure 35 Onglet Integrtor dns l section Find y MRM de Method Editor e Cliquez sur pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y MRM sur le fichier de données. f Si nécessire, cliquez sur l'option View > Compound List. g Si nécessire, cliquez sur View > Compound Identifiction Results. Le progrmme d'nlyse qulittive détecte 28composés répondnt ux conditions. 60 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

61 Détection et identifiction 2 Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Étpe Instructions détillées Remrques 4 Exminer les composés. Voir l Figure 36, pge 61. c d Sélectionnez 2 comme nomre mximum de volets liste dns l rre d'outils MS Spectrum Results. Cliquez sur l'icône Automticlly Show Columns dns l fenêtre Compound List et dns l fenêtre Compound Identifiction Results. Cliquez sur le premier composé dns l fenêtre Dt Nvigtor. Lorsque l fenêtre Dt Nvigtor est ctive, utilisez les touches fléchées pour psser d'un composé à l'utre. L'ion précurseur est ffiché dns l colonne Precursor (Acq Method) et l'ion produit dns l colonne Product (Acq Method) dns l fenêtre Compound Identifiction Results. Figure 36 Résultts de l détection pr MRM Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 61

62 2 Détection et identifiction Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Tâche 14. Détection de composés pr MRM (MRM uniquement) Étpe Instructions détillées Remrques 5 Fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur Close. Si vous souhitez enregistrer ces résultts, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

63 Détection et identifiction 2 Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion L'lgorithme Find Compounds y Integrtion identifie les composés en fonction des résultts d'intégrtion. Un composé est créé pour chque pic identifié pr l'intégrteur. Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Étpe Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03. D. Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d dns le dossier du fichier d'exemples de données GC. c Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. Utilisez le flux de trvux générl (Generl Workflow) pour trviller vec des données CPG/QQQ. Vous pouvez utiliser ce même flux de trvux ou celui de crilge des composés CPG/Q-TOF pour trviller vec des données CPG/Q-TOF. Figure 37 Chromtogrmme CIT tiré de MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d 2 Configurer l'interfce utilisteur pour trviller vec des données CPG. Suivez les instructions de l «Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM», pge Détecter des composés à l'ide de l'lgorithme d'intégrtion. Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Find Compounds > Find y Integrtion. Sélectionnez l'intégrteur MS/MS (GC). Vous pouvez choisir l zone du chromtogrmme dns lquelle vous envisger de détecter des composés. Vous pouvez extrire l'ensemle des résultts complets pour un composé une fois détecté à l'ide de l'option de menu Compounds > Extrct Complete Result Set lorsqu'un composé est sélectionné. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 63

64 2 Détection et identifiction Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Étpe Instructions détillées Remrques Figure 38 Onglet Integrtor dns l section Find y Integrtion de Method Editor c Cliquez sur pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y Integrtion sur le fichier de données. d Si nécessire, cliquez sur l'option View > Compound List. Le progrmme d'nlyse qulittive détecte 6composés répondnt ux conditions. 4 Exminer les composés. Voir l Figure 36, pge 61. c d Sélectionnez 2 comme nomre mximum de volets liste dns l rre d'outils MS Spectrum Results. Cliquez sur l'icône Automticlly Show Columns dns l fenêtre Compound List. Cliquez sur le premier composé dns l fenêtre Dt Nvigtor. Lorsque l fenêtre Dt Nvigtor est ctive, utilisez les touches fléchées pour psser d'un composé à l'utre. 64 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

65 Détection et identifiction 2 Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Tâche 15. Détection de composés pr intégrtion Étpe Instructions détillées Remrques Figure 39 Résultts de l détection pr intégrtion 5 Fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur Close. Si vous souhitez enregistrer ces résultts, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge 72. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 65

66 2 Détection et identifiction Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Au cours de cette tâche, vous llez d'ord intégrer et extrire des spectres de pic du fichier de données CPG/Q-TOF. Ensuite, vous llez générer des formules possiles pour chcun des spectres de pic. Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. c Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. Si cette cse n'est ps disponile, cel signifie qu'ucun résultt n' été enregistré dns le fichier de données. Pour plus d'instructions sur l'enregistrement des résultts, se reporter à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge Intégrer et extrire des spectres de pic. Cliquez dns l section Chromtogrm > Integrte (MS) de l fenêtre Method Explorer. Cliquez sur l'onglet Pek Filters. Cliquez sur le outon Pek height. c d Cochez l cse Reltive height. e Cochez l cse Limit (y height) to the lrgest et tpez 4. f Cliquez sur Chromtogrms > Integrte nd Extrct Pek Spectr. 66 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

67 Détection et identifiction 2 Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques 3 Générer des formules pour chcun des spectres de pic. Afficher l liste Spectrum Identifiction Results List. Fermer l fenêtre MS Spectrum Results. Astuce: pour otenir les mêmes résultts que dns l Figure 41, veillez à sélectionner Common orgnic molecules comme modèle Isotope. c Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Identify Compounds > Generte Formuls. Dns l fenêtre Method Editor, cliquez sur l'onglet Chrge Stte et sélectionnez Common orgnic molecules comme modèle Isotope. Dns l fenêtre Dt Nvigtor, sélectionnez tous les spectres dns l section User Spectr. d Cliquez sur l'option Identify > Generte Formuls from Spectrum Peks ou sur le outon Generte Formuls from Spectrum Peks pour exécuter l'lgorithme. e f Si nécessire, cliquez sur l'icône Spectrum Identifiction Results, ou sur l'option View > Spectrum Identifiction Results. Dns l fenêtre Spectrum Identifiction Results, cliquez sur le outon Automticlly Show Columns dns l rre d'outils. g Cliquez sur l'icône Hide Empty Columns dns l fenêtre Spectrum Identifiction Results. h Sélectionnez C6 H13 comme meilleur (Best) résultt. i Développez le tleu pour cette ligne. j Fermez l fenêtre Method Editor. k Révisez l formule et l'espèce de l'ion indiquées u-dessus de nomreux pics dns l fenêtre MS Spectrum Results. Toutes les formules et les espèces d'ions sont de l même couleur que le spectre. Vous pouvez voir les rpports des teneurs isotopiques prévus sur le trcé du spectre lorsque vous effectuez un zoom vnt sur le rpport m/z pproprié. Pour plus d'informtions, consultez l'ide en ligne. L'icône Run de l rre d'outils Method Editor vous permet prfois de choisir une ction prmi plusieurs ctions possiles. Pr exemple, deux ctions différentes sont possiles lorsque vous cliquez sur l'icône Run dns cette section. Si vous cliquez sur l flèche, une liste d'ctions possiles s'ffiche et vous pouvez choisir l'ction à exécuter. Le fit de choisir une utre ction dns l liste chnge l'ction pr défut. Si vous cliquez simplement sur le outon Run, l'ction pr défut est effectuée. Vous pouvez modifier l lrgeur d'une colonne en tirnt sur l ligne qui sépre deux colonnes djcentes. Vous pouvez modifier une colonne en tirnt sur l'en-tête de l colonne. Pour supprimer une colonne, cliquez sur Remove column dns le menu contextuel du tleu. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 67

68 2 Détection et identifiction Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques Figure 40 Résultts de l génértion de formules pour les pics 1 à 4 4 Exécuter une recherche en liririe pour les spectres de pic 1 à 4. c d e Dns l fenêtre Dt Nvigtor, cliquez sur User Spectr. Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Identify Compounds > Serch Unit Mss Lirry. Vérifiez qu'une iliothèque vlide est sélectionnée. Cliquez sur Identify > Serch Lirry for Spectr dns le menu principl. Fermez l fenêtre Method Editor. Method Editor s'ouvre utomtiquement lorsque vous cliquez sur une section de Method Explorer. 68 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

69 Détection et identifiction 2 Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques 5 Modifier les colonnes visiles. Cliquez vec le outon droit de l souris dns l fenêtre Spectrum Identifiction Results et sélectionnez Add/Remove Columns. Dns l oîte de dilogue Enhnced) Add/Remove Columns, sélectionnez les colonnes à fficher. Cliquez sur OK. Fermez l fenêtre Method Editor. c Cliquez sur l'icône Hide Empty Columns dns l fenêtre Spectrum Identifiction Results. d Révisez l formule et l'espèce de l'ion indiquées u-dessus de chque pic dns l fenêtre MS Spectrum Results. Si vous utilisez l'option Remove Column et supprimez une colonne qui contient des données, le logiciel réffiche utomtiquement cette colonne si l fonction Automticlly Show Columns est ctivée. L'lgorithme LiSerch est lrgement pondéré dns l section Comine Identifiction Results de l méthode. Vous pouvez choisir mnuellement le meilleur résultt MFG ou modifier l cominison des résultts d'identifiction. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 69

70 2 Détection et identifiction Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques Figure 41 Résultts de l recherche en iliothèque et de l génértion de formules pour le premier spectre de pic 70 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

71 Détection et identifiction 2 Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Tâche 16. Génértion de formules et recherche en iliothèque pour des spectres de pic Étpe Instructions détillées Remrques 6 Réviser les résultts de chque spectre dns l fenêtre MS Peks One. c d e Cliquez sur View >MS Spectrum Pek List 1. Cliquez vec le outon droit de l souris et sélectionnez Add/Remove Columns. Vérifiez que les colonnes ffichées dns l Figure 42 figurent dns l liste Show these columns. Triez l colonne Ion Type. Si le type d'ion est Frgment Ion, l formule et l'espèce de l'ion s'ffichent en vert sur chque pic dns l fenêtre MS Spectrum Results. Les ions frgments s'ffichent en vert dns l fenêtre MS Spectrum Results. Le type d'ion peut être Moleculr Ion, Frgment Ion ou vide. S'il s'git d'un ion frgment, les colonnes Loss Formul et Loss Mss ffichent l formule et l msse à prendre en compte pour rriver à cet ion à prtir de l'ion moléculire. L colonne Formul & Ion Species indique l formule et l'espèce pour l'ion en question. Figure 42 Tleu MS Peks One vec les colonnes Ion Type, Loss Formul, Loss Mss et Formul & Ion Species 7 (fculttif) Fermer le fichier de données. Vous pouvez psser à l tâche suivnte pour svoir comment enregistrer les résultts. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur Close. Si vous souhitez enregistrer ces résultts, reportez-vous à l «Tâche 17. Enregistrement des résultts», pge 72. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 71

72 2 Détection et identifiction Tâche 17. Enregistrement des résultts Tâche 17. Enregistrement des résultts Tâche 17. Enregistrement des résultts Au cours de cette tâche, vous llez enregistrer les résultts pour le fichier de données en cours. Étpe Instructions détillées Remrques 1 Enregistrer les résultts pour le fichier de données en cours et fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Sve Results. Cliquez sur File > Close Dt File. Vous ne pouvez enregistrer qu'un seul jeu de résultts vec un fichier de données. Si vous vez déjà enregistré des résultts pour le fichier de données en cours, ils sont écrsés lorsque vous cliquez sur File > Sve Results. 2 Ouvrir le fichier de données et chrger les résultts. c d Cliquez sur File > Open Dt File. L oîte de dilogue Open Dt File s'ouvre. Sélectionnez un fichier de données. Pour cet exemple, sélectionnez le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Cochez l cse Lod result dt. Cliquez sur le outon Open. 72 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

73 Détection et identifiction 2 Tâche 17. Enregistrement des résultts Tâche 17. Enregistrement des résultts Étpe Instructions détillées Remrques L cse Lod result dt est cochée. Figure 43 Boîte de dilogue Open Dt File 3 Exminer les résultts. Sélectionnez l fenêtre Spectrum Identifiction Results. Révisez les résultts. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 73

74 2 Détection et identifiction Tâche 17. Enregistrement des résultts Tâche 17. Enregistrement des résultts Étpe Instructions détillées Remrques Figure 44 Résultts de l recherche en iliothèque et de l génértion de formules pour le premier spectre de pic 4 Fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur Close. 5 Ouvrir à nouveu le fichier de données et ne ps chrger les résultts. c d Cliquez sur File > Open. L oîte de dilogue Open Dt File s'ouvre. Sélectionnez un fichier de données. Pour cet exemple, sélectionnez le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Désélectionnez l cse Lod result dt. Cliquez sur le outon Open. Si vous ne chrgez ps de résultts, un CIT pr défut s'ouvre lorsque vous ouvrez un fichier de données. Si vous sélectionnez les ctions Run File Open dns l oîte de l méthode sélectionnée, les ctions File Open sont exécutées à l plce. Pour plus d'informtions, consultez l'ide en ligne. 74 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

75 Détection et identifiction 2 Tâche 17. Enregistrement des résultts Tâche 17. Enregistrement des résultts Étpe Instructions détillées Remrques Figure 45 Résultts de l recherche en iliothèque et de l génértion de formules pour le premier spectre de pic 6 Fermer le fichier de données. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur Close. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 75

76 2 Détection et identifiction Tâche 17. Enregistrement des résultts 76 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

77 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl 78 Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening 83 Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF 87 Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse 89 Tâche 22. Impression d'un rpport de composé 92 Au cours de ces tâches, vous llez pprendre comment configurer et exécuter une méthode d'nlyse qulittive. Ensuite, vous llez exécuter les ctions de l méthode utomtisée en ouvrnt un fichier de données. Deux flux de trvux différents sont utilisés pour ces exemples. Pour plus d'informtions, reportez-vous à l section «Flux de trvux», pge 105. Le flux de trvux générl (Generl) prend en chrge les données CPG/QQQ, CPG/Q-TOF et CPL/SM. Le flux de trvux de crilge des composés CPG/Q-TOF (GC/Q-TOF Compound Screening) prend en chrge des données CPG/Q-TOF. Chque exercice est présenté dns un tleu à trois colonnes: Étpes: utilisez ces instructions générles fin d'explorer le progrmme pr vous-même. Instructions détillées: utilisez-les si vous vez esoin d'ide ou si vous préférez suivre une méthode d'pprentissge ps à ps. Remrques: lisez-les pour otenir des stuces et des informtions supplémentires sur chque étpe de l'exercice. 77

78 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Lorsque vous commencez à utiliser le progrmme Anlyse qulittive pour l première fois, l méthode defult.m est chrgée. Vous pouvez pporter des modifictions à l méthode ouverte et l suvegrder, ou ouvrir une nouvelle méthode, fire des chngements et enregistrer l méthode. Vous ne pouvez ps écrser l méthode defult.m. Vous pouvez églement configurer l'exécution d'ctions spécifiques dns l méthode lorsque vous ouvrez un fichier de données. Lorsque vous ouvrez un fichier de données, vous pouvez églement chrger l méthode qui été utilisée pour créer les résultts stockés vec le fichier. L méthode est enregistrée utomtiquement chque fois que vous suvegrdez les résultts vec le fichier de données. Le flux de trvux générl peut être utilisé vec des fichiers de données CPG/SM ou CPL/SM. Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Étpes Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d. 2 Configurer l'interfce utilisteur pour trviller vec des données CPG. Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données Pest - STD 200 MRM.d dns le dossier du fichier d'exemples de données GC. c Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. Suivez les instructions de l «Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM», pge 13. Utilisez ce même flux de trvux ou celui de crilge des composés CPG/Q-TOF pour trviller vec des données CPG/SM. Pour cet exemple, sélectionnez le flux de trvux générl. 3 Configurer l méthode pour extrire un chromtogrmme CIT. Définir un chromtogrmme CIT pour des données SM. c d e Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Chromtogrm > Define Chromtogrms. Supprimez le chromtogrmme BPC. Sélectionnez TIC comme Type. Assurez-vous que l vleur de MS Level est MS/MS. Cliquez sur Add. 78 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

79 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Étpes Instructions détillées Remrques 4 Éditer l méthode pour intégrer les données. Limiter l'intégrtion ux qutre pics les plus élevés. Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Chromtogrm > Integrte (MS/MS). Cliquez sur l'onglet Pek Filters. c Dns l section Mximum numer of peks, cochez l cse Limit (y height) to the lrgest. d Tpez 4. L mise à jour d'une vleur dns l'onglet Pek Filters de l section Chromtogrm > Integrte (MS) ctulise églement les vleurs des utres sections de l fenêtre Method Explorer. Des tringles leus pprissent pour montrer ces utres sections. Vous pouvez cliquer sur l'icône Sve Method pour enregistrer l méthode en cours. Figure 46 Chromtogrm > Integrte (MS/MS) > onglet Pek Filters 5 Tester l'intégrtion pour s'ssurer que seuls 4pics intégrés pprissent. Cliquez sur l'icône Integrte Chromtogrm pour intégrer le fichier de données. 6 Enregistrer l méthode dns iii_gcexercise1, où iii correspond à vos initiles. c Dns le menu principl, cliquez sur Method > Sve As. Tpez iii_gcexercise1. Cliquez sur le outon Sve. Notez que l'enregistrement de l méthode entrîne l disprition de tous les tringles leus indiqunt des chngements de vleur dns l méthode ouverte. 7 Chnger le fond du spectre de pic fin d'utiliser le spectre u déut d'un pic. c Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Spectrum > Extrct (MS/MS). Cliquez sur Pek Spectrum Extrction (MS/MS). Pour Pek spectrum ckground, sélectionnez l'option Spectrum t pek strt. Si vous effectuez des modifictions supplémentires près l'enregistrement de l méthode, des tringles leus sont joutés. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 79

80 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Étpes Instructions détillées Remrques Vous pouvez cliquer sur l'icône Sve Method pour enregistrer l méthode en cours. Figure 47 Spectrum > Extrct (MS/MS) > onglet Pek Spectrum Extrction (MS/MS) 8 Tester l'extrction de spectre SM pour s'ssurer qu'un spectre de fond est soustrit. Cliquez sur l'icône Extrct Pek Spectrum pour exécuter l'ction sur le pic sélectionné dns le fichier de données. 9 Enregistrer l méthode. Enregistrez l méthode à l'ide de l'une des trois méthodes suivntes: Cliquez sur l'icône Sve Method dns Method Editor. Cliquez vec le outon droit de l souris dns l fenêtre Method Editor, puis sélectionnez Sve Method. Dns le menu principl, cliquez sur Method > Sve. L'icône Sve Method est illustrée dns l Figure 47, pge Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

81 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Étpes Instructions détillées Remrques 10 Configurer l méthode pour utomtiser les ctions dont vous venez juste de modifier les prmètres lorsque vous ouvrez un fichier de données. Énumérer les ctions à effectuer lorsque ce fichier de données ou un utre est ouvert. Astuce: rechercher sous Generl dns Method Explorer. Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Generl > File Open Actions. Sélectionnez Integrte nd Extrct Pek Spectr dns l liste Aville ctions. c Cliquez sur le outon Add pour déplcer l'ction sélectionnée dns l liste Actions to e run. Vous pouvez églement doule-cliquer sur l'ction sélectionnée pour l déplcer dns l'utre liste. 11 Tester File Open Actions. Cliquez sur l'icône Run File Open Actions Now pour exécuter les ctions sur le fichier de données. Les chromtogrmmes et les spectres ne sont ps écrsés. De nouveux chromtogrmmes et spectres sont joutés. Deux ctions différentes font prtie de l liste Actions to e run. L première ction consiste à extrire les chromtogrmmes définis. Ensuite, le chromtogrmme est intégré et les pics sont extrits. Figure 48 Section Generl > File Open Actions dns Method Editor 12 Enregistrer l méthode. Cliquez sur l'icône Sve Method dns l fenêtre Method Editor. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 81

82 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Tâche 18. Configurtion et exécution d'une méthode d'nlyse qulittive à l'ide du flux de trvux générl Étpes Instructions détillées Remrques 13 Configurer l méthode pour utomtiser les ctions lorsque l méthode est exécutée u cours d'une liste de tâches. Énumérer les ctions à effectuer lorsque ce fichier de données ou un utre est ouvert. Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Worklist Automtion > Worklist Actions. Supprimez Generte Anlysis Report de l liste Actions to e run. Astuce: rechercher sous Worklist Automtion dns l fenêtre Method Explorer. 14 Tester Worklist Actions. Cliquez sur l'icône Run Worklist Actions Now pour exécuter les ctions sur le fichier de données. Les chromtogrmmes et les spectres ne sont ps écrsés. De nouveux chromtogrmmes et spectres sont joutés. Deux listes d'ctions différentes sont incluses dns une méthode. L première liste d'ctions (File Open Actions) peut être exécutée lorsqu'un fichier de données est ouvert. L deuxième liste d'ctions (Worklist Actions) est exécutée lors de l'exécution de l méthode. Figure 49 Worklist Automtion > section Worklist Actions dns l fenêtre Method Editor 15 Enregistrer l méthode et fermer le fichier de données sns suvegrder les résultts. Cliquez sur l'icône Sve Method dns l fenêtre Method Editor. Cliquez sur File > Close Dt File, puis sur No lorsque le système vous invite à enregistrer les résultts. 82 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

83 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Au cours de cette tâche, vous llez configurer une méthode d'nlyse qulittive qui contient une liste d'ctions d'nlyse à exécuter dns un ordre spécifique. Elles incluent l'extrction et l'intégrtion de chromtogrmmes, l'extrction de spectre, l recherche en iliothèque de spectres de pic, l génértion de formules pour des spectres et l'impression d'un rpport d'nlyse. Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Étpes Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le CIT pour le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt et cliquez sur Open. 2 Configurer l'interfce utilisteur pour trviller vec des données CPG. Suivez les instructions de l «Tâche 2. Configurtion de l'interfce utilisteur pour des données CPG/SM», pge 13. Pour cet exemple, sélectionnez le flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening. 3 S'ssurer qu'un CIT est extrit. Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Chromtogrm. Cliquez dns l section Define Chromtogrms. c Dns l fenêtre Method Editor, vérifiez que le chromtogrmme de l section Defined chromtogrms est un CIT. Si ce n'est ps le cs, sélectionnez TIC comme Type. Cliquez sur le outon Chnge. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 83

84 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Étpes Instructions détillées Remrques 4 Réviser les prmètres de l'lgorithme Find y Chromtogrm Deconvolution. c d e f Cliquez sur GC/Q-TOF Compound Screening > Find y Chromtogrm Deconvolution dns l fenêtre Method Explorer. Cliquez sur l'onglet Mss Filter. Définissez l vleur de Asolute height à Cliquez sur l'onglet Results. Cliquez sur le outon Highlight ll compounds. Révisez les résultts dns chque onglet. Exminez les sections du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening. Notez les six sections du flux de trvux. Toutes ces sections sont des doules de sections fisnt déjà prtie de l'explorteur de méthode. Notez que des tringles leus pprissent dns d'utres sections de l fenêtre Method Explorer. Ils indiquent que les mêmes vleurs de prmètre ont été modifiées illeurs églement. 5 Réviser les prmètres de l'lgorithme Identify y Lirry Serch. c d Cliquez sur GC/Q-TOF Compound Screening > Identify y Lirry Serch dns l fenêtre Method Explorer. Cliquez sur le outon Add Lirry. Sélectionnez une iliothèque et cliquez sur Open. (fculttif) Cliquez sur le outon Remove Lirry pour supprimer une iliothèque si vous ne souhitez ps l'utiliser. Révisez les prmètres dns chque onglet. L iliothèque demo.l ou NIST08.l (ou une utre version de l iliothèque NIST) est instllée dns le dossier \MssHunter\Lirry. 6 Enregistrer l méthode dns iii_gcexercise2, où iii correspond à vos initiles. c Dns le menu principl, cliquez sur Method > Sve As. Tpez iii_gcexercise2. Cliquez sur le outon Sve. 84 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

85 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Étpes Instructions détillées Remrques 7 Configurer l méthode pour utomtiser les ctions lorsqu'un fichier de données est ouvert. Énumérer les ctions à effectuer lorsque ce fichier de données ou un utre est ouvert. Astuce: rechercher sous Generl dns l fenêtre Method Explorer. c d e f g Dns l fenêtre Method Explorer, sélectionnez Generl > File Open Actions. Supprimez Generte Anlysis Report de l liste Actions to e run. Supprimez Integrte nd Extrct Pek Spectr. Supprimez toutes les utres ctions de l liste. Ajoutez Extrct Defined Chromtogrms. Ajoutez Find Compounds y Chromtogrphic Deconvolution. Ajoutez Serch Spectrl Lirry for Compound. 8 Tester File Open Actions. Cliquez sur l'icône Run 'File Open' Actions Now pour exécuter les ctions sur le fichier de données. Les chromtogrmmes et les spectres ne sont ps écrsés. De nouveux chromtogrmmes et spectres sont joutés. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 85

86 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening Étpes Instructions détillées Remrques Figure 50 Résultts de l'exécution des ctions de l liste de tâches sur les données CPG/Q-TOF 9 Enregistrer l méthode dns iii_gcexercise2, où iii correspond à vos initiles. Dns le menu, cliquez sur Method > Sve As. Tpez iii_gcexercise2. c Cliquez sur Sve. Si l méthode est exécutée pendnt une liste de tâches d'cquisition de données, les ctions de l liste de tâches de cet onglet sont exécutées dns l'ordre indiqué. 10 Fermer le fichier de données sns enregistrer les résultts. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur No lorsque le système vous invite à enregistrer les résultts. 86 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

87 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF Vous pouvez exporter un fichier CEF contennt des informtions sur les composés. Ce fichier CEF peut être importé dns d'utres progrmmes, tels que MssHunter Quntittive Anlysis et Mss Profiler Professionl. Vous pouvez églement importer des composés qui ont été exportés dns un fichier CEF. Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF Étpes Instructions détillées Remrques 1 Ouvrir le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d et exécuter les ctions File Open pour l méthode iii_gcexercise2.m créée u cours de l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83. c d e Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt. Cochez l cse Run File Open ctions from selected method. Cliquez sur le outon Use current method et cliquez sur Open. Si vous vez terminé l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83, l méthode ctuelle est iii_gcexercise2.m. Cette méthode est configurée pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution, puis l'lgorithme Serch Lirry sur chque composé. 2 Exporter un fichier CEF. Pour exporter de mnière interctive le fichier, cliquez sur File > Export > s CEF. Cliquez sur le outon All results. c Sélectionnez l'emplcement du fichier d'exporttion. d Cliquez sur OK. Un fichier CEF est utilisé pour exporter des composés. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 87

88 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF Tâche 20. Exporttion d'un fichier CEF (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 51 Boîte de dilogue Export CEF Options 88 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

89 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse Chque fois que vous voulez imprimer un rpport d'nlyse près l'exécution de l'une des tâches de cet exercice ou du suivnt, utilisez ces instructions. Un rpport d'nlyse peut contenir les résultts de l'extrction et de l'intégrtion de chromtogrmmes, de l'extrction de spectres, de l détection de composés, des recherches de spectres de pic dns l se de données ou de l génértion de formules à prtir de spectres de pic. Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse Étpes Instructions détillées Remrques 1 Si le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d n'est ps déjà chrgé, l'ouvrir et exécuter les ctions File Open pour l méthode iii_gcexercise2.m créée u cours de l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83. c d e Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt. Cochez l cse Run File Open ctions from selected method. Cliquez sur le outon Use current method et cliquez sur Open. Si vous vez terminé l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83, l méthode ctuelle est iii_gcexercise2.m. Cette méthode est configurée pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution, puis l'lgorithme Serch Lirry sur chque composé. 2 Chnger les sélections du rpport d'nlyse dns l méthode: Cocher les cses des chromtogrmmes, spectres ou tleux à imprimer. Désélectionner les cses des chromtogrmmes, spectres ou tleux à ne ps imprimer. c Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Reports > Anlysis Report. Cochez les cses des sélections supplémentires à imprimer. Désélectionnez les cses des chromtogrmmes et spectres que vous ne souhitez ps imprimer. Le rpport d'nlyse contient uniquement les informtions que vous vez sélectionnées dns cette section. Si certins résultts ne sont ps disponiles, ils ne sont ps inclus, même s'ils sont sélectionnés dns cette section. Pr exemple, si vous n'vez ps intégré le chromtogrmme, le tleu des pics n'est ps inclus. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 89

90 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Pr défut, l fenêtre Method Editor est flottnte. Elle est visile comme une fenêtre distincte du reste du progrmme d'nlyse qulittive. Pour ncrer l fenêtre, cliquez vec le outon droit de l souris sur le titre de l fenêtre, puis cliquez sur Floting. Vous pouvez églement cliquer sur l rre de titre pour ncrer l fenêtre. Figure 52 Section Anlysis Report dns les fenêtres Method Explorer et Method Editor 3 Imprimer le rpport. Vous pouvez imprimer le rpport de mnière interctive de plusieurs fçons: Dns le menu principl, cliquez sur File > Print > Anlysis Report. Dns l rre d'outils principle, cliquez sur l'icône Printer. Cliquez sur l'icône Print Anlysis Report dns l rre d'outils Method Editor lorsque l section Anlysis Report est sélectionnée. Cliquez vec le outon droit de l section Anlysis Report dns Method Editor, puis cliquez sur Print Anlysis Report. Dns le menu contextuel du fichier de données dns Dt Nvigtor, cliquez sur Anlysis Report. Cliquez sur Report contents. c Cochez l cse Print report et sélectionnez une imprimnte. d Cochez l cse Print preview. e Cliquez sur le outon OK. L'icône Run de l rre d'outils Method Editor vous permet prfois de choisir une ction prmi plusieurs ctions possiles. Pr exemple, si vous sculez sur l section Reports > Common Reporting Options de l fenêtre Method Editor, qutre ctions différentes sont possiles lorsque vous cliquez sur l'icône Run. Si vous cliquez sur l flèche, une liste d'ctions possiles s'ffiche et vous pouvez choisir l'ction à exécuter. Le fit de choisir une utre ction dns l liste chnge l'ction pr défut. Si vous cliquez simplement sur le outon Run, l'ction cournte pr défut est effectuée. 90 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

91 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse Tâche 21. Impression d'un rpport d'nlyse (suite) Étpes Instructions détillées Remrques Figure 53 Boîte de dilogue Print Anlysis Report f g Révisez le rpport. Cliquez sur l'icône Close Print Preview dns l rre d'outils. Figure 54 Fenêtre Print Preview vec rpport d'nlyse Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 91

92 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Chque fois que vous voulez imprimer un rpport de composé, suivez ces instructions. Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Étpe Instructions détillées Remrques 1 Si le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d n'est ps déjà chrgé, l'ouvrir et exécuter les ctions File Open pour l méthode iii_gcexercise2.m créée u cours de l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83. c d e Si le progrmme n'est ps déjà ouvert, doule-cliquez sur l'icône MssHunter Qulittive Anlysis. Sinon, cliquez sur File > Open Dt File. Cliquez sur le fichier de données MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d dns le dossier de fichiers d'exemples de données CPG. Désélectionnez l cse Lod result dt. Cochez l cse Run File Open ctions from selected method. Cliquez sur le outon Use current method et cliquez sur Open. Si vous vez terminé l «Tâche 19. Configurtion et exécution d'une méthode à l'ide du flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening», pge 83, l méthode ctuelle est iii_gcexercise2.m. Cette méthode est configurée pour exécuter l'lgorithme Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution, puis l'lgorithme Serch Lirry sur chque composé. 2 Chnger des sélections dns l méthode des rpports de composé: Désctiver l'ffichge des spectres SM dns lesquels des pics spéciux sont zoomés. Désctiver les options SM/SM dns le rpport. c d Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Reports > Compound Report. Désélectionnez l cse Show MS spectrum. Désélectionnez l cse Show MS/MS spectrum. Désélectionnez l cse Show MS/MS pek tle. Ces cses à cocher permettent de spécifier les informtions à inclure dns un rpport si elles sont disponiles. En revnche, si elles ne le sont ps, l section est utomtiquement ignorée. Pr exemple, les résultts SM/SM ne sont jmis inclus si le fichier de données est uniquement SM. 92 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

93 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression 3 Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Étpe Instructions détillées Remrques L cse Overly compound chromtogrms doit être désélectionnée pour les données CPG/Q-TOF. Figure 55 Section Compound Report de l fenêtre Method Editor 3 (fculttif) Choisir un utre modèle de rpport de composé. Dns l fenêtre Method Explorer, cliquez sur Reports > Common Reporting Options. Sélectionnez le fichier CompoundReport WithIdentifictionHits.xlsx comme modèle de rpport de composé. Plusieurs modèles de rpport différents sont inclus dns le logiciel. Vous pouvez personnliser un modèle de rpport à l'ide d'excel et de l'extension Report Designer. Vous pouvez utilise Excel et l'extension Report Designer pour personnliser l'un des modèles ynt l'extension XLTX. Vous ne pouvez ps personnliser le rpport de l méthode d'cquisition. Figure 56 Section Common Reporting Options de l fenêtre Method Editor Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 93

94 3 Utilistion des flux de trvux, exporttion et impression Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Tâche 22. Impression d'un rpport de composé Étpe Instructions détillées Remrques 4 Imprimer le rpport. Cliquez sur File > Print > Compound Report ou cliquez sur l flèche de l'icône Print Anlysis Report et cliquez sur Print Compound Report pour imprimer le rpport de composé. Cochez l cse Print preview. c Cliquez sur OK. Exminez le rpport. d Cliquez sur l'icône Close Print Preview. Dns l oîte de dilogue Print Compound Report, vous pouvez sélectionner une utre imprimnte, choisir d'enregistrer un fichier PDF ou Excel, d'imprimer tous les résultts ou seulement les résultts sélectionnés, et de cominer ou non différents fichiers de données dns un rpport. Pour plus d'informtions, consultez l'ide en ligne ou le DVD Report Designer Trining. Figure 57 Fenêtre Print Preview vec rpport de composé 5 Fermer le fichier de données sns enregistrer les résultts. Cliquez sur File > Close Dt File. Cliquez sur No lorsque le système vous demnde si vous souhitez enregistrer les résultts. 94 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

95 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion Référence Utilistion des fenêtres 96 Utilistion des données de résultts dns Dt Nvigtor 99 Exécution d'opértions sur le chromtogrmme 100 Exécution d'opértions sur un spectre SM ou SM/SM 101 Utilistion de données chromtogrphiques visuelles 102 Utilistion de données spectrles visuelles 104 Flux de trvux 105 Personnlistion d'un modèle de rpport

96 4 Utilistion des fenêtres Utilistion des fenêtres Lorsque vous ouvrez pour l première fois le progrmme Anlyse qulittive, vous pouvez voir qutre fenêtre dns l présenttion pr défut: Dt Nvigtor, Method Explorer, Chromtogrm Results et MS Spectrum Results. Vous pouvez sculer entre les fenêtres Nvigtor View et Compound Detils View. Vous pouvez fficher 17utres fenêtres dns Nvigtor View à l'ide du menu View: Method Editor permet d'éditer les prmètres de méthode séprés dns différents onglets Spectrum Preview permet de lyer rpidement les spectres dns un fichier de données MS Spectrum Results ffiche les spectres SM et SM/SM Difference Results présente les différents résultts près une recherche en iliothèque Deconvolution Results présente les spectres déconvolués Deconvolution Mirror Plot présente deux spectres déconvolués dns une imge en miroir UV Spectrum Results présente les spectres UV, disponiles uniquement pour les données CPL/SM Integrtion Pek List ffiche les résultts d'intégrtion dns un tleu MS Spectrum Pek List 1 présente le tleu des pics pour le premier spectre sélectionné MS Spectrum Pek List 2 présente le tleu des pics pour le deuxième spectre sélectionné MS Actuls ffiche les informtions d'cquisition pour le spectre mis en surrillnce Compound List présente les composés détectés à l'ide de l'un des lgorithmes Find Compounds Compound Identifiction Results présente les informtions d'identifiction du composé sélectionné Spectrum Identifiction Results présente les informtions d'identifiction du spectre sélectionné MS/MS Formul Detils ffiche un tleu contennt les formules possiles clculées pour les frgments vus dns un spectre SM/SM 96 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

97 Utilistion des fenêtres 4 Structure Viewer présente l structure ssociée u composé ou ux spectres cournts Smple Informtion présente des informtions sur le fichier de données mis en surrillnce Sequence Editor permet d'éditer une séquence de méthode Vous pouvez églement fficher trois fenêtres d'outils qui s'ouvrent lorsque vous commencez à utiliser l'outil ssocié: Formul Clcultor Mss Clcultor Reclirte Icônes des fenêtres dns l rre d'outils principle Les icônes de l rre d'outils principle permettent d'ouvrir et de fermer les fenêtres. Des icônes supplémentires sont disponiles lorsque le logiciel MssHunter BioConfirm est instllé. Les options du menu View peuvent être églement utilisées pour ouvrir ces fenêtres. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 97

98 4 Utilistion des fenêtres Dt Nvigtor Method Explorer Method Editor Chromtogrm Results UV Spectrum Results Spectrum Preview MS Spectrum Results Difference Results Deconvolution Results Deconvolution Mirror Plot Integrtion Pek List Compound List MS Spectrum Pek List 1 MS Spectrum Pek List 2 MS Actuls Sequence Editor Compound Identifiction Results Spectrum Identifiction Results MS/MS Formul Detils Structure Viewer Smple Informtion 98 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

99 Utilistion des données de résultts dns Dt Nvigtor 4 Utilistion des données de résultts dns Dt Nvigtor Fenêtre et outils du nvigteur de données (Dt Nvigtor) Dt Nvigtor orgnise tous les résultts d'extrction et de sélection de spectre pr fichier de données ou pr type de données. Icône Linked Nvigtion Lorsqu'elle est ctivée (pr défut), l sélection d'un chromtogrmme dns Dt Nvigtor met églement en surrillnce les spectres correspondnts. Les résultts grphiques du chromtogrmme et du spectre correspondnts sont églement mis en surrillnce. Linked Nvigtion ne fonctionne que si vous vez utilisé l'option Integrte nd Extrct Pek Spectr du menu Chromtogrms ou si vous vez exécuté l'un des lgorithmes Compounds. Outils permettnt de cocher Coche simple coche les cses de toutes les données en surrillnce. Coche doule, dont une grise coche les cses de toutes les données en surrillnce et supprime les coches des utres cses. Coche doule coche toutes les cses. Les chromtogrmmes et les spectres s'ffichent lorsque leurs cse sont cochées. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 99

100 4 Exécution d'opértions sur le chromtogrmme Exécution d'opértions sur le chromtogrmme Vous pouvez exécuter les opértions suivntes sur l totlité ou sur une zone sélectionnée du chromtogrmme à l'ide des options de menu suivntes: Action Chnger les liellés des pics dns le chromtogrmme Extrire un chromtogrmme Extrire les chromtogrmmes définis Intégrer le chromtogrmme Intégrer et extrire des spectres de pic Intégrer et déconvoluer des spectres de pic Lisser le chromtogrmme Soustrire un chromtogrmme Clculer le rpport signl/ruit Détecter des composés à prtir de données uto SM/SM Détecter des composés à prtir de données cilées SM/SM Détecter des composés à prtir de données SM(1) Détecter des composés à prtir de données CPG/SM Détecter des composés pour des données MRM Détecter des composés pr les résultts d'intégrtion Détecter des composés qui correspondent à des formules spécifiques Option de menu Configurtion > Chromtogrm Disply Options Chromtogrms > Extrct Chromtogrms Chromtogrms > Extrct Defined Chromtogrms Chromtogrms > Integrte Chromtogrm Chromtogrms > Integrte nd Extrct Pek Spectr Chromtogrms > Integrte nd Deconvolute Pek Spectr Chromtogrms > Smooth Chromtogrm Chromtogrms > Sutrct Any Chromtogrm Chromtogrms > Clculte Signl-to-Noise Find > Find Compounds y Auto MS/MS Find > Find Compounds y Trgeted MS/MS Find > Find Compounds y Moleculr Feture Find > Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution Find > Find Compounds y MRM Find > Find Compounds y Integrtion Find > Find Compounds y Formul 100 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

101 Exécution d'opértions sur un spectre SM ou SM/SM 4 Sélectionner des opértions de l gmme à prtir d'un menu contextuel Si vous vez sélectionné une gmme chromtogrphique, vous pouvez églement extrire un spectre de fond, en plus des opértions mentionnées ci-dessus et des utres qui ne le sont ps. 1 Pour ccéder à ces opértions, cliquez sur l'outil Rnge Select dns l rre d'outils Chromtogrm Results. 2 Cliquez sur le point uquel vous souhitez démrrer l gmme, fites glisser le pointeur sur une plge et relâchez le outon de l souris. 3 Cliquez vec le outon droit de l souris n'importe où dns le chromtogrmme et sélectionnez l'opértion dns le menu contextuel qui s'ffiche. Enregistrer les résultts dns le(s) fichier(s) de données Cliquez sur l'icône Sve ou sélectionnez File > Sve Results. Lorsque vous quittez le progrmme, il vous demnde églement si vous voulez enregistrer les résultts dns le fichier de données, à moins que vous n'yez désctivé cette option dns l oîte de dilogue Messge Box Options. Exécution d'opértions sur un spectre SM ou SM/SM Vous pouvez effectuer les opértions suivntes sur un spectre SM ou SM/SM ou sur une zone sélectionnée d'un spectre SM ou SM/SM à l'ide des options de menu suivntes: Action Afficher le rpport m/z, l'ondnce, l'étt de chrge et d'utres informtions sur les pics d'un spectre Chnger les liellés d'un pic spectrl Soustrire le spectre de fond Soustrire un spectre Ajouter deux spectres à l fois Option de menu View > MS Spectrum Pek List 1 Configurtion > MS nd MS/MS Spectr Disply Options Spectr > Sutrct Bckground Spectrum Spectr > Sutrct Any Spectrum (puis cliquer sur un utre spectre) Spectr > Add Any Spectrum (puis cliquer sur un utre spectre) Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 101

102 4 Utilistion de données chromtogrphiques visuelles Action Rechercher dns une se de données des entrées qui correspondent à des msses spécifiques d'un spectre Générer des formules pour les msses dns l gmme sélectionnée d'un spectre Déconvoluer à l'ide de l'lgorithme Resolved Isotope Rechercher en iliothèque Option de menu Spectr > Serch Dtse for Spectrum Peks Spectr > Generte Formuls from Spectrum Peks (lorsqu'une gmme est sélectionnée dns le spectre SM) Spectr > Deconvolute (Resolved Isotope) Identify > Serch Lirry for Spectr ou Spectr > Serch Lirry for Spectr Utilistion de données chromtogrphiques visuelles Fenêtre Chromtogrm Results 102 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

103 Utilistion de données chromtogrphiques visuelles 4 Outils Chromtogrm Results Outils de zoom dns l'ordre Outils de sélection dns l'ordre L'un de ces outils doit toujours être sélectionné. Échelle utomtique des xes X et Y Échelle utomtique de l'xe X Échelle utomtique de l'xe Y Annuler le zoom Échelle utomtique de l'xe Y pendnt un zoom Mode xe Y lié Rnge Select: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez dessiner une plge sur un chromtogrmme, dns lquelle vous pouvez effectuer des ctions. Pek Select: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez sélectionner le spectre d'un pic intégré à son sommet. Mnul Integrtion: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez intégrer de mnière interctive. Wlk Chromtogrm: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez voir des spectres individuels lorsque vous cliquez sur chque point ou utilisez les flèches droite et guche sur le clvier. Annottion: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez jouter des nnottions imge et texte ux chromtogrmmes. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 103

104 4 Utilistion de données spectrles visuelles Utilistion de données spectrles visuelles Fenêtre MS Spectrum Results Outils MS Spectrum Results Outils de zoom dns l'ordre Outils de sélection dns l'ordre Pour nnuler l sélection d'un outil, cliquez sur un utre outil ou une utre icône. Échelle utomtique des xes X et Y Échelle utomtique de l'xe X Échelle utomtique de l'xe Y Annuler le zoom Échelle utomtique de l'xe Y pendnt un zoom Mode xe Y lié Rnge Select: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez dessiner une plge sur un chromtogrmme, dns lquelle vous pouvez effectuer des ctions. Annottion: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez jouter des nnottions imge et texte ux chromtogrmmes. Clipers: lorsque cet outil est ctivé, vous pouvez jouter un comps d'épisseur sur le spectre sélectionné. Dns l fenêtre Deconvolution Results, vous pouvez églement jouter un dispositif pour les cides minés (Amino Acid cliper) ou pour les modifictions. Pour plus d'informtions, consultez l'ide en ligne. 104 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

105 Flux de trvux 4 Flux de trvux Les flux de trvux permettent de personnliser l'interfce utilisteur pour votre ppliction. Chque flux de trvux chrge une méthode différente dont les prmètres lui sont ppropriés. De plus, chque flux de trvux chrge une présenttion différente. Les présenttions incluent l personnlistion des colonnes ffichées dns chcun des tleux. Enfin, qutre des présenttions joutent églement une section réservée à un éditeur de méthode qui contient des copies des sections de l'éditeur de méthode ynt de l'importnce pour le flux de trvux. Le regroupement des fonctions utilisées dns un flux de trvux spécifique fcilite l personnlistion de votre méthode. Le progrmme d'nlyse qulittive comporte les différents flux de trvux suivnts: Generl BioConfirm - Ces flux de trvux sont disponiles uniquement si le logiciel BioConfirm est instllé et coché dns l oîte de dilogue User Interfce Configurtion. BioConfirm propose plusieurs flux de trvux possiles, selon le type d'nlyse à réliser. BioConfirm est utilisé vec des fichiers de données CPL/SM. Chromtogrm Pek Survey Formul Confirmtion nd Smple Purity MS Trget Compound Screening GC/Q-TOF Compound Screening Si vous utilisez des donnés CPG/SM, vous pouvez sélectionner le flux de trvux Generl ou le flux de trvux GC/Q-TOF Compound Screening. Si vous utilisez des donnés CPL/SM, vous pouvez sélectionner l'un des flux de trvux, excepté GC/Q-TOF Compound Screening. Méthode prticulière Chque flux de trvux chrge une méthode pr défut prticulière vec des prmètres qui lui sont ppropriés. Pr exemple, si vous sculez sur l'un des flux de trvux BioConfirm, le type de données ciles pour l'lgorithme Find Compounds y Moleculr Feture est défini à Lrge molecules (proteins, oligos). Ce prmètre est dpté u flux de trvux BioConfirm mis ps pr défut pour les utres flux de trvux. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 105

106 4 Flux de trvux Présenttion prticulière En outre, chque flux de trvux chrge une présenttion spécifique qui étlit les éléments suivnts: Position et tille de chque fenêtre Fenêtres comportnt des onglets Fenêtres flottntes Désigntion de l fenêtre vec onglets figurnt sur le dessus Fenêtres visiles pr défut Indique si l rre d'étt est visile Pour chque fenêtre de trcé (fenêtres Chromtogrm Results, Spectrum Preview, MS Spectrum Results, Deconvolution et UV Results), les éléments suivnts sont enregistrés: Si les grphiques se chevuchent ou non Si l'option Autoscle Y-Axis est ctivée ou non pendnt le mode Zoom Si le mode Linked Y-Axis est ctivé ou non Pour chque fenêtre représentnt un tleu, les éléments suivnts sont enregistrés: Quelles colonnes sont visiles L'ordre des colonnes L lrgeur de chque colonne Tout filtre ynt été jouté u tleu (disponile uniquement pour le tleu Compound List ou Compound Identifiction Results et l fenêtre Spectrum Identifiction Results). Section spécifique ux fenêtres Method Explorer et Method Editor Si vous utilisez Method Editor vec le flux de trvux Generl, vous pouvez modifier presque tous les prmètres de l méthode. Chque des qutre utres flux de trvux chnge les sections disponiles dns l fenêtre Method Explorer. Chque nouvelle section contient uniquement les onglets et les sections de Method Editor utiles dns ce flux de trvux. Le chngement d'un prmètre dns le flux de trvux modifie églement le prmètre de l section correspondnte dns les sections générles de Method Editor. 106 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

107 Flux de trvux 4 Deux onglets ne sont ps répétés dns les sections générles de Method Editor. L section Chromtogrm Pek Survey Workflow > Spectrum Pek Identifiction et l'onglet Chromtogrm Pek Survey Workflow > Chromtogrm Extrction > Chromtogrms sont inclus uniquement dns le flux de trvux Chromtogrm Pek Survey. Ces sections ffectent uniquement l'lgorithme Chromtogrm Pek Survey. Cet lgorithme est utilisé uniquement dns ce flux de trvux et dns les ctions Chromtogrm Pek Survey without Report et Chromtogrm Pek Survey with Anlysis Report. Méthodes et présenttions des flux de trvux Des méthodes et des présenttions supplémentires pr défut sont fournies pour chque flux de trvux. Flux de trvux Méthode Présenttion Section de l'éditeur de méthode Generl defult.m Defult.xml Aucune BioConfirm Intct Protein BioConfirm IntctProtein- Defult.m BioConfirm- IntctProtein- MximumEntropy- Defult.xml BioConfirm Workflow BioConfirm High Mss Intct Protein BioConfirm IntctProtein HighMss Defult.m BioConfirm IntctProtein LMFE.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Smll Oligonucleotides BioConfirmOligo nucleotidesmll.m BioConfirmOligonucleotide.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Lrge Oligonucleotides BioConfirmOligo nucleotidelrge- Defult.m BioConfirmOligonucleotide.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Protein Digest BioConfirmProtein Digest-Defult.m BioConfirm ProteinDigest.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Synthetic Peptide BioConfirmSynthetic Peptide-Defult.m BioConfirm SyntheticPeptide.xml BioConfirm Workflow Chromtogrm Pek Survey ChromPekSurvey- Defult.m Defult.xml Chromtogrm Pek Survey Workflow Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 107

108 4 Flux de trvux Flux de trvux Méthode Présenttion Section de l'éditeur de méthode Formul Confirmtion nd Smple Purity SmplePurity- Defult.m SmplePurity- Defult.xml Formul Confirmtion nd Smple Purity Workflow MS Trget Compound Screening GC Q-TOF Compound Screening Screening-Defult.m Screening-Defult.xml MS Trget Compound Screening Workflow GC_Q-TOF.m QTOFDt.xml GC/Q-TOF Compound Screening 108 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

109 Personnlistion d'un modèle de rpport 4 Personnlistion d'un modèle de rpport Consultez l'ide en ligne du module d'extension MssHunter Report Designer, le guide de fmiliristion de Report Designer ou le DVD de formtion sur l génértion de rpports pour plus de détils sur l modifiction d'un modèle de rpport. Les étpes suivntes vous donnent un perçu rpide de ce que signifie personnliser un modèle. 1 Accédez u dossier contennt les modèles de rpport. Pr défut, il s'git du dossier: \MssHunter\Report Templtes\Qul\B.05.00\en-US\Letter. Vous pouvez sélectionner un utre dossier dns l fenêtre Method Explorer dns l'onglet Generl > Common Reporting Options > Templtes. 2 Fites une copie du modèle que vous vez l'intention de modifier. Cliquez vec le outon droit de l souris sur l copie et sélectionnez Properties. Si nécessire, désélectionnez l cse Red-only. Ensuite, cliquez vec le outon droit de l souris sur l copie et cliquez sur Open dns le menu contextuel. L'ouverture du modèle de cette fçon permet à Excel de svoir que ce fichier est un fichier modèle. Une fois le modèle ouvert, vous pouvez modifier les en-têtes et les pieds de pge et jouter, supprimer ou déplcer des colonnes de prmètres. Pour plus d'informtions, reportez-vous à l'ide en ligne. Tous les modèles du progrmme Qulittive Anlysis sont en lecture seule. Modifiez cette propriété vnt d'éditer un modèle. Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM 109

110 4 Personnlistion d'un modèle de rpport De nomreux modèles sont instllés vec le progrmme d'nlyse qulittive. Reportez-vous à l'ide en ligne du progrmme pour plus d'informtions sur le contenu de chque modèle de rpport. 3 effectuez les chngements souhités. Pour plus d'informtions sur l procédure à suivre pour modifier un modèle, consultez l'ide en ligne du module d'extension MssHunter Report Designer ou le DVD de formtion Agilent MssHunter Reporting. 4 Pour enregistrer le nouveu modèle, cliquez sur Sve ou sur Sve As > Other Formts à prtir du outon Microsoft Office. 5 Sisissez un nom d'identifiction et cliquez sur Sve. 110 Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive Guide de fmiliristion pour CPL/SM

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112 Contenu de ce mnuel Le présent mnuel contient des informtions destinées à vous pprendre à utiliser le Logiciel pour le poste de trvil Agilent MssHunter Anlyse qulittive vec des données CPG/SM. Agilent Technologies, Inc Révision A, novemre 2012 *G * G